Другие представители привилегированного сословия генетиков ― это те, кто изучает митохондриальную ДНК (мтДНК) и Y-хромосому. Начнем с первых. ДНК содержится, как известно, не только в клеточном ядре, но и в митохондриях. МтДНК передается только по женской линии, у нее быстрый темп мутаций (значительно выше, чем у ядерной ДНК), и картина ее изменений не осложняется рекомбинацией.
МтДНК стала необычайно популярным объектом изучения, ведь она позволяет прослеживать пути расселения по свету женщин. У мужчин мтДНК тоже имеется, но они не участвуют в ее передаче следующим поколениям. Передача осуществляется только от матери к дочери, от нее к внучке и т. д. Не будет дочерей ― матрилиния прервется. Заветная мечта феминисток тут находит полное воплощение ― мужчин как бы и вовсе нет, они не нужны. Именно на основании мтДНК Р. Канн, А. Уилсон и М. Стоункинг создали теорию африканской Евы, гласящую, что все человеческие матрилинии ведут происхождение от небольшой группы прародительниц, живших в Африке около 200 тыс. лет назад. Колонизация сапиенсами Евразии, по этим данным, произошла в интервале от 100 до 50 тыс. лет назад.
МтДНК гораздо легче извлечь из древних костей, чем ядерную ДНК. Это сделал впервые Сванте Паабо, извлекший мтДНК из костей неандертальца и обнаруживший, что никаких следов неандертальских матрилиний в генофонде современного человечества нет, следовательно, нет и свидетельств того, что сапиенсы смешивались с неандертальцами. Точнее, нет свидетельств того, что мужчины-сапиенсы вступали в союз с неандертальскими женщинами. Происходило ли обратное? Как будто тоже нет, хотя тут уверенности меньше, ведь извлекать из древних костей информацию об Y-хромосоме (это делается на основании точечных нуклеотидных полиморфизмов) генетики научились лишь в самое последнее время.
В аборигенном населении Америки до недавнего времени отмечалось пять линий (гаплогрупп) мтДНК, прочие ― результат поздней европейской и африканской примеси (см. цв. вкл. 37). Гаплогруппы A, B, C, D ― главные, причем А сильно преобладает над прочими. Группу D прежде не считали предковой, но относящийся к ней гаплотип недавно обнаружили в человеческом зубе древностью 10,3 тыс. лет из пещеры на о-ве Принца Уэльского (зуб принадлежал тому самому «предку тлинкитов», который сам отдал себя в руки ученых, чтобы даровать им знание). В Азии такой вариант исключительно редок, в Америке же он встречается у 1,4 % индивидуумов. Выходит, он «местный»! Это, по мнению Б. Кемпа, свидетельствует о значительном накоплении генетической изменчивости в Америке за 10 тыс. лет. Вероятно (полагает он), прежние оценки темпа эволюции мтДНК были занижены вдвое, а то и вчетверо. Соответственно и древность заселения Америки завышалась. Б. Кемп считает, что самая реалистичная оценка ― около 13,5 тыс. лет.
Значит, все-таки кловис? Правда, надежных докловисовских дат (почти на 1000 лет раньше) тогда еще не было. До Б. Кемпа столь же быстрый темп эволюции мтДНК допускал лишь Дж. Шилдс ― тот, который писал об одной-единственной миграции в Америку 12-13 тыс. лет назад. Прочие генетики с ним не соглашались и, исходя из предположения о медленной эволюции мтДНК, говорили об очень раннем заселении ― 20-25 тыс. лет назад (по П. Форстеру) и даже 26-34 тыс. лет назад (по А. Торрони). С. Бонатто и Ф. Сальзано также полагали, что люди прошли по коридору Маккензи не после, а до того, как он оказался прегражден ледниками, т. е. до 20 тыс., а скорее всего 26-34 тыс. лет назад. Миграция же в Берингию произошла, согласно этой гипотезе, еще раньше ― 30-43 тыс. лет назад. Те, кто там остался (предки эскимосов, чукчей и на-дене), оказались изолированы ледником от предков америндов. Ту же точку зрения отстаивает и Э. Сатмари. Возможно, находка с о-ва Принца Уэльского заставит пересмотреть такие взгляды. И не только она!
Действительно, совсем недавно, уже в XXI в., методика исследования мтДНК была усовершенствована. Теперь стали изучать не отдельную ее часть ― так называемый контрольный участок, а всю структуру целиком (это называется «полным секвенированием»). Итог новым работам попытались подвести Н. Фагундес с соавторами в 2008 г. По их оценке, время расхождения (генетики называют его временем коалесценции) основных американских гаплотипов внутри главных гаплогрупп ― 13-19 тыс. лет, скорее всего ― 18 тыс. лет (конец последнего ледникового максимума). Значит, компромисс! До кловиса, но не так давно, как думали генетики еще в конце ХХ в. О том, что миграция произошла сразу же после пика последнего оледенения, пишут теперь и другие генетики ― Ф. Сальзано, А. Акилли, К. Аткинсон и др. Сходная точка зрения (одна миграция около 16 тыс. лет назад) давно уже высказывалась американским антропологом классического направления Уильямом Лафлином.