В Северной Африке надо было поддерживать Африканский корпус после поражения Роммеля от Монтгомери под Эль-Аламейном. В России, когда линия фронта немного стабилизировалась от Ленинграда до Харькова и можно было немного перевести дух, Ставка фюрера требовала продолжать наступление на Кавказ, чтобы перерезать путь в Индию и лишить Британскую империю одного из ее главных источников снабжения. Попутно предусматривался захват нефтяных месторождений в Азербайджане. Это было иллюзией кабинетного стратега. Немецкие войска несли огромные потери под Сталинградом, а изношенные танки пришли в плачевное состояние, находясь в 2000 километров от баз снабжения в узких долинах Кубани или Черкесии. Не хватало всего: боеприпасов, горючего, запчастей. С Восточного фронта Франц Мехнерт написал Штауффенбергу, что немцы забыли великие уроки кампании Гнейзенау во Франции: вынуждать противника действовать вдали от его баз снабжения, изматывать его непрекращающимися нападениями, взять его голыми руками, когда он наконец совсем обессилит. Все предложения Клауса тонули в меандрах военной бюрократии. В сентябре 1942 года он представил руководству проект «директивы по повышению боевой мощи». Он считал, что следовало сократить на 10 % численность всех штабов, начиная с ОКХ, запретить использование политических средств, подменявших строгую иерархию, уменьшить вспомогательные функции и увеличить численность передовых войск. Несмотря на поддержку Гальдера, проект был отклонен. Это было понятно: слишком много у людей было маленьких привычек и удобных синекур! Ничего не случилось. Штаб погряз в спорах относительно штатной структуры. Над командной структурой нависла серьезная опасность. ОКХ покинул территорию Украины и перебазировался в Мауэрвальд в Восточной Пруссии. Штауффенберг перебрался туда. Гитлер уехал в Берштесгаден вместе с ОКФ. Полевой журнал ОКХ сообщил в октябре 1942 года: «Разделение Ставки фюрера и штаба Сухопутных войск создает трения и трудности в управлении вооруженными силами». Ничто не изменилось. Офицеры стали подавать голоса вопиющих в пустыне. Клаус продолжал писать рапорты с предупреждениями, как, например, тот, что датирован сентябрем 1942 года: «Нельзя рассчитывать ни на успех в Северной Африке, ни на успех операций на Северном Кавказе для того, чтобы атаковать англосаксонские войска». Но военная машина очень неповоротлива. Что оставалось делать, как не изливать свою горечь? Как в письме к будущему несчастному герою Сталинграда генералу фон Паулюсу: «Бездумно начинаются самые безрассудные наступления. Жизнь ничего не значит — начальников волнует престиж, и они проявляют бесполезную отвагу. Жизнь тысяч людей волнует их мало».
Самое плохое, по мнению Штауффенберга, было то, что идеологическая зашоренность Гитлера не позволяла прибегнуть к единственному выходу из военного тупика: к сотрудничеству с гражданским населением. После коммунистического тоталитаризма, религиозных гонений, а главное, раскулачивания, принесшего смерть многим миллионам крестьян, население оккупированных территорий только и ждало, чтобы с триумфом встретить освободителей, которые вернули бы свободу, уважение к традициям и благосостояние. Общее понимание предполагало, что славяне не должны были рассматриваться лишь как недочеловеки на службе Великой Германии. Именно этих взглядов придерживалось большинство политических и экономических служб рейха, за исключением руководства партии и СС, полностью пораженных идеями самого вульгарного расизма.
Совместно с представителями Вильгельмштрассе (МИД) и Министерства по делам оккупированных территорий Штауффенберг в качестве старшего штабного офицера управления организации принимал участие во многих совещаниях по вопросам улучшения жизни на оккупированных землях. Несмотря на то что это стратегически важное ведомство возглавлял Альфред Розенберг, этот теоретик нацизма, удалось очень быстро достичь согласия о необходимости привлечения на сторону немцев населения оккупированных областей. Клаус принимал участие в составлении меморандума, опубликованного 24 февраля 1942 года, под названием «Предложения по ослаблению советского сопротивления». В тексте рекомендовалось окончательно решить вопрос «о земле и мире», который так ловко использовали большевики в войне против армий белогвардейцев, создать самостоятельные правительства на Украине и на Кавказе, восстановить свободу вероисповедания, вернув духовенству оскверненные коммунистами церкви. В этих предложениях не было ничего революционного. Но требовать этого от фюрера было слишком, поскольку 6 августа 1942 года он хвастливо заявил: «Мы растворим в себе или уничтожим сто миллионов славян. Если кто-то тут говорит, что ими надо заниматься, его следует немедленно бросить в концентрационный лагерь».