Ревельцы подумали и в апреле 1561 года присягнули на верность шведскому королю при условии сохранения всех своих прав. Узнав об этом, магистр Кетлер тоже вступил в переговоры с виленским воеводой Николаем Радзивиллом о присоединении Ливонии к Польше. В итоге в ноябре 1561 года Ливония с сохранением всех своих прав отошла к Польше, а магистр Кетлер получил Курляндию и Семигалию с титулом герцога и с вассальными обязанностями по отношению к Польше.
Ведя войну с Польшей, Иван IV старался сохранить мир со Швецией, поэтому ему пришлось закрыть глаза на захват шведами Ревеля. В августе 1561 года в Новгороде был подписан договор о сохранении перемирия на 20 лет. А вот в договоре, заключенном в сентябре 1564 года, русским пришлось признать территориальные приобретения Эрика XIV. К шведам отошли Колывань (Ревель), Пернов (Пярну), Пайда и Каркус с их уездами, за Россией же закрепилась Нарва.
По воле короля Эрика XIV отношения с Россией начали улучшаться. 16 февраля 1567 года шведские послы в Александровской слободе заключили с Россией договор о дружбе, союзе и взаимопомощи. Иван IV, наконец, согласился, чтобы шведский король сносился непосредственно с Москвой, а не с новгородским наместником. Обе стороны согласились также помогать друг другу войсками и деньгами в войне с Польшей.
Шведский генерал Горн взял захваченные поляками города Пернов и Вейсенштейн. Тем временем сильно накалилась обстановка внутри страны. Эрик вступил в конфликт с родным братом Иоанном (Юханом), герцогом Финляндским, и с большей частью шведской аристократии.
29 сентября 1568 года в Стокгольме вспыхнуло восстание. Эрик был свергнут с престола, объявлен сумасшедшим и заключен в тюрьму. На престол взошел его брат Иоанн (Юхан III). Новый король был женат на сестре польского короля Сигизмунда II и весьма симпатизировал полякам. Теперь разрыв с Россией был неизбежен.
В связи с ухудшением политической обстановки в Прибалтике Иван IV решил создать марионеточное Ливонское королевство. Датский герцог Магнус (Арцимагнус Крестьяновис в русских летописях) принял предложение Ивана Грозного стать его вассалом и в мае 1570 года был по прибытии в Москву провозглашен «королем Ливонским». Русское правительство обязалось предоставлять новому государству, обосновавшемуся на острове Эзель, военную и материальную помощь, чтобы оно могло расширить свою территорию за счет шведских и литовско-польских владений в Ливонии.
Союзные отношения между Россией и «королевством» Магнуса стороны намеревались скрепить женитьбой Магнуса на племяннице царя, дочери князя Владимира Андреевича Старицкого – Марии.
Магнус рьяно взялся за создание своего королевства. 21 августа 1570 года он подошел к Ревелю с 25-тысячным русским войском и большим отрядом из пришлых и местных немцев. Увещательная грамота, посланная к ревельцам, не подействовала, и Магнус начал осаду. Однако вынудить жителей к сдаче города голодом было невозможно, так как шведские корабли снабдили Ревель всем необходимым. Бомбардировка города тоже ничего не дала. 16 марта 1571 года Магнус сжег свой лагерь и отступил от Ревеля.
Неудачу Магнуса в дальнейшем стали объяснять тем, что датский король Фредерик II не оказал ему никакой поддержки, так как номинально он стоял во главе русских войск. Кроме того, Фредерик в самый разгар осады оказал шведам услугу: заключил с ними 13 декабря 1570 года Штеттинский мир, позволив им тем самым высвободить флот и направить его к осажденному Ревелю.
В конце 1572 года 80-тысячное русское войско, во главе которого был сам царь, вступило в Эстляндию. Город Вейсенштейн был взят приступом, при котором пал царский любимец, опричник Малюта Скуратов-Бельский. Пришедший от этой потери в страшную ярость царь повелел сжечь живьем всех пленных шведов и немцев. Овладевши Вейсенштейном, Иван IV возвратился в Новгород.
Русские же воеводы продолжали военные действия в Эстляндии. Они взяли Нейгоф и Каркус. Но в чистом поле русские войска не могли противостоять хорошо обученной и соблюдавшей «европейский» строй шведской пехоте. У местечка Лоде русские войска потерпели поражение от шведского генерала Клауса Акесона Тотта.
13 июля 1575 года на реке Сестре возле Систербека встретились русские и шведские послы и подписали странное перемирие. Оно касалось лишь русско-шведской границы на Карельском перешейке и в Карелии. Спор же об Эстляндии должен был решиться оружием.
В начале 1576 года шеститысячный русский отряд вновь вторгся в Эстляндию. Города Леаль, Лоде, Фикель, Габсаль сдались им без выстрела. Эзель был опустошен. Падис сдался после однодневной осады, и шведы тщетно пытались взять его снова.
В январе 1577 года 50-тысячное русское войско явилось под Ревель и расположилось здесь пятью лагерями. На этот раз русские располагали довольно приличной осадной артиллерией. Согласно летописи, у них было 28 пушек: четыре пушки, стрелявшие каменными ядрами по 225 фунтов, три пушки калибра 55-58 фунтов, шесть пушек от 20 до 30 фунтов и пятнадцать пушек от 12 до 6 фунтов.