На пересыльных пунктах военнослужащие находились, как правило, пять-семь дней. В некоторых случаях организовывались армейские комиссии по выяснению обстоятельств пленения. На прошедших такую комиссию военнослужащих составлялись отдельные списки с ее решением, что облегчало дальнейшую процедуру проверки в спецлагерях, где эти функции выполняли особые отделы НКВД. Организация спецлагерей возлагалась на Управление по делам военнопленных и интернированных (УПВИ) НКВД СССР. В 1941—1942 гг. было создано 27 спецлагерей. Позднее, 21 января 1943 г., Государственный Комитет Обороны принимает постановление № 2779сс, которое частично изменило установленный им же порядок: командующие войсками фронтов могли использовать прошедших фильтрацию непосредственно для пополнения соединений и частей.[114]
10 марта 1943 г. была издана директива № 97 за подписью заместителя наркома обороны армейского комиссара 1 ранга Е.А. Щаденко, в которой говорилось:[115]
В штрафные подразделения направлялись и советские граждане, сотрудничавшие с оккупантами
. Например, в докладе начальника отдела по спецделам Главной военной прокуратуры Стрековского отмечалось, что те из полицейских, которые занимали руководящие посты или запятнали себя серьезными преступлениями, бежали вместе с немцами. Остались те, кого в принципе можно призвать в армию.