Утром 9 сентября начальник штаба Черноморского флота вице-адмирал Корнилов собрал на военный совет флагманов и командиров судов. Объявив собравшимся, что союзники могут в ближайшие дни занять слабо укрепленную Северную сторону Севастополя и сжечь артиллерийским огнем стоящие на рейде суда, Корнилов предложил выйти в море и атаковать неприятельский флот. Он полагал, что в случае удачи корабли противника будут рассеяны, а при неблагоприятном ходе сражения надо сцепиться с вражескими кораблями и взорвать пороховые погреба на судах. Это оставит армию союзников без поддержки флота и даст возможность удержать Севастополь до прибытия подкреплений, которые и уничтожат экспедиционный корпус. Однако соотношение сил было неравным. Союзники имели 89 военных судов, в том числе 50 колесных и с винтовыми движителями, а Севастопольская эскадра — 45 военных судов, из них 11 колесных пароходов. Таким образом, неприятель превосходил русские силы почти в два раза как по количеству единиц, так и по артиллерийскому вооружению. А многократное преимущество неприятеля в маневренных и паровых судах лишало Севастопольскую эскадру возможности произвести внезапное нападение. Учитывая это, большинство адмиралов и офицеров, принимавших участие в военном совете, высказались против выхода кораблей с Севастопольского рейда.
Вскоре после проведенного совета вице-адмирал Корнилов был вызван к князю Меншикову, прибывшему в Севастополь. На повторное приказание главнокомандующего затопить корабли Корнилов заявил, что "как вице-адмирал и генерал-адъютант исполнения этой последней меры на себя не примет". Ответ исполнительного и пользующегося отличной репутацией на флоте адмирала удивил Меншикова. Он объявил, что выполнение приказания возложит на вице-адмирала Станюковича — командира порта и военного губернатора города, а генерал-адъютанту Корнилову предложил выехать в Николаев. Но Корнилов не мыслил оставить Севастополь, его хладнокровие и рассудительность одержали верх над эмоциями. 11 сентября Корнилов направляет официальный рапорт князю Меншикову: "Имею честь донести до вашей Светлости, что корабли "Три святителя", "Уриил", "Селафаил", "Варна", "Силистрия" и фрегаты "Флора" и "Сизопль" согласно приказанию Вашему затоплены на здешнем фарватере. Подлинный подписал генерал-адъютант Корнилов"[81]
.В ночь с 11 на 12 сентября главнокомандующий князь Меншиков покинул Севастополь и отвел армию к Бахчисараю. Он мотивировал это необходимостью сохранить войска, чтобы не дать союзникам захватить весь Крым. Город, в котором осталось только восемь батальонов резервной бригады и один саперный батальон, был фактически брошен на произвол судьбы. Моряки начали срочно формировать восемнадцать батальонов из личного состава флота.
Тем временем экспедиционный корпус также начал движение, но, вопреки всем ожиданиям, вместо наступления на Северную сторону он устремился в обход бухты к южной части Севастополя. Такое решение объяснялось рядом обстоятельств. Главная причина заключалась в том, что, понеся значительные потери в открытом поле на реке Альме, союзники опасались более кровопролитных и упорных сражений на рубежах сухопутных укреплений города. На кратчайшем пути к бухте находилось только устаревшее Северное укрепление, но выйдя к Бельбеку, экспедиционный корпус мог наблюдать, как справа и слева от этого верка возводятся и вооружаются новые батареи, — возникала сплошная линия обороны, поддерживаемая мощной артиллерией стоящих на рейде русских кораблей. К тому же через бухту могли подходить русские подкрепления с Южной стороны, что грозило наступлению союзных войск превратиться в длительную осаду, но предвидя и такой ход событий, союзные войска имели осадные орудия и необходимые инженерные средства. Однако при осаде Северной стороны тыловой базой становилась Евпатория, которая находилась на значительном удалении, и чтобы отражать фланговые удары русской армии вдоль линии подвоза боеприпасов и прочего обеспечения, корпусу пришлось бы выставить большое количество войск, а войск не хватало. В то же время на Южной стороне Севастополя укрепления отсутствовали на большей части обвода города, а тыловые базы можно было развернуть поблизости от позиций в Балаклавской, Камышовой и других бухтах. Полученное в последний момент известие о затоплении русских кораблей у входа в бухту укрепило союзников в их решении, поскольку возможность прорыва англо-французской эскадры на рейд для подавления русских судов, имевших первостепенное значение при обороне Северной стороны, теперь исключалось. Однако действия экспедиционного корпуса оказались далеко не бесспорными. Такой вывод можно сделать при анализе состояния обороны Севастополя в сентябрьские дни.