Маккон посредством международных звонков своему заместителю Маршаллу Картеру настаивал на возобновлении полетов U-2. По возвращении в Вашингтон он продолжил свою пропагандистскую кампанию на встрече 3 октября с Раском, Макнамарой, Банди и прочими. Директор ЦРУ указал, что центральные и западные районы Кубы не были охвачены съемками U-2 с 5 сентября. Поэтому невозможно с уверенностью установить, есть ли на Кубе ракеты.
На следующий день на встрече, которую посетили Маккон, Картер и высшие чины из Министерства обороны, Госдепартамента и Объединенного комитета начальников штабов (JCS), Национальное разведывательное управление (National Reconnaissance Office, NRO) и Объединенный разведывательный центр JCS (Joint Reconnaissance Center, JRC) получили указание представить к собранию специальной группы (Special Group) 9 октября альтернативные планы осуществления пролетов над Кубой, в том числе с использованием U-2 с целью охвата внутренних участков территории. Рассматривалось и использование дополнительных воздушно-разведывательных систем.
Спешность этих распоряжений была подкреплена возрастающей достоверностью данных агентурной разведки, поступавших в ЦРУ в конце сентября. Особенное значение имели два донесения. Один из источников из Гаваны доносил, что видел ракету длиной приблизительно от 65 до 70 футов. Он быстро выбрал из ряда фотографий советских ракет снимок баллистической ракеты средней дальности СС-4. Второй источник доносил о конвое, двигавшемся в район Сан-Кристобаля 17 сентября.
Во время доклада NRO-JRC
[78]9 октября, состоявшегося через два дня после периферийного полета U-2, открывшего четыре дополнительные пусковые площадки ПВО, последовало одобрение президентом Кеннеди 10 октября пролета U-2 над западной Кубой. Но лишь 14 сентября, когда сложились благоприятные погодные условия, U-2, оборудованный панорамной камерой высокого разрешения, сконструированной с целью получения подробной информации о крайне большом участке территории, смог произвести съемку территории, представляющей интерес.На следующий день фотоинтерпретаторы из Национального центра фотоинтерпретации (National Photographic Interpretation Center, NPIC) обнаружили военный транспорт и палатки. Они предполагали, что далее увидят приготовления к постройке пусковой площадки СА-2 или крылатых ракет. Но вместо этого фотографии показали шесть покрытых брезентом объектов длиной более 60 футов. Изучение "черных книг" о различных советских ракетных системах привело к выводу, что это ракеты СС-4, длина которых составляет 64 фута. Когда об этом проинформировали главу NPIC Артура Ландала, он сообщил о выводах своих интерпретаторов Клайну и, в ответ на вопросы Клайна, указал, что, судя по всему, к пуску ракеты не готовы.
Приблизительно через три с половиной часа после того, как Банди проинформировал президента об открытии фотоинтерпретаторов, Кеннеди принял участие в первой встрече группы, впоследствии ставшей Исполнительным комитетом Совета национальной безопасности. В числе присутствующих находился и Ландал, на вопрос президента: "Уверены ли вы, что это советские баллистические ракеты средней дальности?" — ответивший, что "уверен настолько, насколько фотоинтерпретатор может быть уверен вообще в чем-нибудь". Кеннеди и его советники столкнулись с необходимостью постановить, как должны реагировать Соединенные Штаты. Ответом, по крайней мере временным, послужило решение президента Кеннеди, вечером 22 октября объявившего общественности, что начинает военно-морской карантин Кубы.
Во время этого кризиса американские разведывательные круги имели три основные задачи: контроль за развитием событий на опознанных пусковых площадках, выявление других существующих площадок и контроль за прочими важными событиями на Кубе: наблюдение за перемещением советских кораблей в открытом море и выявление любых признаков повышенной боевой готовности Советского Союза, которые могут указывать на скорое нападение.
На встрече 16 октября президент распорядился, чтобы частота полетов U-2 была увеличена. На следующий день состоялось шесть полетов U-2. Эти полеты предоставили фотоинтерпретаторам NPIC доказательства того, что Советы строят на Кубе как минимум шесть пусковых площадок БРСД и БРПД СС-5. Полагали, что 82-футовая СС-5 несет 5-мегатонную боеголовку.