К сугубо военным заказам Шухова относится проектирование бон на якорях для пришвартования подводных лодок, конструкции которых основаны на двух полых трубах, полностью закрытых с обеих сторон. Трубы соединены друг с другом сквозными поперечными фермами. Боны могли быть разными по внутренней ширине в зависимости от размеров палубы подводных лодок. Шухов нашел простой и в то же время надежный способ обеспечения плавучести бон в случае попадания в них, например, вражеского снаряда — он разделил трубы на отдельные, изолированные друг от друга отсеки. Боны изготавливались конторой Бари для Севастопольского порта.
В 1915 году Шухов проектировал для Тамбовского порохового завода дроболитейную башню. Впервые подобные башни появились в Англии в 1782 году, когда изобретатель Уильям Уатте, долго наблюдая за падением идеально круглых дождевых капель, решил таким же образом заставить «плакать» расплавленный свинец. Англичанин забрался на колокольню в Бристоле и слил свинец через металлическое решето в бочку с водой, стоящей на земле. Капли свинца в бочке охлаждались, превращаясь в готовую дробь для стрельбы. Калибр дроби зависел от частоты отверстий в решете. Все очень просто. Дальнейшая эксплуатация дроболитейных башен позволила установить закономерность между высотой, с которой падают капли свинца, и размером дроби. Чем больше дробь — тем выше котел со свинцом. Одна из самых высоких дроболитейных башен достигала 66 метров. Шухов упростил возведение дроболитейных башен, приспособив для них свои гиперболоиды. Оригинальный проект предполагал установку плавильных котлов на легких сетчатых башнях высотой всего лишь до 46 метров. Проектировал Шухов дроболитейные башни и для Московского дроболитейного и патронного завода у Крестовских ворот. Дробь с башен Шухова обладала прекрасной убойной силой и хорошо зарекомендовала себя на Первой мировой войне.
В конце октября 1916 года Шухов прочитал в газете: в севастопольской бухте затонул флагманский корабль Черноморского флота линкор «Императрица Мария». Командующий флотом вице-адмирал Александр Колчак лично возглавил операцию по спасению моряков. То была печально знаменитая катастрофа — 20 октября 1916 года на этом совсем новом корабле (спущен на воду в ноябре 1913 года) взорвался пороховой погреб, в итоге корабль затонул с большим количеством военного снаряжения и боеприпасов, а число погибших моряков составило 225 человек. Ни тогда, ни сейчас истинную причину взрыва выявить не удалось. Поговаривали о диверсии. Поднимать корабль решили почти сразу. Но как это сделать? Здесь нужно было неординарное инженерное решение. Сотрудник Шухова Таланкин рассказал в своих воспоминаниях об оригинальной идее главного инженера — поднимать затопленные суда путем закачивания в них воздуха. Идею начали осуществлять уже в 1916 году: в загерметизированные отсеки корабля закачали сжатый воздух, вытесняя им воду, ожидая, что всплывет киль и затем удастся отбуксировать судно в док.
«В глубине бухты, — писал очевидец, — у северной стороны плавает килем вверх взорвавшийся в 1916 году линкор «Императрица Мария». Непрерывно русские вели работы по его подъему, и спустя год, килем вверх колосс удалось поднять. Под водой была заделана пробоина в днище… Немыслимо тяжелая работа! День и ночь напролет работали насосы, которые выкачивали из корабля находящуюся там воду и одновременно подавали воздух. Наконец его отсеки осушили. Сложность состояла теперь в том, чтобы поставить его на ровный киль. Это почти удалось — но тут корабль снова пошел ко дну. Заново приступили к работе, и спустя некоторое время «Императрица Мария» снова плавала вверх килем. Но как придать ей верное положение, на этот счет решения не было»{183}.
В итоге все же в мае 1918 года всплыл почти весь корпус корабля, который в августе 1918 года отбуксировали в док. Но реанимировать судно не удалось, его отправили на металлолом в 1927 году. Примечательно, что через 39 лет, также в октябре на севастопольском рейде случится не менее странная катастрофа — взрыв на линкоре «Новороссийск», в результате которого погибли гораздо больше людей — 829 человек. Причины взрыва также неизвестны.