Войска высадились на берег, не встретив сопротивления, но тральщикам, расчищавшим подходы к берегу, пришлось туго. Противник не открывал огонь до самого дня высадки. Поэтому не замеченные до сих пор береговые батареи крепко врезали тральщикам, первыми же залпами потопив один и повредив два.
Узость протраленных фарватеров и мелководье у берега создали большие проблемы кораблям огневой поддержки. Только малые корабли могли подходить близко к берегу. Во второй половине дня 30 апреля эсминец «Дженкинс» (капитан 2 ранга П.Д. Гэллери) возвращался после обстрела берега и следовал неоднократно протраленным фарватером. Внезапно взрыв мины разворотил левый борт в носовой части корпуса. Немедленно пропало электричество, отказали гирокомпас, сонар, курсограф, размагничивающее устройство, радар SG-3. «Дженкинс» своим ходом добрался до безопасной якорной стоянки, и его аварийная партия принялась за работу. Через 12 часов после подрыва «Дженкинс» восстановил мореходность, но его скорость не превышала 10 узлов, поэтому он надолго выбыл из строя. «Дженкинс» стал одним из двух эсминцев, пострадавших во время высадки на Борнео.
Готовя вторжение в Бруней, американские и австралийские самолеты в течение 10 дней бомбили бухту Бруней и укрепления на берегу. 10 июня был высажен десант. И снова главным препятствием стали обширные минные поля, поставленные и японцами, и союзниками. При расчистке подходов погиб один тральщик, причем с большими потерями в личном составе.
Тральщики и боевых пловцов защищала Крейсерская группа прикрытия под командованием контр-адмирала Берки. В состав группы входили эсминцы «Шаретт» (флагман командира ДЭМ-102 капитана 1 ранга Дж. У. Каллахэна), «Коннер», «Белл», «Барнс», «Каллен», «А.У. Грант» и австралийский «Арунта». 8 июня группа огневой поддержки вошла в бухту Бруней по узкому фарватеру, чтобы обстрелять побережье. На следующий день обстрел повторился. Японские береговые батареи разумно хранили молчание, и высадка не встретила сопротивления. В составе Группы захвата Брунея контр-адмирала Ройяла находились 10 эсминцев и 6 эскортных миноносцев: «Робинсон» (флагман командира ЭЭМ-22 капитана 1 ранга Р.Х. Смита), «Софли», «Уоллер», «Филип», «Бэнкрофт», «Бейли», «Эдвардс», «Колдуэлл», «Фрезьер», «МакКолла» и эскортные миноносцы «Дуглас Э. Манро», «Чарльз Э. Брэннон», «Алберт Т. Харрис»», «Джобб», «Дэй».
Пока австралийские войска двигались к берегу, крейсера и эсминцы патрулировали в море, прикрывая подходы к Брунею от возможной атаки японских кораблей. Однако они караулили миражи. 8 июня британская подводная лодка перехватила и торпедировала тяжелый крейсер «Асигара». Когда он затонул, флаг Восходящего Солнца исчез с океанских просторов к югу от Японии. В индонезийских водах остались несколько подводных лодок, которые еще могли действовать на морских путях, ведущих к Брунею.
27 июня у входа в бухту Бруней подорвался на мине эсминец «Колдуэлл» (капитан-лейтенант Д.Р. Робинсон). Взрывом были повреждены руль и винты эсминца. Небольшое ранение получил только один матрос. «Колдуэлл» стал последним эсминцем 7-го Флота, пострадавшим в ходе боевых действий.
В Баликпапане, богатейшем источнике нефти на острове Борнео, японцы подготовились к серьезному сопротивлению. Однако отсутствие воздушного прикрытия и слабая береговая оборона, которая свелась к минным заграждениям, сделали их сопротивление недолгим. Свой вклад в это внесли крупные силы 7-го Флота, поддерживавшие высадку.
Крейсерская группа прикрытия контр-адмирала Р.С. Риггза состояла из 9 крейсеров и 10 эсминцев под американским, британским и голландским флагами. В нее вошли эсминцы «Конвей» (флагман командира ДЭМ-44 капитана 1 ранга С.Г. Хупера), «Итон», «Стивенс», «Кони», «Арунта», «Харт», «Меткаф», «Киллен», «А.У. Грант», «Белл», «Шаретт», «Коннер», «Барнс». Эсминцы обстреляли побережье и завязали дуэль с японскими батареями, которые потопили на прибрежном мелководье 3 тральщика. Сначала корабли были вынуждены держаться на расстоянии от 12000 до 14000 ярдов. К 24 июня были расчищены безопасные проходы в минных полях, и корабли Группы прикрытия смогли подойти вплотную к берегу. Их точный огонь заставил замолчать большинство батарей. Когда 1 июля «Осси» высадились на берег Баликпапана, ни один солдат не пострадал от огня японских орудий.
Поддерживая высадку, оперативная группа контр-адмирала Э.Г. Нобла тоже начала обстреливать берег. В Отряд ближней поддержки из состава Десантной группы Нобла вошли 24 десантных судна под прикрытием 10 эсминцев, 5 эскортных миноносцев и фрегата. Это были «Флассер» (флагман командира ЭЭМ-5 капитана 1 ранга Ф.Д. МакКоркла), «Дрейтон», «Конингхэм», «Смит», «Фрезьер» (флагман командира ЭЭМ-14 капитана 1 ранга Г.Л. Симса), «Бейли», «Робинсон» (флагман командира ЭЭМ-22 капитана 1 ранга Р.Х. Смита), «Софли», «Уоллер», «Филип» и эскортные миноносцы «Чаффи», «Эдвин А. Говард», «Ки», «Лейланд Э. Томас», «Ратфорд».