Поначалу директивы, написанные Ольбрихтом и его подчиненными, имели вид классических воинских приказов. По версии от июля 1943 года предусматривалось, что в течение шести часов после начала операции «Валькирия I» части и учебные подразделения должны были быть перегруппированы в отдельные батальоны, способные решать самостоятельные боевые задачи. Сразу же после начала операции «Валькирия II» эти части должны были установить контроль над стратегически важными и ценными объектами, музеями, электростанциями и радиостанциями. Особое внимание было уделено Берлину. Был составлен список из 61 важного объекта, включая министерства, рейхсканцелярию, штабы СС, отделения гестапо, здания партии, радиостанции, короче говоря, все центры власти нацистов. Эта задача поручалась двум подразделениям: расквартированному в Потсдаме 9-му резервному батальону, наследнику гвардейских пехотных полков, и танковому училищу в Крампнице, находившемуся в часе езды от Берлина. Постепенно, под влиянием часто прилетавшего в столицу Трескова, план был улучшен. Военным округам было предписано еженедельно докладывать о состоянии сил и средств, которые могли быть задействованы в операциях по поддержанию порядка. Начиная с августа 1943 года было также предусмотрено, что офицеры могли самостоятельно на своем уровне вводить в действие план «Валькирия», не дожидаясь начала всеобщей операции. Целью этого было позволить заговорщикам выиграть время, не вызывая подозрений.
С появлением в ноябре 1943 года Штауффенберга план стал еще более эффективным. Были уточнены общая концепция и организация действий. Объявление плана «Валькирия II» должно было означать немедленный переход всех воинских частей в подчинение генерал-фельдмаршалу фон Вицлебену. Это было желанием всей армии, которой надоело постоянное вмешательство фюрера в сферу ее компетенции. Таким образом, этот акт был достаточно популярен. Для того чтобы у исполнителей плана не было угрызений совести, было решено объявить, что Гитлер был убит «бессовестной бандой партийных руководителей, никогда не бывавших на фронте». Вицлебена собирались представить в качестве незаинтересованного воина, вставшего на службу «руководства рейха для сохранения законности и порядка». В случае необходимости предусматривалось даже объявить, что это правительство возглавил Геринг, наследник, выбранный самим фюрером.