Но всеми любимый полководец князь Михаил, освободитель Москвы, внезапно умер. Брат царя, Дмитрий Шуйский, который считал себя наследником престола, возненавидел князя Михаила, боялся, как бы он не отнял у него престол. Тем более в народе считали, что лучшего царя, чем князь Михаил, не найти. Ведь Дмитрия Шуйского не любили за его непомерную гордость. Так вот, Дмитрий с женой пришёл на крестины сына князя Ивана Воротынского, который попросил Михаила стать ему крёстным отцом. И, якобы, жена Дмитрия, Екатерина, дочь Малюты Скуратова, поднесла Скопину-Шуйскому чашу с вином. Ему стало плохо, из носа хлынула кровь, и после двух недельных мучений, 23 апреля 1610 года, он умер. Объявили, что он отравился маринованным грибом, но так как никто, из сидевших за столом, не заболел, поползли слухи, что его специально отравили. Михаилу Скопину-Шуйскому было двадцать три с половиной года, его жена Александра Головина и его мать после его смерти ушли в Покровский монастырь. После похорон толпа москвичей бросилась громить дом Дмитрия Шуйского. Это было ударом для царя, народ плакал о князе Михаиле и ненавидел Шуйских, трон царя Василия зашатался.
А у Лжедмитрия дела стали совсем плохи: в конце декабря 1609 года он, переодевшись в крестьянское платье, на навозных дровнях вдвоём со своим шутом, бежал из Тушина в Калугу собирать войска. Марина осталась одна и беспрерывно писала всем письма, где отстаивала свои права и подписывалась всегда: царица Марина. Но через два месяца Марина не выдержала, боясь быть убитой, переоделась в солдатский мундир и бежала сначала в Дмитров, потом в Калугу, к мужу. Сначала они жили в монастыре, а потом там для них построили дворец. И тут, на их счастье, в битве Клушиным 24 июня 1610 года поляки наголову разбили армию, руководимую братом царя Дмитрием Шуйским, который шёл на выручку Смоленску. А ведь Дмитрий Шуйский имел значительный перевес над польским войском гетмана Станислава Жолкевского. Армии фактически не осталось, а Дмитрий Шуйский бежал с поля боя, бросив свою саблю, булаву главнокомандующего, вышитое золотом знамя, часть военной казны, весь багаж и провиант армии, – все это попало в руки поляков. В этом хаосе Дмитрий с Мариной двинулись к Москве, города сдавались ему и, наконец, самозванец остановился в селе Коломенском.
Разгром армии оказался последней каплей в судьбе Василия Шуйского. Его правительство уже не могло контролировать события, сам Василий оказался бессилен что-нибудь изменить. И 17 июля 1610 года в Москве вспыхнул мятеж, и Боярская Дума сместила его. Слабое четырёхлетнее правление царя Василия ничего хорошего России не принесло, да и конец его трагичен. Шуйского насильно постригли в монахи в Чудовом монастыре, его держали за руки, но он так и не произнёс слова обета, сжал зубы. Но больше всего на свете он не хотел расставаться с любимой женой, но его жену Марию отвезли в Ивановский женский монастырь. И она стала инокиней Еленой, прожила там долгую жизнь, на четырнадцать лет пережив своего мужа. Детей у них, слава Богу, не было, единственная дочь Анна умерла маленькой в 1609 году.
А в России тем временем происходили совсем уж неслыханные события. Русский престол вновь освободился и власть оказалась в руках семи московских бояр во главе с Фёдором Мстиславским. И они решили пригласить на русский престол польского королевича пятнадцатилетнего Владислава, с условием принятия православия. 17 августа подписали договор, по которому русским царём становился королевич Владислав. В ночь на 21 сентября бояре тайно открыли ворота Московского Кремля, и гетман Станислав Жолкевский вошел с польским гарнизоном в Кремль. Он был назначен наместником Москвы, но считалось, что Владислав уже царствует, в церквах за него молились, от его имени судили, чеканили монеты и медали с его изображением. Сам Жолкевский был при гарнизоне, который насчитывал несколько тысяч человек. Филарета митрополита Ростовского освободили и назначили в посольство к Сигизмунду III.
Быть бы королевичу Владиславу русским царём, но возникло препятствие: Патриарх Московский Гармоген отказался его благословлять, мало того, он стал писать воззвания народу, призывая его на борьбу с поляками. Тогда Патриарха Гармогена заключили в Чудовом монастыре и приставили стражу. Держался он героически, ему угрожали смертью, а он отвечал, что не боится их, а боится одного Бога.