В связи с этим 1 сентября 1944 года начальник Главного управления СС Готтлоб Бергер был назначен командующим всеми германскими воинскими соединениями на словацкой территории с целью подавления возникших беспорядков. К началу боевых действий на северо-западе от гористого района, уже находившегося под контролем повстанцев, находилась танковая дивизия вермахта «Татра» с примерно половиной номинальной численности личного состава (около 6000 чел.) и 178-я пехотная дивизия; на севере позиции заняла боевая группа СС «Шефер», в которую входили 1200 чел. из состава 18-й дивизии СС «Хорст Вессель» и примерно столько же солдат из 86-й армейской пехотной дивизии; на юго-западе стоял отдельный полк СС «Шилл», созданный главным образом из военнослужащих СС, находившихся в тот момент в учебно-тренировочном центре СС «Богемия-Моравия», и, наконец, на юге района было размещено формирование под названием боевая группа «Вилднер» численностью около 1500 чел. и представлявшее собой смесь различных мелких подразделений СС.
Образовав войсковое кольцо вокруг эпицентра восстания, немцы сразу же начали активно наступать, но к концу первой недели сентября их продвижение было практически остановлено оборонявшимися. В это же время Бергера на посту командующего немецкими силами в Словакии заменил СС-обергруппенфюрер Герман Хефле. Из-за сильной обороны восставших, на стороне которых находились также части словацкой регулярной армии с тяжёлым вооружением, танками и даже авиацией, до начала октября 1944 года немцы практически лишь укрепляли достигнутые позиции и старались сделать окружение непроницаемым как изнутри, так и снаружи — на большее сил не хватало. К тому же армейские полевые части не имели опыта ведения партизанской войны, не говоря уже о ранее описанной деморализации фронтовых частей при проведении тыловых операций.
15 октября на смену армейской танковой дивизии «Татра» в район прибыла 14-я дивизия СС «Галичина»,[74]
а на следующий день, пройдя лишь быстрое переформирование после варшавского побоища, в горах Словакии появилась также и штурмовая бригада «Дирлевангер» в составе около 4000 чел. — многократно испытанные профессионалы в боях с партизанами. Также в район были направлены недокомплектные 271-я и 708-я пехотные дивизии вермахта[75] и основной состав дивизии СС «Хорст Вессель» из Венгрии в количестве около 8000 чел.В первый же день, находясь ещё на железнодорожной станции, люди Дирлевангера попали под авианалёт трёх словацких истребителей советского производства Ла-5 — на лесные аэродромы партизан для действия в немецком тылу были переброшены из СССР целые комплектные авиаэскадрильи, часто укомплектованные чехословацкими пилотами из состава чехословацких частей на территории как СССР, так и Великобритании.
После прихода подкреплений немцы назначили новое наступление на 18 октября 1944 года, но с самого его начала стало ясно, что и словаки не теряли времени даром — ими были выкопаны тысячи окопов, километры траншей, построено множество укреплённых огневых точек и проложены минные поля.
Первой задачей зондеркоммандо являлось взятие хорошо укреплённых позиций на горе Остра. После кровопролитного боя атака захлебнулась, и люди Дирлевангера были отброшены назад. Через два дня немцы предприняли следующую попытку штурма, но снова безуспешно. К 25 октября наконец пришли первые успехи — взятие нас. пунктов Нецпалы и Белый Поток. Далее до конца октября зондеркоммандо занималось ликвидацией отчаянно сопротивлявшихся, но уже потерявших общую структуру партизанских групп в районе.