Наполеон пробыл в Вильно с 28 июня по 16 июля. Жомини считал эту задержку величайшей ошибкой, какую совершил император за всю свою жизнь. По мнению этого военного историка, который прошел войну 1812 года в качестве бригадного генерала в наполеоновской армии, если бы Наполеон, не задерживаясь в Вильно, пошел прямо к Минску, он не дал бы ускользнуть Багратиону, настиг бы и уничтожил его. Но уже в это время император стал получать требования командиров корпусов дать войскам отдых. К тому же требовалось подтянуть отставшие обозы. От недостатка фуража начался падеж лошадей. Болезни угрожающе косили ряды армии с первых дней похода. Достаточно сказать, что при выступлении Наполеона из Вильно даже из немногих отборных полков, стоявших в самом городе, 3000 больных и раненых солдат были оставлены в городе. Но хуже всего, даже хуже болезнетворной жары, было неожиданное, в высшей степени тяжелое положение с продовольствием для людей и кормом для лошадей. Быстрота движения армии, за которой не мог угнаться обоз, порождала голод и мародерство.
У Наполеона были заготовлены колоссальные магазины, обильнейшие запасы, но все эти бесконечные фуры не могли догнать быстро двигающуюся армию, и, еще даже не войдя в пределы России, солдаты стали грабить население. Надежда на широкое использование местных продовольственных и фуражных ресурсов не оправдалась, русские старались уничтожать все, что могло бы оказаться полезным врагу. При остановках на ночлег в деревнях создавалось необычайное скопление войск, что лишало наполеоновских солдат необходимого отдыха. Даже когда были мука и мясо, полковые пекарни и кухни не успевали из них готовить еду для такого количества людей.
Уже 2 июля, через восемь дней после вторжения в русские пределы, Наполеон подписал суровый приказ по армии: арестовывать всех солдат, уличенных в грабеже и мародерстве, предавать их военно-полевому суду и в случае обвинительного приговора расстреливать немедленно. Но даже частые казни, перед чем никогда не останавливался маршал Даву, не помешали непрерывным грабежам со стороны войск 1-го корпуса французской армии, занявших Минскую губернию; о других корпусах нечего и говорить.
Дисциплина в «Великой армии» совсем не походила на обычную дисциплину наполеоновских войск, так восхищавшую военных того времени. Да и сама армия была не та, что прежде. Французы в ней на этот раз составляли меньшинство, преобладали же немцы, итальянцы, голландцы, португальцы, испанцы, хорваты, швейцарцы. Никогда еще Наполеону не приходилось в самые первые дни войны выслушивать столько докладов о дезертирах, об отстающих, о солдатах, покидающих ночью полк, чтобы, собравшись в шайки, заниматься мародерством. В немецких частях начались беспорядки. Вюртембергскую бригаду пришлось даже расформировать. Дело дошло до того, что император приказал своему начальнику штаба Бертье передать 4 июля маршалу Нею повеление: «Разослать отряды кавалерии под начальством офицеров главного штаба, чтобы изловить отставших, многие из них совершают преступления и кончают тем, что попадают в руки казаков».
Учитывая это, Наполеон решил приостановить действия против 1-й русской армии и ограничиться окружением армии Багратиона. Группу Даву император усилил дивизией Клапареда, входившей в состав Молодой гвардии.