В 1302 году началась война между Францией и союзом Англии, Шотландии, Норвегии и Фландрии, в ходе которой войска Филиппа IV потерпели несколько крупных поражений. Английскими войсками впервые самостоятельно командовал принц Эдуард. Маргарита находилась в положении и потому не последовала за мужем во Францию.
В феврале следующего года на свет появился первенец Маргариты и Эдуарда, в крещении названный Хьюго. Восприемником младенца из купели стал архиепископ Андфинн Шотландский. В июне того же года, после заключения мира с Францией, принц Эдуард вернулся на родину.
В том же году произошёл знаменитый конфликт между Филиппом Французским и Бонифацией VIII, который чуть было вновь не привёл к войне, однако смерть Бонифация и избрание Бенедикта XI несколько притушили конфликт. Тогда же к новому Папе в Перуджу было направлено совместное посольство Шотландии и Англии с ходатайством о возведении Архиепископа Андфинна в сан кардинала. Новый папа, желая укрепить своё положение, пошёл навстречу просьбе двух монархов, в результате чего в июне 1304 года у Шотландии появился первый кардинал.
В 1305 году скончался Эдуард I и на престол вступил Эдуард II. Маргарита стала королевой Англии и Шотландии, а её сын Хьюго к своему титулу "герцог Эдинбургский" получил титул принца Уэльского и стал наследником двух корон. В том же году у Маргариты родился сын, названный Эдуардом.
На следующий год королевская семья посетила Шотландию, где шотландской знати был представлен юный герцог Эдинбургский. В качестве жеста, призванного упрочить связь двух монархий, в Эдинбург был возвращён Сконский камень, а в Эдинбургском меморандуме было определено, что все будущие короли Шотландии должны будут короноваться в Эдинбурге независимо от того суверенами ещё каких стран они являются.
В 1307 году разразился знаменитый кризис с Орденом тамплиеров, когда Филипп IV c согласия Климента V произвёл массовые аресты тамплиеров и конфискацию их имущества. Англия и Шотландия заняли выжидательную позицию. По поручению Эдуарда и Маргариты весной следующего года Андфинн отправился в Рим на встречу с Папой. В июле Андфинн удостоился аудиенции, после которой внезапно умер, а на его место в коллегии кардиналов был назначен молодой французский епископ, приходившийся родственником Клименту.
Эта смерть породила крупный кризис в отношениях между Маргаритой и Климентом. Маргарита обвинила папу в непотизме и симонии, а также открыто говорила о том, что смерть любимого кардинала была выгодна Франции. Климент наложил на Маргариту епитимью и отправил в Шотландию нового архиепископа, по "счастливой случайности", также состоявшем в родстве с Климентом.
Маргарет не смирилась, не приняла нового архиепископа, а к ведущим правящим домам Европы направила послания, в которых обвиняла Папу во множестве преступлений и требовала смены главы католического мира. Маргариту поддержали муж, дядя, король Арагона, Валенсии, Сицилии и Сардинии Хайме II Справедливый, Генуэзская республика и ряд более мелких, но не менее владетельных и влиятельных лиц. Более того, Маргарет объявила, что в своих землях берёт под свою защиту тамплиеров, которые были названы "жертвами алчности и чудовищного оговора". В ответ Климент V заявил об отлучении Маргарет от церкви.
В течение следующих трех лет территория Франции и Италии стала ареной войны. Филипп IV при поддержке Папы объявил крестовый поход против Шотландии и начал войну, атаковав английские владения в Аквитании. В ответ англо-шотландская армия высадилась в Пикардии. Норвежский флот, направленный в следующем году Хоконом V на помощь племяннице, опустошил побережье Франции вплоть до Бретани. Арагонская армия совместно с сицилийской армией высадились в Калабрии и начали совместные действия против Неаполитанского королевства.
Маргарита нанесла страшный удар по папской казне, забрав десятину, собираемую в Шотландии. Она заявила, что эти деньги получит церковь, но не Папа, после чего на эти деньги был сформирован двухтысячный рыцарский отряд, костяк которого составляли тамплиеры. Этот отряд отличился в Пикардии, разорив графство Валуа — аппанаж Карла Валуа, брата Филиппа IV, а также решил исход крупного сражения на границе Нормандии и Пикардии.
Тогда же враги дали Маргарет прозвище "Шотландская валькирия".
В 1310 году в войну вступил Генрих VII, король Германии, желавший удовлетворить свои притязания в Италии. К концу 1311 года союзник Филиппа IV и папы Климента Роберт Неаполитанский вынужден был капитулировать.