Восемь дней спустя начальники штабов подали в комитет меморандум, содержавший суждение, что "разжигание искр мятежей в пределах завоеванных территорий — дело наивысшей важности". Военный Кабинет министров ратифицировал решение учредить организацию для ведения тайных военных действий. 22 июля был учрежден Исполнительный комитет специальных операций (Special Operations Executive, SOE)
[34]. SOE, само существование которого являлось секретом, должен был действовать под контролем Министерства экономической войны — к величайшему огорчению К, доказывавшего, что управление всей секретной деятельностью должно находиться в одних руках. SOE поглотил секцию D — подразделение специальных операций SIS, MI (R) — диверсионную секцию военного министерства и отдел пропаганды Министерства иностранных дел.Уинстон Черчилль дал SOE весьма образное напутствие: "воспламенить всю Европу". Более четкая картина была изображена в документе о будущей стратегии, составленном 4 сентября 1940 года комитетом начальников штабов. Подобно майскому докладу, этот документ делал упор на то, что нужно всячески избегать конфронтации с немецкой армией, в то же самое время посредством экономической войны, бомбежек и секретных операций стараясь подорвать немецкий контроль над оккупированными территориями. В документе перечислялись три причины, превращающие подрывную деятельность в "ценный фактор, внесший вклад в поражение Германии": она заставит немцев увеличить численность оккупационных войск, свяжет войска, которые в противном случае смогли бы участвовать в боевых действиях, и подорвет немецкую экономику путем диверсий на важнейших промышленных предприятиях и системах связи. Вдобавок всеобщее восстание в момент крупных операций британских войск может способствовать поражению Германии.
За сентябрьским рапортом последовала директива комитета начальников штабов для SOE. 25 ноября 1940 года директива декларировала, что основной задачей SOE должна быть "закладка фундамента финальной стадии войны, когда благодаря координированным и организованным мятежам в оккупированных странах и народным восстаниям против Национал-социалистической партии в самой Германии появится возможность перейти к прямым и решительным военным действиям против Германии".
Первым директором SOE, получившим прозвище КД (CD), был сэр Фрэнк Нельсон, член парламента, консерватор, бывший офицер индийской армии и бывший представитель SIS в Базеле. Хотя Нельсону исполнилось почти шестьдесят лет, он все еще спокойно выдерживал шестнадцатичасовые рабочие дни. Начав с поста главы Восточноевропейской секции, генерал-майор Колин Габбинс осенью 1940 года стал начальником оперативного отдела (обозначенным "М"). Габбинс, со временем занявший пост директора SOE, выпускник Сандхарстской военной академии, в сентябре 1939 года был откомандирован в Варшаву, чтобы возглавить там миссию MI(R).
Наиболее важные из первых операций SOE проводились во Франции рядом секций SOE, в том числе секцией F (односторонние операции SOE) и секцией RF (операции, проводившиеся совместно с французским Сопротивлением).
Первоначальные попытки приобрести во Франции хотя бы одного оперативника не увенчались успехом. Первая операция состоялась лишь в марте 1941 года — совместная операция французского Сопротивления и SOE под кодовым названием "Саванна" (Savannah). Целью миссии была ликвидация членов специальных немецких экипажей, чьи самолеты сбрасывали осветительные ракеты, указывавшие бомбардировщикам британские мишени. Но когда команда, задержавшись из-за споров по поводу средств транспорта, наконец прибыла во Францию, выяснилось, что немцы так ужесточили меры безопасности, что выполнить задание невозможно.
Первого успеха секция F добилась, 5–6 мая 1941 года забросив во Францию с парашютом Жоржа Беге. После его уведомления о прибытии без инцидентов во Францию отправились новые агенты SOE, образовавшие костяк первой агентурной сети "Автожир" (Autogiro) секции F.
К числу наиболее успешных команд 1941 года принадлежала "Жозефина Б" (Josephine В), три члена которой прибыли 11–12 мая 1941 года. 6–7 июня 1941 года они устроили взрыв такой силы, что он уничтожил шесть из восьми трансформаторов электростанции Пессак, выведя ее из строя на год. Дюжина охранников электростанции были тотчас же демобилизованы из вермахта, предстали перед трибуналом и были казнены за халатность.
В следующем месяце. 5 июля 1941 года, секция RF сбросила двойку агентов под зловещим кодовым названием "Пытка" (Torture). Их миссия провести диверсию на немецком аэродроме в Каприке близ Кана не была завершена, так как местный фермер выдал радиста вскоре после его приземления. Его партнер отказался от выполнения задания и со временем добрался до Тулузы, где организовал агентурную ячейку под кодовым названием "Легендарная" (Fabulous).
В 1941 году операции SOE во Франции не принесли очевидной пользы. По словам одного из агентов SOE: