В течение 1703–1704 гг. почти вся Правобережная Украина не подчинялась польским королям – ни Августу, ни Станиславу. Власть там принадлежала трем полковникам: Самусю, Искре и Палею. Полковники вели себя как удельные князья, конфликтовали друг с другом и ябедничали друг на друга в Батурин гетману Мазепе. Последний стучал на всех троих в Москву. Особенно много доносов шло на Палея, которого Мазепа не без оснований считал своим конкурентом. В сложившейся ситуации, когда Карл, Пётр и оба польских короля были заняты исключительно своими делами, Мазепа мог вполне реально строить планы объединения всей Украины под своей властью без ляхов и москалей.
В апреле 1704 г. Мазепа получил царский указ – выступить с казацким войском в польские владения против приверженцев Лещинского. Войска Мазепы вошли в польские пределы и объединились там с отрядами Палея.
В конце концов Мазепе удалось сфабриковать обвинение против Палея, что он-де собрался передаться сторонникам Лещинского. Мазепа арестовал Палея и его сына. По указу Петра их сослали в Сибирь в город Енисейск. Царь вернул Палея на Украину лишь после измены Мазепы, но ссылка подорвала здоровье казака, и он в 1710 г. умер.
От войны в Польше перейдем к боевым действиям в Прибалтике.
Прежде чем овладеть Дерптом и Нарвой, Пётр решает разделаться со шведской флотилией на Чудском озере. Шведская озерная флотилия в навигации 1702 и 1703 гг. опустошала русские берега. Было уничтожено свыше 30 деревень и потоплено много русских судов, включая галиоты и галеасы. Осенью 1703 г. флотилия ушла зимовать в город Дерпт по реке Амовже (она же Эмбах и Эмайыги).
В апреле 1704 г. семитысячный русский отряд при 18 пушках под началом генерал-майора Вердена скрытно занял позицию у впадения реки Амовжи в Чудское озеро. Верден получил указание не впускать шведскую эскадру в озеро.
Ничего не подозревая, шведы двинулись вниз по течению, но 3 мая в устье реки попали в русскую засаду. С берега ударили пушки, а на воду были спущены лодки с пехотой, которая попыталась взять шведские суда на абордаж. Флагманское судно адмирал Лошер приказал взорвать, а остальные 13 сдались русским. Победителям досталось 86 пушек и 138 пленных. В донесениях взятые суда именуются шкутами. Они представляли собой небольшие парусно-гребные суда с вооружением от 2 до 14 пушек малого калибра.
Вечером 4 июня под Дерптом появился авангард армии фельдмаршала Шереметева. Дерпт был укреплен сравнительно слабо. Строительство земляных бастионов ещё не было закончено. Вооружение крепости состояло из 84 пушек, 18 мортир, 6 гаубиц и 16 дробовиков. Гарнизон состоял из 5 тысяч человек под командованием полковника Шютте.
9 июня к Дерпту подошли основные силы русских вместе с Шереметевым. Непосредственно осаду города вели пять драгунских полков общей численностью 4975 человек и шесть пехотных полков численностью 5702 человек. Вместе с ними прибыло 55 орудий и 159 человек прислуги. Всего в районе Дерпта силы русских составляли 21 578 человек.