19 января 1940 года подводная лодка С-1, выходя из Ботнического залива в подводном положении, вблизи маяка Грундкаллен оказалась под сплошным льдом и, продолжая движение, в течение четырех часов не могла всплыть. Поднявшись на поверхность, лодка дальше шла в тяжелых льдах. Примерно 75-80 миль С-1 продвигалась со скоростью 2-6 узлов. Временами скорость падала до нуля. Когда С-1, зажатая льдами, потеряла ход на траверзе маяка Мёркет, ее атаковали два финских самолета, шедшие на высоте 200 метров. Ни погрузиться, ни маневрировать лодка не могла. Но она имела 45-мм полуавтоматическую пушку 21 К, способную вести зенитный огонь. Из нее было выпущено 48 снарядов. Один самолет удалось сбить, а второй отказался от повторения атаки.
5 декабря подводная лодка Щ-324 обнаружила шедшую в надводном положении финскую подводную лодку «Ветехинен», однако атаковать ее не рискнула, опасаясь потопить советскую подводную лодку С-1, находившуюся в том же районе.
По данным германского историка Ю. Майстера, 5 декабря советская подводная лодка возле Утё обстреляла тремя снарядами немецкий пароход «Олива», но после выяснения национальности парохода прекратила обстрел. 10 декабря советская подводная лодка С-1 в районе Раумы обстреляла и потопила немецкий пароход «Больхайм» (3324 брт), который шел в Ленинград с грузом станков. 12 декабря немецкий пароход «Хельга Беге» севернее Ревалиштейна (Аэгна) получил четыре попадания снарядов с советской подводной лодки. 18 декабря немецкий пароход «Пиннау» тоже был обстрелян в Аландском море. Еще два немецких судна 29 декабря у Васы попали под неприцельный артогонь советской подводной лодки.
Стоит отметить, что из всех потопленных советскими подводными лодками судов лишь одно было потоплено торпедой, все остальные – артиллерийским огнем.
В ходе войны советские подводники понесли единственную потерю. 3 января 1940 года советская подводная лодка С-2 при погружении неподалеку от маяка на острове Мёркет подорвалась на мине и погибла вместе со всей командой.
13 января 1940 года подводная лодка Щ-324 атаковала финский конвой в составе двух транспортных судов, шедших в сопровождении сторожевых судов «Турсос» и «Аура» (бывшая президентская яхта). Рубка лодки при пуске торпеды подвсплыла на поверхность, и «Аура» начала сбрасывать глубинные бомбы в этом месте. Одна из бомб взорвалась в момент сброса, от чего «Аура» затонула, при этом 15 человек были спасены, 26 погибли.
Четыре финские подводные лодки несколько раз выходили в море, но им ни разу не удалось атаковать советские суда. Финские броненосцы береговой обороны отстаивались в шхерах возле Або и в боевых действиях не участвовали.
18 января 1940 года одиночный советский бомбардировщик с высоты 5 км сбросил две бомбы на стоявший на якоре в Котке финский ледокол «Тармо» водоизмещением 2300 тонн. Что удивительно, с такой высоты летчик добился прямого попадания. Ледокол был сильно поврежден, погибли 39 человек.
С 13 по 17 декабря 1939 года дивизион советских канонерских лодок подавил огнем приморские фланги линии Маннергейма.
По данным Майстера, в 1939-1940 годах Финляндия потеряла 71 судно. Из них на боевые корабли приходилось 14 (в том числе 4 канонерские лодки, 1 сторожевой корабль, 1 сторожевой катер, 4 минных заградителя, 4 тральщика). Остальные 57 судов – вспомогательные (в том числе 1 ледокол, 2 военных транспорта, 4 парохода, 6 буксиров, 4 шхуны, 40 различных катеров, 2 землечерпальных снаряда).
По данным труда «Советско-финляндская война 1939-1940 гг. на море», балтийцы потеряли 198 человек убитыми, 52 пропали без вести, 392 были ранены.
В феврале 1940 года моряки Балтийского флота оказали существенную помощь РККА в создании ледовых дорог через Финский залив. Дороги вели от фортов Красная Горка и Серая Лошадь к финским населенным пунктам Инониеми, Алипуумала и Юккола. Дороги имели ширину от 4-х до 6 метров и предназначались для движения колесных и гусеничных машин. На трассах через каждые два километра были установлены ацетиленовые мигалки.
Первоначально 23 самолета МБР-2 сбросили 7 тонн красящего вещества и пометили трассу. Потом было сделано густое обвехование дороги с обеих сторон елками. 19 февраля по трассе двинулись танки Т-26. При этом 20 февраля три танка провалились под лед. Тем не менее, с 20 февраля по 8 марта по льду Финского залива было переправлено около 10 тысяч боевых и транспортных машин и около 40 тысяч бойцов.
Любопытно, что и финны создали ледовую дорогу через пролив Северный Кваркен в Ботническом заливе от города Баса до шведской железнодорожной станции Хальмзунд протяженностью 90 км. Финны поливали водой сравнительно тонкий лед и создавали достаточно крепкий искусственный слой льда. Полотно дороги оказалось выше окружающего ледяного поля, поэтому меньше подвергалось снежным заносам. Дорога была открыта для автомобильного движения 17 февраля и эксплуатировалась до 24 марта 1940 года. Советское командование узнало об этой дороге лишь 31 мая 1940 года из германской газеты «Дойче Вер».