Вероятно, довольно оптимистичное настроение Зорге было связано с тем, что он никогда не верил, что его ждет высшая мера наказания. Однажды он сказал Охаси, что будет являться ему в виде привидения, если получит смертный приговор, на что полицейский удивленно возразил: «Вы хотите сказать мне, что, будучи материалистом, верите в привидения?» — и оба весело рассмеялись. Но Зорге не учел того, что имеет дело с японцами, умеющими четко разделять личные и деловые отношения. 7 марта 1942 года, когда полицейское следствие по делу Зорге было закончено и можно было переходить к прокурорскому расследованию, Охаси устроил мини-вечеринку для заключенного, принеся ему немного фруктов и чая. Зорге что-то подарил ему — мы не знаем, что именно, но сопроводил подарок искренней дружеской запиской с благодарностью за «…самое глубокое и самое доброжелательное следствие по моему делу в течение зимы 1941–1942 годов. Я никогда не забуду его доброту, проявленную им в самое трудное время моей полной событий жизни». Через четыре дня доброжелательный (возможно, он и был таковым — в жизни, но не на службе) Охаси в своем заключении по делу настойчиво рекомендовал повесить человека, от которого только что принял подарок: «Вред, причиненный нашей стране, огромен и ужасен по своим последствиям. Соответственно, рекомендуется наказать преступление смертной казнью».
На прогулки и для перевозки в здание суда на допросы заключенным надевали на голову старинную японскую соломенную шляпу, надвигавшуюся до подбородка, с прорезями для глаз. В таком виде их ориентация в пространстве была затруднена точно так же, как их должно было бы трудно узнать снаружи, если бы они не были иностранцами. На японцев при этом надевали кандалы, а на иностранцев — новенькие никелированные наручники. Заключенных разведчиков возили в суд и прокуратуру на допросы вплоть до 5 декабря 1942 года. Суд начался в апреле 1943-го и шел еще полгода. 29 сентября он вынес смертный приговор Рихарду Зорге и Одзаки Хоцуми. 29 января 1944 года им было отказано в приеме апелляций. Макс Клаузен и Бранко Вукелич были приговорены к пожизненному заключению. Анна Клаузен получила 3 года тюрьмы, а Мияги Ётоку к тому времени уже умер, не вынеся условий содержания. Еще одиннадцать человек получили сроки от 2 до 15 лет тюремного заключения, но трое из них умерли еще до конца войны.
8 страшной тюрьме Абасири на северном острове Хоккайдо умер от дистрофии и хронической диареи Бранко Вукелич. Анну Клаузен перевезли в тюрьму города Уцуномия. Ее муж после вынесения приговора остался в Сугамо.
Известно, что утром 7 ноября 1944 года Одзаки, находившийся в камере № 11 Второго корпуса, писал письмо жене. Едва он закончил, за ним пришли. Он переоделся, ему связали руки и надели соломенную буддийскую шляпу. Перевели через двор в другой корпус, где была подготовлена виселица. После оформления необходимых документов в 9 часов 33 минуты по токийскому времени он был повешен. Когда врач констатировал смерть и тело убрали, начальник тюрьмы пришел за Зорге, который тоже не ожидал его визита. Как записано в протоколе, «Зорге хладнокровно прошел к месту казни». Его повесили в 10 часов 20 минут, но сердце Зорге остановилось только через 16 минут.
Макс Клаузен, продолжавший сидеть в Сугамо, узнал о случившемся во время помывки в бане от других заключенных. Он едва не погиб во время американской бомбардировки Токио, когда несколько бомб случайно упали на тюрьму, которую американцы старались сберечь от огня, планируя заключить в нее военных преступников после победы, что и произошло в сентябре — октябре 1945 года. На следующий день после бомбардировки Клаузена перевезли в тюрьму северного города Акита, где его освободили американцы, так же как и его супругу.
8 ноября 1944 года в тюрьму Сугамо, туда, где стоит сегодня камень, возвещающий о стремлении японцев к миру, пришли жена Одзаки и его адвокаты. Им выдали гроб с телом казненного, который они захоронили на большом и удаленном от центра Токио кладбище Тама. Рядом стоял еще один гроб, но они не знали, чей он. Неудивительно, что тело Зорге было оформлено как «невостребованное», и следующие двадцать лет (!) был только один человек, не согласный с такой формулировкой.
Исии Ханако узнала о казни Зорге после войны. Правда, о том, кем на самом деле был ее возлюбленный, ей сообщили раньше. Несмотря на то что прокурор Ёсикава поверил словам Зорге о невиновности девушки, в августе 1943 года она была арестована военной полицией кэмпэйтай и доставлена в полицейский участок Ёдобаси. После шести дней суровых допросов, когда ее называли изменницей родины и шпионской подстилкой, Ханако выпустили, и больше уже не трогали.