В юности с Василием произошло чудо, повлиявшее на всю его будущую жизнь, чудо, подобное происшедшему с маленьким Прохором, впоследствии преподобным Серафимом. Участвуя в построении храма, Василий упал с колокольни и нисколько не повредился. С этого времени он перестал есть мясо и стал вести жизнь подвижническую. Уступив желанию родителей, Василий был вынужден жениться, но с женою жить не стал, а отправился странствовать, желая всего себя посвятить Богу. Странствуя, юноша предпринял путешествие в Иерусалим. Поклонившись святым местам Палестины, он направился на Афонскую Гору. Восемь лет провел подвижник в уделе Божией Матери, претерпевая все трудности и скорби монашеской жизни. Три раза поднимался он на вершину Святой Горы, и там, на «шпилю», как называл ее старец, постригли его в иночество с именем Вонифатий. Но великая ревность и любовь к Богу подвигли отца Вонифатия вернуться на родину. Господь определил ему иной путь, встав на который, он принял от Бога крест более тяжелый.
— Здесь мне крестик маленький — деревянный, а там чугунный, с головы до пят, — с такими словами отец Вонифатий покинул Святую Гору и вернулся домой.
Здесь он поселился при храме Покрова Божией Матери и одно время был при нем сторожем. Тайные его подвиги известны одному Богу, однако по тому, с какой силой и ненавистью ополчился на него диавол, можно судить, какую святую жизнь проводил этот человек. Живя в миру, но не по его законам, Василий Афанасьевич был живым обличением всем, чья жизнь шла вразрез с Евангельскими заповедями. От многих людей он претерпевал клевету, поношения и жестокие побои. Много раз избивали его до полусмерти, и только чудом Божиим старец оставался жив.
По ночам Василий Афанасьевич посещал больных и ухаживал за ними. Многие смеялись над ним, называя «блаженным», а некоторые просто ненавидели его, пытаясь всячески ему досадить. Один человек, питая злобу к праведнику, решил даже его погубить. Купив три ведра самогона, он напоил деревенских мужиков и настроил их против старца. Убегая, жестоко избитый Василий Афанасьевич собирал с лица и головы свою кровь и бросал на преследователей. Чудом ему удалось забежать в один дом, где хозяева спрятали страдальца в погребе. Потом все бившие его приходили просить прощения — все, за исключением того, чей замысел они выполняли. С любовью и радостью прощал пришедших Василий Афанасьевич, сокрушаясь и болезнуя о последнем, который так и не смог подойти к дому подвижника, долго пытаясь преодолеть себя, то подходя, то снова возвращаясь назад. Старец под конец, сострадая, перекрестил его и предсказал, что тот будет тяжело умирать, претерпевая муки огня, будучи еще в теле. Все это исполнилось. Человек этот перед смертью три недели кричал: «Горю, в огне горю!..» Его семью раскулачили, а дети и внуки, по словам сестёр-стариц, впоследствии страдали за грех своего отца и деда, болея и перенося разные напасти.
Сестры вспоминали, что Василия Афанасьевича за всю его жизнь избивали сорок раз, и каждый раз он со смирением и кротостью переносил людскую злобу и ненависть.
Рассказывают, что он безвинно провел три года в заключении. Одна молодая девица, согрешив и оставшись беременна, указала на старца как на виновника происшедшего. Тот не стал оправдываться, хотя Богом ему было открыто, с кем был совершен грех. Более того, Василий Афанасьевич знал, что блудница с истинным участником своего злодеяния закопала родившегося ребенка под лестницей погреба. Старец указал ей имя сообщника и место, где они закопали младенца. Пораженная столь явной прозорливостью, женщина эта весь судебный процесс трепетала в ужасе, боясь, что тайна ее будет открыта. Но Василий Афанасьевич, выбрав, как полезное для себя, тюремное заключение, отказался от возможности быть оправданным.
Вериги Василий Афанасьевич никогда не носил, а вместо вериг имел болезнь, которую выпросил себе у Бога. Вся спина его была покрыта гнойными ранами, которые никогда не заживали, постоянно кровоточа и причиняя нестерпимую боль.
За свою великую любовь к людям подвижник получил от Бога дар исцелять болезни. От болезней телесных он излечивал, используя состав из масел от святынь с Афонской горы, по нескольку капель которого добавлял в большую бутыль с кипяченой водой. Эту бутыль, называемую в народе «четверть», он давал больным, назначая лечение с молитвой и поклонами.
От болезней духовных исцелял своими молитвами. Вот один случай его молитвенной помощи.
В селе Конобеево у одной женщины скончался супруг. Она чрезмерно о нем тосковала и, по всей видимости, дала в сердце место греху. В образе мужа к ней стал приходить бес. И настолько это было явно, что все соседи видели сени, которые тот строил для женщины. Сени строились, а кто строит, люди не могли понять и удивлялись этому.
Василий Афанасьевич среди зимы босой за пятнадцать верст пришел из Черной Слободы, провидя жалкое состояние души этой вдовы. Накануне старец рассказал Анне Петриной, что видел сон, будто одного журавля почти до полусмерти заклевали большие птицы.