Перед войной Маленков занимался широким кругом военных вопросов. Он руководил секретным аппаратом Коминтерна, потому что десятки видных большевиков, ставших руководителями Коминтерна, уже погибли или были репрессированы, но Маленков уцелел и управлял всеми военными кадрами, а также курировал развитие в стране авиации и реактивной техники.
С июля 1940 года он член Главного военного совета РККА. Он вместе с Жуковым и Тимошенко подписывал директивы № 2 и 3, разосланные в войска 22 июня 1941 года. В годы Великой Отечественной войны был членом Государственного комитета обороны.
В августе 1941 года находился на Ленинградском фронте и вместе с Жуковым предотвратил захват Ленинграда немцами, а осенью и зимой 1941 года принимал активное участие в организации операций по разгрому немецких войск под Москвой и курировал формирование гвардейских миномётных частей РККА «катюш». В 1942 году выезжал на Волховский, Сталинградский и Донской фронты, в 1943‐м — на Центральный фронт.
Как куратор Наркомата авиационной промышленности за особые заслуги в производстве самолётов и моторов 30 сентября 1943 года был удостоен звания Героя Социалистического Труда.
Был председателем спецкомитета № 3 — Совета по радиолокации и Комитета по восстановлению освобождённых районов, а в 1944 году — Комитета по демонтажу немецкой промышленности и получению от Германии репараций для СССР. Участие Маленкова в руководстве спецкомитетами с 1946 по 1948 год засекречено, известно только, что как председатель спецкомитета № 2 в 1946–1947 годах он занимался атомной тематикой…
С осени 1947 года участвует в работе Коминформа (внешней разведки) под руководством Жданова. После конфликта с Югославией и безуспешной блокады Берлина с июле 1948 года он заменил Жданова на посту секретаря ЦК, ведающего внешней политикой. При нём была организована помощь китайским коммунистам в гражданской войне с Гоминьданом, закончившейся их триумфальной победой в 1949 году.
Осенью 1944 года Сталин провел в Кремле расширенное совещание и высказался за «более осторожное» назначение евреев на руководящие должности в государственных и партийных органах. Маленков после этого обосновывал необходимость «повышения бдительности» по отношению к еврейским кадрам и подписал директивное письмо, в котором перечислялись должности, на которые назначать евреев было нежелательно, и вводились ограничения при приеме их в высшие учебные заведения.
Во второй половине 1948 года Сталин стал часто болеть, в 1949 году он перенес первое кровоизлияние в мозг. Это усилило борьбу за власть среди его ближайшего окружения. Одной из жертв этой борьбы и стал Маленков. Когда при участии сына Сталина Василия возникло дело о низком уровне авиационной промышленности, были арестованы командующий ВВС — Главный маршал авиации Новиков, член ЦК ВКП(б) Шахурин — в годы войны нарком авиационной промышленности, работники авиапромышленности и военные авиаторы.
Маленков был освобожден от работы в аппарате ЦК и направлен в Ташкент, но «ссылка» длилась недолго, он был полностью реабилитирован и возвращен в Москву благодаря Берии, который боролся с группировкой Жданова, Вознесенского и их ближайшего окружения и ему нужна была поддержка Маленкова.
Между Ждановым и Маленковым уже существовала вражда, потому что Жданов и его ближайшие друзья считали Маленкова неграмотным и называли его «Маланьей». Однако Берии и Маленкову удалось убедить Сталина, раздраженного теоретическими амбициями Жданова и Вознесенского, в «сепаратизме» ленинградской партийной организации.
Так возникло «Ленинградское дело», жертвой которого стали все руководители ленинградской партийной организации во главе с Попковым, а в регионах были репрессированы сотни и тысячи партийных и комсомольских работников, ученых и тружеников народного хозяйства. Оно привело к аресту и гибели Вознесенского, Кузнецова, Родионова и других ответственных партийных и советских работников.
Маленков для разгрома ленинградской партийной организации выехал в Ленинград, а Берия руководил репрессиями в Москве. Для наказания членов «ленинградской оппозиции» в СССР срочно вернули смертную казнь. Все ключевые решения, конечно, принимал Сталин. Но текущими делами управлял силовой тандем Маленков — Берия, с которым остерегались связываться остальные члены Политбюро. Они, как настоящие серые кардиналы, в это время серьезно влияли на политику государства.
Жданов, который нередко сам возглавлял подобные репрессии, был отстранен от руководства и умер у себя на даче в возрасте 52 лет при сомнительных обстоятельствах.
Так в 1950–1952 годах Маленков фактически стал вторым человеком в партии во многом благодаря дружбе с Берией. Сталин в это время, кроме Берии и Маленкова приблизил к себе еще двух человек — Хрущева и Булганина, но их влияние на политику было меньшим. Оказалось, что Булганин оказался бесполезным и безопасным, но попадание Хрущева в ближний круг вождя оказалось для Сталина трагической ошибкой.