Совет Обороны, выполняя решение ЦК РКП(б), 2 июня принял постановление о борьбе с дезертирством, которое 4 июня было опубликовано в газете «Известия». В целях окончательного искоренения укрывательства от мобилизаций и дезертирства из рядов Красной Армии Совет Обороны предписывал освобождать от суда и наказания дезертиров, добровольно явившихся в течение 7 дней со дня опубликования постановления. Не явившиеся в течение этого срока считались «врагами и предателями трудящегося народа» и приговаривались к строгим наказаниям, вплоть до расстрела. Революционные трибуналы и губернские комиссии по борьбе с дезертирством имели право конфисковать все имущество или часть имущества дезертиров, лишать навсегда или на срок всего земельного надела или части его и т. п. На семьи дезертиров и на волости, села и деревни, виновные в укрывательстве, могли налагаться денежные штрафы. В постановлении имелись и пункты, не предназначенные для публикации, в том числе:
Наряду с этим во Всероссийском Главном штабе, который возглавлял бывший генерал Н.И. Раттэль, велась работа над документами, которые должны были организационно оформить идеи Троцкого о создании штрафных батальонов и рот. 3 июня 1919 г. заместитель председателя РВСР Э.М. Склянский подписывает приказ № 997 следующего содержания:
В «Положении о штрафных частях» отмечалось:
По распоряжению Л.Д. Троцкого штрафные подразделения стали формировать и в запасных войска. В телеграмме реввоенсовету 14-й армии Южного фронта от 18 июня Троцкий отмечал: