Обвинительное заключение было составлено в Москве 20 мая 1927 года и подписано следователем по важнейшим делам Верховного суда СССР Д. Матроном. Уже после окончания процесса, ожидая решения по своему ходатайству о помиловании, Анненков вновь переживал этот эпизод:
На другой день, 26 июля, суд, для удобства и полноты ведения судебного следствия, разделил деятельность Анненкова и Денисова на восемь периодов:
• деятельность до Славгородского восстания;
• деятельность в период Славгородского восстания;
• деятельность в Семипалатинске;
• деятельность в Семипалатинском районе и в Сергиополе;
• деятельность на Семиреченском фронте;
• отступление к китайской границе и расстрел солдат, не пожелавших уйти за границу;
• насилие над семьёй полковника Луговских и других;
• деятельность Анненкова и Денисова в Китае.
Однако этот порядок часто нарушался: исследуя какой-нибудь период, суд часто переходил к другому, затем возвращался назад, перескакивал на третий, что, конечно, не способствовало полноте и качеству судебного следствия. Так же хаотично велись судом допросы Анненкова и Денисова. То у одного, то у другого судьи, то у государственного или общественных обвинителей возникали вопросы, и они немедленно задавали их подсудимым или свидетелям, прерывая их рассказ и заставляя переходить с одной темы на другую.
Считая процесс историческим, гособвинитель желал поразить страну его масштабностью, в частности, количеством привлечённых к нему свидетелей, которые, как он точно знал, будут топить Анненкова и Денисова и помогут тем самым выполнить волю руководства подвести подсудимых под высшую меру социальной защиты — расстрел.
В утреннем заседании 27 июля Павловский возбудил ходатайство о вызове ещё 40 свидетелей. На возражение защиты, что это только усложнит процесс, придаст ему громоздкость, что суд вполне может обойтись уже имеющимися свидетелями, тот не обращает внимания и ходатайство удовлетворяет.
Забегая вперёд, следует сказать, что такое количество свидетелей переварить было не под силу кратковременному процессу, и 31 июля гособвинитель уже выходит с ходатайством об освобождении некоторых свидетелей от дачи показаний, так как они будут только подтверждать уже сказанное другими и ничего нового не скажут.
Здесь же защита выступила с ходатайством запросить телеграфно прибытия на суд в качестве свидетеля В.В. Куйбышева, мотивируя это тем, что тот в 1917 году был председателем Самарского Совета и подтвердит, что Анненков, следуя с отрядом через Самару в Омск, принял участие в советской демонстрации. Суд ходатайство отклонил ввиду малого значения этой демонстрации в деятельности Анненкова. Тогда защита заявила ходатайство об истребовании газеты «За Родину!» — военной, общественной и литературной газеты, издававшейся в Семипалатинске штабом 2-го Степного корпуса, в которой Анненков публиковал приказы и статьи, направленные на укрепление дисциплины в войсках.
Суд удовлетворил это ходатайство, но практически выполнить его в полном объёме не удалось: 29 июля секретарь суда Печкуров доложил, что эти газеты сгорели во время пожара Семипалатинского губернского архива. Однако в распоряжении секретариата имеются разрозненные номера газеты. Определением суда эти номера были переданы защите. Кроме того, защите было разрешено иметь своих стенографисток.
Больше на протяжении всего процесса ни со стороны обвинения, ни со стороны защиты, ни со стороны подсудимых никаких ходатайств не поступало.
С началом процесса газеты запестрели корреспонденциями под рубрикой «Из зала суда». Большинство корреспондентов соревновалось друг с другом в смаковании зверств, отдельных элементов быта анненковцев и эпизодов, утрируя их беспредельно. Например, корреспондент «Джетысуйской искры» 27 июля сообщал:
«Допрос Анненкова вскрыл жуткую картину карательной деятельности атамана. Все кошмарные зверства производились под пение царского гимна «Боже, царя храни!» и молитвы «Спаси, господи, люди твоя!»».