Многие экспонаты по геологии и минералогии края, этнографии и археологии, привезенные Лихачевым, нашли свое место в коллекциях первого в Сибири университета. Научные интересы профессора простирались и в область растительного мира. И тут он внес в науку свою лепту, не только дав описания отдельных особей сибирской флоры, но и доставив образцы в университетский гербарий и ботанический сад.
Долголетняя научная деятельность и талант Лихачева выдвинули его в число видных ученых.
Лихачев был земляком Ломоносова, любил Север, быстро привык к Сибири и ни за что бы не покинул ее, если б не обстоятельства политического характера.
Всякий раз, как только в университете возникало движение за демократизацию порядков — за перемены в постановке образования, за усиление общественного назначения ученого, — Лихачев оказывался вместе с теми, кто выражал самые радикальные стремления. Еще в первые годы существования Томского университета он поддержал студенческую стачку против некоторых антидемократических нововведений ректора. Сторонник самых реакционных взглядов на просвещение, ректор объявил борьбу всякому свободомыслию, поощряя голый академизм. От профессоров он требовал быть только обучителями, а студентов подавлял мелкой опекой и подозрительностью. Лихачев не мог и не хотел придерживаться позиций ректора. Везде и всюду он отстаивал право студентов на самостоятельность, прививал им чувства критического отношения к научным догмам, возбуждал интерес к общественному движению.
Однажды ректор и попечитель учебного округа, человек еще более реакционных взглядов, гуляли по дорожкам, протоптанным по склонам обширного косогора, сбегавшего к реке. Настроение у обоих было тихое, умиротворенное: учебный год заканчивался, слава богу, благополучно, без серьезных эксцессов. Между тем из Петербурга, из Москвы, из Казани, из Юрьева доходили вести, что по аудиториям снова прокатилась волна студенческих сходок и митингов. На них критиковались не только университетские порядки, прозвучали куда более тревожные ноты: осуждалась правительственная политика, незыблемость трона его императорского величества подвергалась сомнению. До хладных сибирских краев сие не докатилось. Ректор и попечитель учебного округа видели в том результат собственного тщания. Своевременно и умело воздвигнута стена, о которую разбились зловещие раскаты студенческого буйства. Так было… и, бог милостив, так оно и будет впредь.
Вдруг из глубины рощи до ректора и попечителя донесся знакомый напев популярной среди студентов песни "Из страны, страны далекой".
— Веселятся! — с покровительственным добродушием сказал ректор.
— Золотая пора юности, — усмехнулся попечитель, они сделали несколько шагов и остановились как вкопанные. Знакомый мотив сопровождал совершенно незнакомые слова, содержавшие многозначительные намеки:
Песня не умолкала. Звонкие, дружные голоса, допев песню до конца, принимались повторять ее. С каждой минутой хор набирал силу, пение становилось все более энергичным и страстным.
— Так… так… "Ради воли и труда"… "Каждый здесь товарищ равный"… — шептал побелевшими губами ректор, испуганно поглядывая на попечителя.
— Своды нашего университета не могут быть омрачены крамолой! воскликнул попечитель и ринулся через кустарник по не просохшей от весенних дождей земле.
Ректор поспешил за ним.
Через несколько минут они оказались на поляне, заполненной возбужденной толпой студентов. То, что они увидели, заставило их попятиться. В роли главного закоперщика студенческого хора выступал профессор Венедикт Петрович Лихачев.
— Больше, братцы мои, напора, воли, чтоб дрожали стены от предчувствия грядущих перемен! — громко наставлял хористов профессор, сопровождая слова скупыми, но сильными жестами. И студенты и профессор так были увлечены, что не заметили появления ректора и попечителя.
— Господа! Господа! Я прошу разойтись! Насколько я понял, в вашей новой песне нет и намека на царя и бога… Постыдились бы, Венедикт Петрович, совращать молодежь с твердого пути! — Ректор говорил высоким, взвизгивающим голосом. Белое, холеное лицо его стало пунцовым, в узких щелках полусомкнутых век, как острие бритвы, поблескивали злые глаза.