К середине февраля начали поступать донесения о замеченных на острове больших группах советского персонала. Подобные донесения встревожили директора Центрального разведывательного управления Джона Маккона. Маккон вступил на пост директора 29 ноября 1961 года, сменив Аллена Даллеса, вынужденного уйти в отставку после фиаско в заливе Свиней[77]
. 59-летний Маккон был бескомпромиссным консервативным республиканцем. И хотя большую часть своей сознательной жизни он занимался частным бизнесом, ему довелось послужить заместителем министра авиации в 1950 и 1951 годах и председателем комиссии по атомной энергии с 1958 по 1960 год.Маккон, всегда относившийся с недоверием и к Советам, и к Кубе, приказал, чтобы количество ежемесячных пролетов U-2 было увеличено с одного до двух. Полеты проходили рано утром в ясные дни, до появления дождевых облаков. Во время каждого полета фотографировалась практически вся территория Кубы.
Кроме увеличенного количества пролетов, NSA и его войсковые компоненты активизировали деятельность по сбору данных электронной разведки. В июне из Европы в Соединенные Штаты была переведена Воздушная радиоразведывательная платформа (Airborne Communications Reconnaissance Platform) С-130, получившая обозначение "Quick Fox" (Юркая лиса), для проведения операций по электронной разведке кубино-советских объектов. В течение июля воздушное и морское пространство близ Кубы патрулировали дополнительные самолеты и корабли, перехватывая сигналы и делая фотографии.
В течение лета и осенью наблюдались явные признаки возрастающей активности Советов, в том числе несомненное возрастание количества советских грузовых и пассажирских судов, прибывших на Кубу в июле и августе. Как сообщали, пассажирские суда также доставляли пассажиров иного типа — молодых, подтянутых, пребывающих в отличной физической форме и дисциплинированных, из чего следовало, что они могли быть военными. Кроме того, поступали донесения, что некоторые суда разгружали по ночам, в условиях строжайшей секретности. Но ни одно из донесений не являлось однозначным доказательством присутствия наступательных ракет. Вдобавок не исключалась возможность, что Советы организуют станции радиоэлектронного наблюдения или радиоэлектронной борьбы, ориентированные на мыс Канаверал.
Несмотря на отсутствие надежных сведений, Маккон сосредоточил внимание на возможности, что Советский Союз развертывает на Кубе наступательные ракеты, в частности баллистические ракеты средней дальности (БРСД) и баллистические ракеты промежуточной дальности (БРПД). БРСД с радиусом действия около 1100 морских миль смогли бы долететь на севере до Филадельфии и на западе до Оклахома-Сити. БРПД могли бы долететь до всех целей в США, за исключением некоторых объектов на северо-западе Тихого океана. На встрече 21 августа с министром обороны Макнамарой и несколькими другими высокопоставленными лицами Маккон заявил: "Будь я Хрущев, я поместил бы на Кубе БРСД и направил несколько штук на Вашингтон и Нью-Йорк, а потом сказал бы: "Мистер президент, нравится вам смотреть прямо в двустволку? А теперь давайте поговорим о Берлине. А после поторгуемся насчет ваших заморских баз"". Однако из-за отсутствия доказательств он не сумел убедить слушателей. Это не обескуражило Маккона, и он снова поднял эту тему в разговоре с президентом Кеннеди 22 августа. На следующий день на встрече с Кеннеди, Раском, Макнамарой, Банди и прочими Маккон снова указал, что развертывание обширной сети ПВО почти лишено смысла, если только оно не помогает скрыть присутствие БРСД, препятствуя американской разведке. В тот же самый день Кеннеди издал указ о мерах по национальной безопасности № 181, приказав предпринять ряд исследований, в том числе "анализ… вероятных военных, политических и психологических последствий установки на Кубе ракет либо класса "земля-воздух", либо класса "земля-земля", которые могут долететь до США".