В конце октября 1943 года НБО переехала в Херсон, затем в Николаев, оттуда — в Одессу. В апреле 1944 года команда прибыла в румынский город Браилов (по другим данным в румынский город Галац), а в августе 1944 года — в окрестности Вены, где в октябре 1944, НБО была расформирована.
При эвакуации НБО из Одессы, оттуда в Кишинев было переведено свыше 500 агентов, не считая оставленных со спецзаданиями на освобожденной территории).
Следует признать высокую квалификацию агентуры НБО, поскольку в 1943–1945 годах Управлением контрразведки «СМЕРШ» ЧФ было выявлено всего 44 её агента, из которых 17 явились с повинной.
После эвакуации в Румынию НБО было переименовано в абверкоманду «Вайтланд». В период пребывания в Румынии, абверкоманда «Вайтланд», располагала головным постом в дунайском городе Рении, и через него вела переброску агентуры в тылы Красной Армии. После вступления советских войск в Румынии, в августе 1944, «Вайтланд» переместилась в окрестности Вены (городок Рамсдорф), где находилась до конца войны
По специфике своей деятельности немецкие морские спецслужбы, действовавшие на побережье Черного моря, и прежде всего НБО были одним из главных противников и следовательно объектов деятельности контрразведки Черноморского флота. В связи с этим, в феврале 1944 года в оккупированный немцами Николаев проникли два агента Управления контрразведки Черноморского флота, имевшие агентурные псевдонимы «Ястреб» и «Грозный».
Используя свои ещё довоенные знакомства в этом городе агент «Ястреб» вскоре после своего прибытия в Николаев, устроился на службу переводчиком в водную полицию. Находясь на этой должности, он за короткое время выявил восемь агентов НБО, действовавших как в самом Николаеве, так и в советском тылу. (А. П. Черенков Контрразведка «Смерш» Черноморского флота — журнал «Морской сборник» — 2003 — № 8 — с.77.)
Помимо абверкоманды НБО, германская военно-морская разведка в бассейне Черного моря была представлен, так же и «Marine Einsatzkommando das Schwartze meers» («Марине Абвер Айнзатцкомандо дас Шварцемеер» — Морская разведывательная оперативная команда «Черное море», полевая почта № 12965). Начальник команды «Чёрное море» был корветтен-капитан доктор Ротт (псевдоним Сир), его заместитель капитан-лейтенант Граслер. Численность команды состовляла 40 человек. Команда подчинялась отделу «Абвер-Заграница».
В 1941–1942 годах в «Морскую команду Чёрного моря» вошло около 30 белоэмигрантов, участников болгарского отделения Русского Общевоинского Союза (РОВС), завербованных «ACT София», так называемая «русская группа», состоявшая в основном из белоэмигрантов, проживавших в Болгарии. Руководителем группы был Клавдий Фосс. Затем «русская группа» была включена в «Абвернебештелле» «Юг Украины». При команде Ротта также имелась «польская группа» (начальник — зондерфюрер Бронислав Врублевский).
«Морская команда Чёрного моря», была сформировано вскоре после начала войны с СССР в Румынии в районе города Пятра-Нямц, и придана в июле 1941 года штабу командующего немецкими ВМС в Юго-Восточном бассейне (Черное и Азовское море) адмиралу Шустеру.
«Морская команда Черного моря» в 1941–1942 годах первоначально располагалась в Бухаресте (Румыния) и являлась самостоятельным подразделением. Основной задачей «зондеркоманды ОКВ» являлся сбор информации о военном и торговом флотах данных морей, о портах, портовых сооружениях и предприятиях судостроительной промышленности, об организации и состоянии обороны побережья.
После начал войны Германии против СССР «Морская команда» передислоцировалась на территорию СССР и разделилась на две фор-группы (передовые группы). Первая группа фор-группа, во главе с лейтенантом Бирманом выехала в Одессу, другая, во главе с Роттом, в Николаев.
Позднее обе группы соединились в Николаеве, откуда переехали в Ялту (находились на территории санатория «Угольщик Донбасса»).
Команда «Черное море» состоял из двух передовых групп (форгруппен) и одной «русской группы». Эта так называемая «русская группа» состояла из 30, ранее проживавших в Болгарии бывших белых офицеров — членов «Российского общевоинского союза» (РОВС), которые были завербованы в болгарской столице — Софии, находившимся там подразделением Абвера, так называемым «Бюро Делариуса». Начальником «русской группы» являлся русский белоэмигрант немец по национальности Фосс Клавдий Александрович.
Задачи команды «Черное море» состояли в добывании информации о военном и торговом флотах СССР на Азовском и Черном морях, об объектах морской инфраструктуры, судостроительных и судоремонтных предприятиях, береговой обороны, поиск морских карт и документов частей и подразделений Черноморского флота.
С этой целью команда, и её подразделения, так называемы передовые группы («форгруппен»), двигались вместе с передовыми частями немецкой армии, производя сбор документов, как с уцелевших, так и по возможности с затонувших советских судов, из зданий частей ЧФ.