Уже в 1692 году Петр охладел к жене и сблизился в Немецкой слободе с Анной Монс. 23 сентября 1698 года Евдокию отправили в Суздальско-Покровский монастырь и насильно постригли в монахини под именем Елены.
В 1718 году переведена из Суздаля в Ладожский Успенский монастырь, где семь лет до кончины Петра I жила под строгим надзором. В 1725 году Екатерина I заключила ее в Шлиссельбург, где она находилась в строго секретном заключении как государственная преступница под именованием «известной особы».
С воцарением своего внука Петра II (спустя несколько месяцев), Елена (Евдокия) была перевезена в Москву и жила сначала в Вознесенском монастыре в Кремле, затем в Новодевичьем монастыре. На ее содержание было определено 4500 рублей в год, по приезде Петра II в Москву сумма была увеличена до 60 тысяч рублей ежегодно.
Умерла 27 августа 1731 года при правлении императрицы Анны Иоанновны. «Бог дал мне познать истинную цену величия и счастья земного», — сказала она перед смертью.
Похоронена в соборной церкви Новодевичьего монастыря у южной стены собора Смоленской иконы Божьей Матери рядом с гробницами царевен Софьи и ее сестры Екатерины Алексеевны.
В 1813 году вступил в ряды русской армии и принял участие в заграничном походе. При взятии Дрездена попал в австрийский плен, но был освобожден 8 июля 1814 года и, вернувшись в Варшаву, вступил в армию Царства Польского, в которой дослужился до майора. В 1818 году написал книжку: «Замечания одного офицера по поводу признанной потребности устройства евреев и в нашей стране», а в 1819 году основал «национальное масонство» — масонскую организацию, официальной целью которой было улучшение морали в армии и обществе, а скрытой — подготовка восстания для восстановления независимости Польши.
Летом 1822 года был арестован. 1 июня 1824 года военный суд приговорил его к девяти годам тюрьмы. Пытался организовать гарнизонный бунт в крепости Замостье, за что ему был удвоен срок заключения. Когда в 1830 году вспыхнуло Польское восстание, по распоряжению Николая I переведен в Шлиссельбургскую крепость, где провел всю оставшуюся жизнь.
«Государственного преступника Царства Польского содержать самым тайным образом, чтобы никто, кроме вас, не знал даже его имени и откуда он привезен» — было сказано в предписании коменданту.
Умер в 27 февраля 1868 года, проведя в заключении 46 лет.
Отсидел 18 лет. Освобожден по амнистии 23 октябрю 1905 года и в дальнейшем от политической деятельности отстранился.
С 1911 года работает в Геологическом комитете. За исследование «Неорганическая жизнь земли», посвященной зональному метаморфизму горных пород, удостоен серебряной медали Географического общества и премии Академии наук. В 1915 году выдвинул гипотезу о связи оледенений с горообразовательными процессами. 1 января 1920 года назначен исполняющим обязанности профессора на кафедре геологии Университета Стефана Батория, летом того же года стал профессором и заведующим кафедрой физической геологии.
Умер в 1929 году в Польше.
Оставил «Воспоминания о деле 1 марта 1887» (1917 г.).