Ратные люди спешили закончить строительство до наступления зимы. Они поставили крохотный острог. «Город первый,- записал тобольский дьяк,- срублен из судового лодейного лесу небольшой острогом и нос (мыс) забирай». Несколько лет спустя возле старого острога возник посад, Тогда воеводы перестроили и расширили старые укрепления: срубили «из лодейного лесу» город Тобольск, «весь рубленый», поставили «острог небольшой круг посаду» на том же Троицком мысу.
Острог, получивший позже наименование «Новая Сибирь», или «Тобольск», располагался всего лишь в 15 верстах от «Старой Сибири», или Кашлыка.
Военное ослабление России привело к тому, что крым-цы возобновили набеги на Русь. Крымский хан послал в поход своих сыновей с 40 000 всадников. Русские войска своевременно выступили навстречу и вынудили их повернуть вспять.
Кровавые междоусобицы в Бахчисарае дали русским повод к вмешательству в татарские дела. Сын свергнутого крымского хана Мурат-Гирей явился в Москву и был принят на царскую службу. Московское руководство упорно помышляло о водворении в Крыму московского вассала. Подготовляя почву для осуществления этих планов, русские препроводили Мурат-Гирея в Астрахань и сосредоточили там военные силы. По личному распоряжению Годунова в Астрахани была спешно сооружена мощная каменная крепость, одна из лучших в государстве. Русские воеводы выстроили острог на Тереке и крепость на переволоке между Доном и Волгой. Новый город на Волге получил наименование Царицын. Военные приготовления на нижней Волге и Северном Кавказе не оставляли сомнений в том, что Москва ждала военного столкновения с Османской империей и готовилась отразить врага.
Внутренние распри, казалось, охватили весь степной мир -^ от Крыма до Сибири.
Изгнание Кучума из Кашлыка привело к тому, что Сибирское «царство» стало все глубже погружаться в пучину кровавой междоусобной борьбы. Сеид-хан продолжал удерживать столицу «царства», опираясь на поддержку Карачи и правителя Казахской орды. При нем постоянно находился султан Ураз-Мухамед, племянник казахского хана Теввекеля.
Кучум всецело уповал на поддержку «бухарцев», которые некогда помогли ему захватить Сибирь. Старый хан лишь ждал своего часа, чтобы нанести удар сопернику и вернуть себе столицу.
Поглощенный борьбой с Кучумом, Сеид-хан старался избегать столкновений с русскими. Когда воеводы в 1587 году появились у самых стен.ханской столицы, Сеид-хан попытался завязать переговоры с ними. Чулков пригласил хана и Карачу во вновь выстроенный острожок Тобольск на пир.
Хан согласился, но принял меры предосторожности. Он отправился в гости в сопровождении нескольких сот отборных воинов. Голова Чулков располагал куда меньшими силами.
Когда гости явились к воротам Тобольска, Чулков согласился впустить в крепость не более ста человек и предложил им снять оружие перед тем, как сесть за пир-шеский стол. Карача был человеком крайне осторожным, но он видел малочисленность русских и согласился на все их условия.
Когда Сеид-хан, Карача и татары заняли места за столом, они столкнулись лицом к лицу с Ермаковыми казаками. Едва ли можно предположить, будто Чулков сознательно заманил хана в западню. Скорее всего, события развивались под влиянием стихийных сил.
Казаки не простили Караче вероломного убийства Ивана Кольцо и других своих соратников. Они бросились на Карачу и связали его вместе с ханом. Ханская свита была перебита. Однако самое трудное было впереди. Гвардия хана -400 воинов – стояла во всеоружии подле ворот острожка.
В упорном, кровопролитном бою казаки разгромили противника, обладавшего большим численным перевесом. Но они заплатили дорогой ценой за свою победу. В бою погиб «великий атаман» Матвей Мещеряк, возглавивший экспедицию после гибели Ермака.
Сеид-хан был увезен в Москву и там определен на царскую службу.
Пленение Сеид-хана было последним крупным событием, в котором Ермаковы казаки участвовали как организованная военная сила. В дальнейшем судьба разбросала их по разным концам Сибири. Ни одна закладка новой крепости, ни одна военная кампания не обходилась без их участия. Показательна в этом отношении судьба одного из самых молодых участников экспедиции – Гаврилы Иванова. Вернувшись в Сибирь с отрядом воеводы Сукина, он «ставил» крепость Тюмень, «рубил» деревянный. Тобольский городок с головой Данилой Чулковым, участвовал в бою с гвардией Сеид-хана, потом ставил Пелымский и Тарский городок.
Заслуги ветерана первой сибирской экспедиции получили признание лишь тогда, когда он достиг старости. Его назначили атаманом конных казаков в Тюмени. К тому времени немногие из соратников Ермака остались в живых. Казак Черкас Александров вернулся в Сибирь с воеводой Сукиным в чине головы. Долгое время он командовал сотней служилых татар в Тобольске. Сподвижник Ермака прослужил в Сибири более пятидесяти лет. Приказные грамоты 1638 года упоминали о его приезде в Москву и даче показаний в приказе Казанского дворца. В то время дьяки уважительно называли его «Тобольского города атаман Иван Олександров».