Самой большой потерей для защитников Севастополя в этот день стало известие о том, что на Малаховом кургане смертельно ранен вице-адмирал Корнилов. Вместе с вице-адмиралом Нахимовым Корнилов в течение дня объезжал укрепления на оборонительной линии, воодушевляя своим мужеством моряков и пехотинцев. По его указанию принимались оперативные меры по восстановлению разрушенных бастионов, срочно подвозили орудия, станки, боезапасы и материалы. Вице-адмирал Корнилов, сумевший организовать работы и создать оборону города в небывало короткие сроки, до последней минуты оставался ее руководителем и душой. К счастью, в строю остались его главные помощники — П. С. Нахимов и Э. И. Тотлебен, достойно продолжившие начатое адмиралом дело. А бастион на Малаховом кургане получил наименование "Корниловский".
Всю ночь по всей линии обороны войсками гарнизона велись восстановительные работы. Особое внимание было обращено на третий бастион, где к вечеру 5 октября из 22 орудий уцелело только два. Вместо выбывшего из строя штабс-капитана Янцина, заведовавшего оборонительными работами на укреплении, назначили поручика Чистякова. На работы выделили 199 саперов из второй роты шестого саперного батальона, команду матросов и 500 человек из Московского пехотного полка. За работами наблюдал начальник инженеров подполковник Тотлебен. Насыпали заново брустверы, делали амбразуры, увеличивали количество траверс, настилали платформы и устанавливали 19 орудий крупного калибра. За ночь на этом бастионе от навесного огня англичан саперы потеряли 7 человек убитыми и 18 ранеными.
На других укреплениях работы продвигались так же успешно. К утру не только успели восстановить все разрушенные конструкции, но и заменили 60 орудий малого калибра на 36-фунтовые пушки. На четвертом бастионе увеличили количество траверс, защищавших от продольного огня, начали их возведение и на пятом. Парапет оборонительной казармы на том же укреплении сделали из мешков с землей, а наружные стены начали обсыпать грунтом.
Утром 6 октября батареи англичан возобновили бомбардировку третьего и четвертого бастионов и Малахова кургана. Но возросшая мощь русской артиллерии на третьем отделении оборонительной линии позволила защитникам успешно вести контрбатарейную борьбу. Англичанам удалось за день подбить лишь несколько орудий.
Французы молчали, но за ночь ими была заложена новая параллельная траншея в 200 саженях от четвертого бастиона. По французским позициям и ведущимся там работам вели прицельный огонь батареи первого и второго отделений, разрушая конструкции и выводя из строя личный состав.
7 октября союзники начали обстрел оборонительной линии с такой же интенсивностью, как и 5 октября. До того как русские орудия заставили замолчать французские батареи, они успели разрушить парапет на оборонительной казарме пятого бастиона. После этого подполковник Тотлебен принял решение больше не устанавливать орудия на казарме. Артиллерия англичан не смогла подавить русские батареи; в течение дня перестрелка продолжалась с переменным успехом.
Бомбардировка русских позиций заставила военных инженеров во многом пересмотреть принятые ранее проектные решения. Шестой бастион, завершенный до начала Крымской войны, имел на вооружении артиллерию, превосходившую по количеству и калибрам французские батареи, действовавшие против этого укрепления с Рудольфовой горы. Однако с первых же дней укрепление почти не участвовало в боях. Дело в том, что там были установлены крепостные орудия на высоких лафетах и поворотных платформах; осколки снарядов в первые же часы выводили из строя лафеты, и орудия замолкали. Приходилось ожидать наступления сумерек, так как для замены лафетов требовалось установить подъемные механизмы, а в светлое время суток такие работы привлекали внимание противника. Иначе обстояло дело с морскими пушками: при повреждении станка пушки опрокидывались на бок и после замены устанавливались в боевое положение при помощи канатов. Вскоре на шестом бастионе все крепостные орудия заменили морскими. Эскарп и наружные крутости на этом бастионе были облицованы каменной плитой, но под действием разрывных снарядов облицовка стала рушиться и грунт обвалился. Пришлось добавлять земли и делать более пологие откосы.