Габчик и Кубиш пережили Гейдриха на две недели. 18 июня, после того как член другой ячейки SOE выдал их, Габчика и Кубиша вместе с пятью товарищами окружили в церкви. Но те, не желая попасть в руки гестапо, покончили с собой выстрелами в голову.
Но проблема отнюдь не ограничивается вопросом, нравственно ли было убивать Гейдриха или нет. Операция "Антропоид" явила собой яркий пример дилеммы, порождаемой специальными операциями в военное время: что важнее — польза от подобной операции или ее последствия для местного населения.
Репрессии начались еще до того, как были найдены убийцы Гейдриха. Ночью 9-10 июня подразделения гестапо и вермахта погрузили 195 женщин и 95 детей из Лидице в грузовики и увезли их. Лишь восемь детей были признаны годными для "германизации", а подавляющее большинство исчезли без вести. 199 мужчин и юношей этой деревни возрастом не моложе пятнадцати лет согнали вместе и расстреляли. Дома деревни сожгли, обгоревшие руины взорвали, а затем сровняли с землей.
Гибель убийц ничуть не утолила жажду мести Гитлера и прочих германских вождей, боявшихся, что может последовать волна покушений, если только не "будут приняты энергичные и безжалостные меры". 23 июня гестапо сровняло с землей деревню Лежаки, а неделю спустя казнили 115 человек. С 28 мая по 1 сентября в общей сложности подверглись аресту 3188 чехов и 1357 были приговорены к смерти.
После репрессий многие задумались, так ли уж оправдана была миссия "Антропоид". В самом деле, некоторые чешские участники Сопротивления не хотели участвовать в операции из страха перед репрессиями. Эта миссия только усугубила страдания ни в чем не повинных чехов, но не воспламенила чешский народ, как надеялись, а, наоборот, снизила потенциальные размеры чешского сопротивления и привела к тому, что чешская секция SOE сыграла крайне малозначительную роль в освобождении страны от фашистского правления.
В начале 1943 года ситуация во Франции складывалась для SOE не слишком благоприятно. С 1942 года уцелело лишь шесть групп. Среди уцелевших организаций были "Красный перец" (Pimento) — группа железнодорожных рабочих — и "Колесный мастер" (Wheelwright), состоявшая из двадцати агентов, прошедших подготовку в SOE и охватывавшая огромную территорию на юго-западе. Эти шесть групп послужили фундаментом для еще дюжины агентурных сетей, организованных в течение 1943 года.
Одна из наиболее успешных сетей, действовавших в 1943 году, была сеть "Биржевой маклер" (Stockbroker) в Восточной Франции в районе Бельфор-Монбельяр-Безансон. Диверсанты этой сети уничтожили трансформаторы на заводах "Пежо" в Монбельяре, в литейных мастерских "Лерой" в Сен-Сюзанн и на заводе "Вин-мер" в Селонкуре. Они также выводили из строя железнодорожные поворотные круги и локомотивы и пускали под откос поезда с немецкими войсками и снаряжением; они взорвали завод "Мельяр" в провинции Дубе, заводы "Кёхлин" в Бельфоре, телефонный узел в Дижоне, ангары с имуществом немецкой армии на аэродроме близ Везуля, портальные краны в Монбельяре и Невере и железнодорожный мост через канал От-Саон.
В 1943 году также существенно возросла роль OSS в проведении специальных операций во Франции. Первоначально роль OSS ограничивалась доставкой оружия и прочих ресурсов, а также небольшого числа агентов для работы под французским и британским руководством
[35]. В 1943 году OSS увеличила объем заброски по воздуху и снаряжения, и припасов. Американцы поставили Сопротивлению 20 тысяч тонн продуктов, оружия и боеприпасов. В сентябре OSS и SOE совместно сбросили 5750 контейнеров с оружием и продолжали сбрасывать как минимум по 5 тысяч контейнеров в месяц вплоть до следующего июня.Но уже к середине года возник вопрос о том, как SOE, OSS и BCRA должны подготовиться к "дню Д". С одной стороны, можно было сосредоточиться на расширении существующих групп в городах, продолжая по мере надобности осуществлять небольшие диверсии. Либо можно было наладить более тесную связь с maquisards (партизанами), действующими вне городов, — в надежде, что те явятся в нужный момент и удержат немцев вдали от линии фронта. В первом случае SOE продолжал бы тайную деятельность, а во втором перешел бы к военизированным операциям. Первая альтернатива, предусматривавшая уничтожение электростанций, а также минирование мостов и дорог, сыграла бы важную роль в качестве источника помех, но сомнительно, что такой подход мог обеспечить серьезный вклад в победу союзных войск.
Мало-помалу сформировалась идея "Джедбург" (Jedburgh): десятки троек военных должны проникнуть на оккупированную территорию, как только вторжение начнется. Некоторые команды "Джедбург" будут собирать разведданные, а другие свяжутся с maquisards вместе с более крупными подразделениями специальных авиационных служб и оперативной группой OSS.