Работы в ГУ АС велись силами заключенных, приговоренных к ИТР, а также польских военнопленных. Осужденные работали на 156 объектах, военнопленные на 11. Всего по состоянию на 15 июня на строительстве было занято 225 791 осужденный и 16 371 военнопленный.
К июлю 1941 г. многие объекты (на Дальнем Востоке, в Центральных областях) были закончены. Закончить остальные помешала война.
К началу Великой Отечественной войны в распоряжении НКВД СССР находились мощные трудовые ресурсы, способные решать широкий круг задач. По состоянию на 1 января 1941 г. в лагерях и колониях насчитывалось 1 929 729 заключенных, в т. ч. около 1680 тыс. мужчин трудоспособного возраста. В этот же период времени общая численность рабочих в народном хозяйстве СССР составляла 23,9 млн. чел, а рабочих промышленности — около 10 млн. человек. Таким образом, осужденные ГУЛАГа составляли около 8 % рабочих СССР.
Начало войны поставило перед руководством НКВД ряд задач. Было необходимо определить основные направления хозяйственной деятельности наркомата в условиях военного времени, произвести мобилизацию наличных материальных средств и трудовых ресурсов и сконцентрировать их на выполнении приоритетных задач. Наконец, в ходе войны пришлось принимать меры по сохранению производственного потенциала и поддержанию его на уровне, позволяющем выполнить намеченную производственную программу.
Выполнение первой задачи началось еще до начала войны. Приказом НКВД № 00767 от 12 июня 1941 г. вводился в действие мобилизационный план для предприятий ГУЛАГа и Главпромстроя по производству боеприпасов. В производство запускались: 50-мм мина, 45-мм картечь и ручная граната РГД-33. Задание на 1941 г. предусматривало поставку 615 тыс. картечей, 500 тыс. ручных гранат и 200 тыс. мин.
Полной перестройки производственных программ хозяйственных подразделений на военные рельсы не планировалось. Мобилизационный план получили только 17 колоний из более чем 400, входивших в состав УИТК ГУЛАГа. Все эти 17 колоний были расположены вблизи крупных промышленных центров и являлись самыми приспособленными для выпуска промышленной продукции в силу наличия необходимого оборудования. В силу объективно сложившихся обстоятельств этот мобилизационный план пришлось заменять более радикальным уже в ходе войны.
В июле 1941 г. руководством НКВД был определен перечень строек, которые по степени готовности не имели перспектив быть законченными в ближайшее время (2 года). Таких набралось более 50, и специальным приказом все работы на них были приостановлены. Оборудование и личный состав направлялись на более перспективные объекты. В августе 1941 г. был определен и перечень 64 строек, завершение которых приобрело приоритетное значение.
Перед НКВД встала также задача передачи значительных контингентов осужденных за малозначительные преступления в РККА. По ходатайству НКВД Президиум Верховного Совета СССР дважды, 12 июля и 24 ноября 1941 г., принимал указы об амнистии и освобождении таких людей, которые сразу же, организованными командами, направлялись из мест заключения в военкоматы. По двум этим указам было передано для укомплектования РККА 420 тыс. граждан СССР. Всего же за годы войны в ряды вооруженных сил влилось 975 тыс. бывших заключенных, освобожденных после 22 июня 1941 г., т. е. личный состав для 70 полнокровных дивизий.
Много хлопот доставила эвакуация лагерей и колоний из зоны боевых действий. Всего за два первых военных года подверглись эвакуации 27 исправительно-трудовых лагерей и 210 колоний (почти половина их предвоенной численности), общей емкостью свыше 750 тыс. заключенных. Эвакуация осложнялась отсутствием транспорта, из-за чего некоторые места лишения свободы пришлось выводить пешим порядком на расстояние до 1000 км, а также из-за того, что командованием отходящих частей РККА заключенные привлекались к сооружению оборонительных рубежей, где подвергались нападениям авиации, а иногда и сухопутных войск противника.
Тем не менее, с июля по октябрь 1941 г. удалось вывести в тыл 325 тыс. заключенных, которые были немедленно направлены на ударные сверхлимитные строительства. Севпечлаг (строительство Северо-Печорской железнодорожной магистрали) получил 40 тыс. чел., Безымянлаг (строительство Куйбышевских авиазаводов) — 30 тыс. чел., Норильлаг — 10 тыс. чел.