В ходе боевых действий между Резервным и Центральным фронтами образовался разрыв, для прикрытия которого 16 августа 1941 г. был создан Брянский фронт под командованием генерал-лейтенанта А.И. Еременко. В начале сентября его войска по указанию Ставки нанесли фланговый удар с целью разгрома немецкой 2-й танковой группы, наступавшей на юг. Однако, сковав весьма незначительные силы противника, Брянский фронт не смог предотвратить выход вражеской группировки в тыл войскам Юго-Западного фронта. В этой связи генерал А.И. Еременко обратился в Ставку с просьбой разрешить создать заградительные отряды. «Ставка ознакомилась с Вашей докладной запиской и разрешает Вам создать заградительные отряды в тех дивизиях, которые зарекомендовали себя как неустойчивые, — говорилось в директиве № 00165 °Cтавки ВГК от 5 сентября. — Цель заградительных отрядов — не допускать самовольного отхода частей, а в случае бегства — остановить, применяя при необходимости оружие».
Эта директива положила начало новому этапу в создании и применении заградительных отрядов. Если до этого они формировались органами Третьего управления наркомата обороны, а затем Особыми отделами, то теперь решением Ставки было узаконено их создание непосредственно командованием войск действующей армии, пока только в масштабах одного фронта. Вскоре эта практика была распространена на всю действующую армию. 12 сентября 1941 г. Верховный Главнокомандующий И.В. Сталин и начальник Генштаба маршал Советского Союза Б.М. Шапошников подписали директиву № 001919, адресованную главнокомандующему войск Юго-Западного направления, командующим фронтами и армиями, командирам дивизий: