Во время учёбы Марджани не поддавался влиянию ходивших среди народа веяний и друзей, остерегался увлечения опиумом, нюхательным табаком, что успело заманить в свои сети многих жителей Бухары. Он старался сохранить свои мысли чистыми, быть твёрдым и непоколебимым в своих принципах. Однажды он рассказал своим ученикам в Бухаре: «Многие из тех, кто учатся здесь, поддаются влиянию узбеков, перенимают их вредные привычки, увлекаются опиумом и нюхательным табаком. Впадая в опьянение, они обманываются ложными наслаждениями, теряют старательность и забывают учёбу. Хвала Аллаху, я и мой младший брат Садрутдин уберегли себя от таких вещей».
В молодости многие люди, следуя за своими друзьями, перенимают у них вредные привычки. Таким привычкам обучают больше друзья, чем враги. Поэтому друзья, имеющие дурные мысли, не стесняющиеся совершать дурные действия, оказывают самое пагубное влияние. Для того чтобы в молодости защитить себя от испорченности, нужно, как Марджани, обладать твёрдым характером, ценить невинность и чистоту, выбрать свой путь и твёрдо следовать по нему, не поддаваясь уговорам друзей.
Так как Марджани старательно учился, будучи в Бухаре, он прочёл много книг и усвоил большой материал. Он не проводил много времени с друзьями, не был завсегдатаем на собраниях, да и перед учителями не старался блеснуть знаниями, поэтому некоторые его товарищи говорили: «Марджани в Бухаре не занимался серьёзно уроками. Он сидел, запершись в своей комнате, и посвящал своё время ненужным вещам». Несмотря на это, своими стараниями, независимостью в суждениях, непоколебимостью взглядов и тонкостью суждений Марджани привлёк внимание своих учителей. Некоторые преподаватели, давая высокую оценку его знаниям, даже предлагали ему остаться в Бухаре в качестве учителя.
Ученики Марджани тоже любили и уважали его, признавали его взгляды, обучались по его методу, который шёл вразрез с методами, заведёнными в Бухаре.
Выше мы уже писали, что любовь Марджани к написанию книг проявилась уже в деревне, он сочинил пару небольших трудов. С детства любил историю и интересовался у деда биографиями учёных и разных авторов, любил читать надписи на надгробных камнях. Теперь мы расскажем немного о том, создавал ли он книги в Бухаре.
Судя по книгам, которые Марджани использовал в Бухаре, и его записям, можно сделать выводы, что он обращал внимание на род учёных и занимаемые ими степени. В различных записях и сборниках содержится много информации, касающейся биографий разных людей. Если в какой-либо из прочитанных им книг встречалось имя одного учёного, на полях Марджани делал записи о роде, авторитете, жизненных принципах, дате рождения и смерти этого человека. Видно, что он старался узнать как можно больше о каждом учёном, имя которого слышал. Марджани переписал много информации из исторических книг на арабском и персидском языках. В год своего возращения из Бухары по его просьбе группа переписчиков переписала для него книгу «ал-Джавахир ал-муди’а фи табакат ал-ханафиййа» («Сияющие драгоценности о классификации ханафитов»). Судя по всему, для своей самой большой работы «Вафиййат ал-аслаф» Марджани собрал много информации именно в Бухаре. Он и сам рассказывал своим ученикам: «Вафиййат ал-аслаф» я начал писать именно в Бухаре».
Должно быть и тюрко-татарской историей он начал интересоваться именно в Бухаре. Об этом свидетельствуют записи, сделанные из арабских и персидских книг. В книге «Мустафад ал-ахбар» Марджани пишет: «Книгу Ибн Фадлана я переписал именно в Бухаре». Мы увидели довольно много сведений о ханах Бухары и Хивы. Видимо, важную для себя информацию об этом Марджани начал собирать в Бухаре, потому что в конце одного письма на персидском языке он написал так: «Это письмо написано в 1221 х./1806 г. эмиром Бухары Амиром Хайдаром ибн Макзумом визирю Османской империи Йусуф-паше. Я переписал его с полей одной книги, которую взял почитать в самом начале своего приезда в Бухару». Правда, важные для истории части письма были вырваны и потеряны.
Марджани сам пишет, что довольно много информации, использованной для написания книги «Гурфат ал-хавакин ли ма’рифат ал-хавакин» («Пригоршня знаний для познания хаканов»), он собрал именно в Бухаре.
Кроме этого работы «ат-Тарика ал-мусла ал-акида ал-хусна» («Достойным подражания путём и наилучшим убеждением»), «И’лам абна’ ад-дахр би-ахвал ахл маварааннахр» («Уведомлении сынов эпохи о положении жителей Мавераннахра»), «Шарх мукаддимат ар-рисала аш-шамсиййа» («Комментарии к введению трактата «Солнечный») он также написал в Бухаре. Очень внимательно читая книги в Бухаре, всю важную информацию и мысли, посетившие его при их прочтении, он записывал на полях этих произведений. Мы встретили довольно много таких заметок в книгах «‘Акида ан-Насафи», «Мулла Джалал». Можно сделать выводы, что некоторые из этих записей сделаны именно в Бухаре. Но многие из них были исправлены и дополнены по возвращении в Казань.