Как и следовало ожидать, Карл не замедлил показаться под Варшавой. Шулленбург спешно Покинул столицу и начал отступать в Силезию, которая тогда принадлежала австрийскому императору. Карл XII преследовал саксонцев и атаковал их около города Гурнау. После кровопролитного боя Шулленбургу все же удалось в полном порядке увести остатки своей армии в Силезию.
Четыре русских полка отступали от Варшавы самостоятельно, под началом полковника Герца. Шведы настигли их близ Фрауштадта. Русские храбро защищались против численно превосходившего неприятеля и, потеряв 900 человек убитыми, засели в деревне Тиллерот. На следующий день шведы атаковали деревню, где русские солдаты защищали каждый дом. Шведы предложили сдаться, грозя поджечь деревню. Русские отвечали, что будут защищаться до последнего человека, и сдержали слово: многие из них пали с оружием в руках либо погибли в подожженных шведами домах. Лишь немногим удалось уйти.
В начале ноября 1704 года военные действия прекратились, шведы расположились на зимние квартиры вдоль силезской границы. Паткулю так и не удалось взять Познань и, сняв осаду, он отвел войска в Саксонию, в город Лаузиц.
В течение 1703-1704 годов почти вся правобережная Украина не подчинялась польским королям – ни Августу, ни Станиславу. Власть там принадлежала трем полковникам: Самусю, Искре и Палею. Полковники вели себя как удельные князья, конфликтовали друг с другом и ябедничали в Батурин гетману Мазепе. Последний жаловался на всех троих в Москву. Особенно много доносов шло на Палея, которого Мазепа не без оснований считал своим конкурентом. В сложившейся ситуации, когда Карл, Петр и оба польских короля были заняты исключительно своими собственными делами, Мазепа мог вполне реально строить планы объединения всей Украины под своей властью, без ляхов и москалей.
В апреле 1704 года Мазепа получил царский указ – выступить с казацким войском в польские владения против приверженцев Лещинского. Войска Мазепы вошли в польские пределы и объединились там с отрядами Палея.
В конце концов, Мазепе удалось сфабриковать обвинение против Палея, что якобы он собрался перейти на сторону Лещинского. Мазепа арестовал Палея и его сына. По указу Петра их сослали в Сибирь, в город Енисейск.
Царь вернул Палея на Украину лишь после измены Мазепы, но ссылка подорвала здоровье казака, и он в 1710 году умер.
От войны в Польше перейдем к боевым действиям в Прибалтике.
Прежде чем овладеть Дерптом и Нарвой, Петр решает разделаться со шведской флотилией на Чудском озере. Шведская озерная флотилия в навигации 1702 и 1703 годов опустошала русские берега. Было уничтожено свыше 30 деревень и потоплено много русских судов, включая галиоты и галеасы. Осенью 1703 года флотилия ушла зимовать в город Дерпт (Тарту) по реке Амовже (она же Эмбах и Эмайыги).
8 апреле 1704 года семитысячный русский отряд при 18 пушках под началом генерал-майора Вердена скрытно занял позицию у впадения реки Амовжи в Чудское озеро. Верден получил указание не впускать шведскую эскадру в озеро. Ничего не подозревая, шведы двинулись вниз по течению, но 3 мая в устье реки попали в русскую засаду. С берега ударили пушки, на воду были спущены лодки с пехотой, которая пошла на абордаж. Флагманское судно адмирал Лошер приказал взорвать, остальные 13 сдались русским. Победителям достались 86 пушек и 138 пленных. В донесениях взятые суда именуются шкутами (небольшие парусно-гребные суда с вооружением от 2-х до 14 пушек малого калибра).
Вечером 4 июня под Дерптом появился авангард армии фельдмаршала Шереметева. Дерпт был укреплен сравнительно слабо. Строительство земляных бастионов еще не закончилось. Вооружение крепости состояло из 84 пушек, 18 мортир, 6 гаубиц и 16 дробовиков. Гарнизон состоял из 5 тысяч человек под командованием полковника Шютте.
9 июня к Дерпту подошли основные силы русских вместе с Шереметевым. Непосредственно осаду города вели пять драгунских полков общей численностью 4975 человек и шесть пехотных полков численностью 5702 человек. Вместе с ними прибыло 55 орудий и 159 человек прислуги. Всего же в районе Дерпта силы русских превышали 21 тысячу человек.
Бомбардировка крепости началась 10 июня. Русские осадные батареи расположились по обоим берегам реки Амовжи. 3 июля к осадной армии внезапно приехал сам царь Петр и фактически принял командование на себя. 6 и 7 июля русские из 24 пушек и 11 мортир обстреливали Русские ворота, снеся до основания башню над ними. В ночь на 10 июня русские провели траншеи от ворот Святого Якова до Пороховой башни, приблизившись, таким образом, к пункту атаки с двух сторон. К вечеру 12 июля уже все было готово для штурма. Напротив Русских ворот, под прикрытием дыма от загоревшегося на шведском берегу дровяного склада, русские наскоро возвели мост через Амовжу.