На сей раз шведы отошли от Кроншлота по южному фарватеру и стали вблизи Котлина на несколько сот метров. В связи с этим русский генерал Брюсе решил устроить в лесу напротив стоянки шведских кораблей «тайную батарею». Туда скрытно доставили 2-пудовую гаубицу, две мортиры и шесть 6-фунтовых пушек. Русские специально дождались западного ветра. 15 июня «тайная батарея» внезапно открыла огонь по шведам. Встречный ветер не давал возможности уйти шведам под парусами, (ширина фарватера мешала свободному маневру судов). Уйти удалось лишь через несколько часов на буксире гребных судов. Однако эффективность огня «тайной батареи» была слабой. В реляции удалось похвастаться лишь тем, что выстрелом из гаубицы «с адмиральского корабля резную галерею сшибло».
21 июня шведская эскадра ушла от Котлина к Биоркэ. На рассвете 14 июля шведская эскадра вернулась втом же составе и подошла к Крон-шлоту. После пятичасовой перестрелки шведы высадили десант на подводную косу, но взять Кроншлот не смогли. У шведов было убито до 400 человек, в плен попало 7 офицеров и 28 нижних чинов. Потери русских: 29 убитых и 50 раненых.
15 июля шведская эскадра подошла к западной оконечности острова, но там попала под огонь двух русских береговых батарей (Толбухина № 1 и № 2). После нескольких часов перестрелки шведы ушли. Так закончилась вторая и последняя попытка шведов овладеть островом Котлин.
Оценивая бои за остров Котлин, можно сказать, что в тактическом плане обе стороны действовали нерешительно. Шведы вяло атаковали, а русские, имея численное превосходство в людях и материальной части, не пытались контратаковать. Но в стратегическом плане это была большая, сопоставимая лишь с Полтавой, победа русских, сумевших защитить Санкт-Петербург с моря.
В начале 1706 г. Петр приказал на западной оконечности острова Котлин на месте Толбухинских батарей заложить небольшую крепость «Святого Александра» («Александр-Шанец»). К 8 сентября 1706 г. «Александр-Шанец» был закончен, на его вооружении состояло 40 орудий.
Зимой 1709 г. на Котлине началось строительство морского порта. К 1712 г. в Кроншлоте и Котлине уже стояли 231 пушка и 3 мортиры. Гарнизон Котлина состоял из трех полков общей численностью 2500 человек. Любопытно, что в том же 1712 году на острове Котлин был возведен первый кирпичный завод. Первые партии кирпича пошли на строительство укреплений острова и на постройку первых кирпичных домов адмирала Апраксина и Меншикова.
7 января 1716 г. началось строительство форта Новый Кроншлот. Через три года на вооружении острова Котлин и прилегающих островных фортов имелось 450 пушек. Любопытно, что Петр I весной 1721 г., за4 месяца до заключения Ништадтского мира, велел показать укрепления Котлина шведскому посланнику генерал-адъютанту Марке. При этом царь сказал окружающим: «Хотя и не обычай между воюющими показывать крепости неприятельскому офицеру, однако же ему то учинено: не надобно им денег на шпионов терять, понеже он все видел».
7 октября 1723 г. в присутствии Петра в восточной части острова состоялась закладка «Главной крепости». Вскоре после закладки крепость получила название Кронштадт. Забегая вперед, скажу, что со временем под названием «Кронштадтская крепость» стали понимать всю территорию острова Котлин и все форты, построенные на искусственных островах к югу и северу от Котлина. А в начале XX в. в состав Кронштадтской крепости вошли береговые батареи, расположенные на обоих берегах Финского залива в районе острова Котлин.
К 1725 г. в состав артиллерии на острове Котлин и в Кронштадте входило 335 пушек (одна 36-фунтовая, девяносто пять 24-фунтовых, сто шестнадцать 18-фунтовых, пятьдесят 12-фунтовых, четыре 10-фунтовых, сорок двеб-фунтовыхидвадцатьсемьЗ-фунтовых); 19 мортир (восемь5-пудовых и одиннадцать 1-пудовых) и 11 гаубиц (две 2-пудовые, четыре 1-пудовые, две 36-фунтовые и три 20-фунтовые). На Котлине дислоцировались два гарнизонных пехотных полка общей численностью 2735 человек.
Кронштадт стал надежным щитом Санкт-Петербурга. За его почти трехсотлетнюю историю неприятельские корабли ни разу не смогли прорваться мимо крепости. Зато в качестве военно-морской базы Кронштадт оказался крайне неудобен. Он замерзал почти на пять месяцев, малая глубина не позволяла маневрировать кораблям и, наконец, для наступательных операций флота требовался порт не в глубине Финского залива, а у входа в него или даже в Прибалтике.