Инспирированный Кантом дух критицизма, основательно усвоенный Шопенгауэром, подвигнул его на радикальную критику тех философских творений, которые замыкались на различных видах абсолюта. В этом плане примечательно его отношение к учению молодого Шеллинга, которого он изучал еще в геттингенском университете, а в дрезденские годы снова к нему вернулся, внимательно штудируя его работу «О мировой душе» (1798), представляющую один из набросков его натурфилософии. Основная мысль натурфилософии Шеллинга — согласие системы природы с системой нашего духа.
По Шеллингу, сущность органического мира предстает как плавный поток причин и действий, текущий по прямой только тогда, когда природа ничем его не задерживает; иначе он возвращается по кругу к самому себе. Природа, как и дух, бесконечна только в своей конечности, а связь между органической и неорганической природой обеспечивается одним и тем же принципом. Существенное во всех вещах заключается в жизни, а случайное есть только род их жизни; даже мертвое в природе не само по себе мертво, но являет собой погасшую жизнь.
В живом организме природа реализует принцип индивидуальности: во всех живых существах протекают сходные процессы, но протекают уникально, поэтому жизнь — единство общего и индивидуального. Шопенгауэр положил мысль о единстве неорганического и органического миров в основу своего учения о воле. Близки Шопенгауэру и мысли Шеллинга об «унитарных идеях», выражающих единство природы, и о ступенях природы («потенциях») как восхождении и нисхождении форм, и о внутреннем противоборстве в явлениях. В дальнейшем эти положения Шеллинга угадываются в обосновании единства мира, сущностью которого является воля, в определении уровней воли, в размышлениях о воле к жизни и о смерти как переходе на иной уровень существования материи и пр.
Шеллинг в этом сочинении затрагивал также проблему, которая была в центре внимания Шопенгауэра: речь идет о воле. «Подлинный химический процесс жизни, — писал Шеллинг, — объясняет нам только слепые и мертвые действия природы, которые происходят как в одушевленном, так и в мертвом организме, но не объясняет, как сама природа как бы сохраняет свою волю в действиях этих слепых сил в одушевленном существе… это может быть объяснено только из начала, которое находится вне сферы химического процесса и не входит в него» (70. Т. 1. С. 138).
Не прошел Шопенгауэр и мимо рассмотрения Шеллингом проблемы воли в трактате 1809 года «Философское исследование о сущности человеческой свободы», осветившем ему путь. Воля понимается Шеллингом вслед за Я. Беме как неопределенная праоснова бытия (Urgrund), как бездна и безосновность (Ungrund), которая является бессознательным, темным неразумным стремлением. Она являет собой изначальное вожделение — непостижимую основу реальности вещей, «никогда не исчезающий остаток» (70. Т. 2. С. 109). Шеллинг был продолжателем той метафизической традиции, которая проявилась в XIII веке у Дунса Скота («Ничто, кроме воли, не является причиной всего того, что хочет воля»), а в XIV веке — у Оккама и др. Оккамизм оказал сильное влияние на Лютера, и благодаря протестантизму метафизическое учение о воле сыграло важную роль в становлении новоевропейской мысли.
Весь мир, проникнутый единым животворящим принципом, Шеллинг называет Мировой душой. Он напоминает о древней связи, существовавшей у греков между физикой, с одной стороны, поэзией и мифологией — с другой, когда, говоря об огне, прибавляют «не угасший на земле со времен Прометея», либо — о верхних слоях атмосферы как «о тех сферах, в которых жили боги». Шеллинг ведет речь о «возвращении к самому древнему и святому „естественному богопочитанию“. Шопенгауэр в этом пункте расходится с автором „Мировой души“.
„Шеллинг, — отмечает Шопенгауэр, — проделал со своим абсолютом то же, что сделали со своим Богом благочестивые и просвещенные теисты — они выразили логическую невозможность его существования, которое может приниматься лишь как образное выражение абстрактного закона: рассудок ограничен только чувственно воспринимаемым и его способности значимы только для этого мира; я же (просвещенный теист) принимаю более высокую ступень высшего сознания“ (134. Bd. 2. S. 326).
Не отрицая познание, которое достигается с помощью рассудка, Шопенгауэр уверен, что нельзя ограничиваться признанием исключительно рассудочного познания. Он предостерегает от увлечения таким подходом, ибо при нем теряют значение и рассудок, и познание: рассудок изрекает бессмыслицу, а знание теряет очевидность. Как известно, Шопенгауэр называет знание, которое возвышается над рассудком, лучшим сознанием. Но об этом сознании, замечает он теперь, следует говорить с осторожностью: о том, что нельзя выразить, нужно молчать.