Как и его оперативные части, стационарные организации Абвера имели такие же функции, но с учетом того, что они действовали в глубоком тылу немецких войск. В целом, эти функции заключались в следующем: ведение разведки в глубоком тылу советских войск, организация на своей территории борьбы с разведкой Красной армии, советскими парашютистами, радистами и подпольщиками, разведывательное и контрразведывательное обеспечение антипартизанских операций
В отличии от политической разведки гитлеровской Германии, Абвер в своей разведывательной деятельности против СССР начиная с 1940 года, отводил важную роль русской белой эмиграции и особенно военной белой эмиграции.
Сотрудничество русских белоэмигрантов с Абвером до начала военных действий против СССР проходило в основном на уровне абверштелле (ACT) и подчиненных им абвернебештелле (АНСТ) региональных звеньев немецкой военной спецслужбы, а также так называемых Кригсорганизацьон (КО) — военных организаций, действовавших под прикрытием дипломатических представительств Германии за рубежом. То есть аппараты военных атташе при германских посольствах.
Основной средой для вербовки агентуры были русские эмигрантские колонии и особенно участники различных антисоветских организаций, особенно РОВС (Российский общевоинский союз) и НТС (Национально трудовой союз). Кроме использования отдельных эмигрантов, Абвер при необходимости объединял таких лиц в резидентуры.
Так, АСТ-Вена, действовавший на всем Юго-Востоке Европы, имел три крупных резидентуры в Софии и Будапеште (Бюро Клатта) и Варне (Бюро Келлера).
После начала военных действий на Восточном фронте все русские сотрудники Абвера из числа эмигрантских резидентур были включены в состав фронтовых органов Абвера и работали на захваченной немцами советской территории.
Наибольшее число русских белоэмигрантов было сосредоточено в Абверштелле «Юг Украины», проводившей разведывательную и контрразведывательную работу на территориях Херсонской, Сталинской, Запорожской, Кировоградской, Одесской областей, а с 1942 года — в Крыму. Эмигранты возглавляли штатные контрразведывательные резидентуры, состоявшие из 2–3 штатных резидентов, самостоятельно вербовавших агентуру. привлечению в ряды РОВС и НТС
Весной 1941 года, то есть, перед нападением на СССР, всем группам армий (фронтам) немецких вооруженных сил были приданы по одной разведывательной, диверсионной и контрразведывательной абверкоманде, а армиям — подчиненные этим командам абвергруппы.
После начала войны с СССР, число абверкоманд, и входивших в их состав абвергрупп существенно выросло.
Согласно своим функциональным обязанностям, каждая из абверкоманд (и абвергрупп) должна была заниматься разведывательной, диверсионной или контрразведывательной деятельностью. Поэтому в своей номенклатуре они имели, соответственно, цифру «1», «2» или «3», которые обозначали номер соответствующего отдела в Абвере
Абверкоманды и абвергруппы 1 и 2-го отделов Абвера свою работу по переброске и вербовке агентуры ни с кем не контактировали, за исключением того, что технически переброска осуществляется через отдел 1C дивизий. Причем начальники отделов 1C дивизий о необходимости содействовать абверкомандам в переброске агентуры, заранее информируются начальником отдела 1С армии или группы армий.
Переброска агентуры, как правило, производилась на одних и тех же участках фронта в каждой армии. Делалось это потому, что на том участке фронта, где уже однажды агентура была переброшена, командир соответствующей пехотной роты и начальник отдела 1C дивизии знали, как эту переброску производить, и таким образом следующая переброска с этой стороны никаких затруднений представлять из себя не могла.
В первые месяцы после начала войны Германии против СССР, Абвер имел на Восточном фронте 13 разведывательных школ, в которых одновременно получали подготовку порядка 2 тысяч будущих агентов. В этот же период времени Абвером в расположение советских фронтовых соединений и частей, а так же в прифронтовую полосу было заброшено около 5 тысяч агентов. (журнал «Родина» — 2013 — № 4 — с.8.)
К концу 1943 года у руководства нацисткой Германии накапливалось всё больше и больше недовольства по отношению к Абверу и ещё больше претензий к его начальнику адмиралу Канарису, которого начали подозревать в сотрудничестве с англо-американским блоком. Удар по Канарису последовал в марте 1944, после того когда в феврале 1944 бежали к англичанам в Каир 11 офицеров Стамбульской резедентуры Абвера. В том числе к англичанам тогда перешли Гамбургер, Клетниковски, Фермерен, графиня Плеттенберг и еще семь человек. Вскоре после этого Канарис был отстранён от занимаемой должности, а на его место был назначен полковник Ханзен.