Чаитанйа Махапрабху родился в Майапуре в городе Надийа сразу после захода солнца вечером 23-го числа месяца пхалтун 1407 лет эры Шака, что соответствует 18-му февраля 1486 года от Рождества Христова [по юлианскому каледарю, или 27-му февраля 1486 года по современному грегорианскому]. В момент Его рождения происходило лунное затмение, и жители Надййи, как заведено в таких случаях, с громкими возгласами "Харибол!"-"Пой Имя Хари!"принимали омовение в реке Бхагиратхи. Его отец, Джаганнатх Мишра, бедный брахман ведического уклада, и Его мать, Шачидеви, идеал целомудренной супруги, оба принадлежали к семьям брахманов из Силхета. Махапрабху был очень красивым Ребенком, и женщины города пришли посмотреть на Него и принесли подарки. Его дед по матери, знаменитый астролог пандит Ниламбара Чакраварти, предсказал, что Ребенок со временем станет великой личностью, и поэтому дал Ему имя Вишвамбхар. За Его золотое тело окрестные женщины прозвали Его Гаура Хари (гаура означает золотой), а мать звала Его Нимаем, потому что родился Он подле дерева ним. Мальчик был так красив, что никто не мог удержаться, чтобы не навещать Его каждый день. Он рос ребенком резвым и озорным. Когда Ему минуло пять, Его приняли в патхашалу, местную школу, где за очень короткое время Он освоил бенгали.
Большинство из современников Чаитанйи, оставивших описания Его жизни, упоминают определенные случаи из Его детства: простые записи Его первых чудес. Рассказывается, что, будучи грудным младенцем, Он плакал, не переставая, но стоило Его матери или соседским женщинам воскликнуть "Харибол!", и Он утихал. Поэтому возгласы "Харибол" звучали в Его доме не умолкая, в ознаменование будущей миссии Господа.
Говорится также, что однажды мать дала Ему сладостей, но вместо них Он принялся кушать грязь. Когда мать спросила у Него, почему, Он сказал, что грязь можно есть с тем же успехом, что и сладости, потому что сладости-это та же грязь, только в ином состоянии. Его мать, бывшая всё-таки женой пандита, объяснила Ему, что каждое вещество в зависимости от своего состояния употребляется особо. Глину в виде кувшина можно использовать как сосуд для воды, но глину в виде кирпича-невозможно. Поэтому в пищу годится только земля в виде сладостей, и ни в какой иной форме. Это убедило Мальчика, и Он пообещал так больше не делать, признав, что кушать грязь было глупостью с Его стороны.
Описывается еще одно чудесное событие. Один брахман, совершавший паломничество, остановился у Него дома. Приготовив пищу, брахман стал возносить молитвы, сосредоточив свои помыслы на Кришне. В это время пришел Нимаи и съел приготовленный рис. Брахман, удивленный поступком Ребенка, снова приготовил рис по просьбе Джаганнатхи Мишры. И снова, пока брахман в глубокой молитве предлагал Кришне рис, Нимаи всё съел. Брахмана уговорили готовить в третий раз.
К тому времени все обитатели дома уже заснули, и Мальчик явил Себя как Кришну и благословил паломника. Увидев Того, Кому он поклонялся, брахман забылся в восторге.
Рассказывается также, как двое воров похитили Мальчика, игравшего у дверей отцовского дома, в надежде разжиться Его драгоценностями. По пути они кормили Его сладостями. Однако Нимаи пустил в ход Свою иллюзорную энергию и привел воров обратно к Своему дому. Боясь разоблачения, воры оставили Мальчика и бежали.
Еще одно чудесное происшествие связано с тем, что Ребенок потребовал и получил от Хиранйи и Джагадиша все подношения, которыми те собирались поклоняться Кришне в день Экадаши.
Когда Ему было всего четыре года, Он сел на выброшенные кухонные горшки, которые Его мать считала оскверненными. Он объяснил Своей матери, что понятия чистоты или нечистоты неприменимы к глиняным горшкам, брошенным после приготовления пищи. Все эти события относятся к раннему детству, до пяти лет.
На восьмом году Он был принят в толу (санскритскую школу) Гангадаса Пандита в Ганганагаре близ селения Майапур. За два года Он полностью овладел санскритской грамматикой и риторикой. В дальнейшем Он самостоятельно продолжал Свои занятия дома, где Он нашел множество важных книг, принадлежавших Его отцу.
По всей вероятности. Он Сам изучил Смрити (кодекс религиозной и социальной жизни) и Ньяя (Одна из шести главных философских систем, основанная на софистике), соревнуясь со Своими друзьями, изучавшими их под руководством прославленного пандита Рагхунатхи Широмани.
В десять лет Нимаи стал ученым, сведущим в грамматике, риторике, Смрити и Нйайе. Именно тогда Его старший брат Вишварупа покинул дом и принял ашрам санньяси (жизненный уклад подвижника). Нимаи, хотя совсем еще Мальчик, утешил Своих родителей, сказав, что будет служить им ради удовлетворения Всевышнего. Вскоре Его отец оставил этот мир. Овдовевшая мать была убита горем, и Махапрабху утешал ее с присущим Ему спокойствием.