Генеалогия рода Петлюры достоверно не известна – многие документы были уничтожены или пропали в период господства на Украине большевистской власти. Мать Симона Ольга Алексеевна, урожденная Марченко, также была из казацкой семьи. Его бабушка со стороны отца была основательницей и игуменьей Тепловского монастыря, расположенного в Крыму, недалеко от Феодосии. Дед Симона со стороны матери был иеромонахом, основателем Киевского Ионовского скита. После окончания церковно-приходской школы в пригороде Полтавы Симон в десятилетнем возрасте поступил в Полтавскую бурсу – низшую духовную школу, после окончания которой в 1895 году стал учиться в Полтавской семинарии.
В 1898 году Симон вступил в украинское семинарское общество. К этому времени национальное украинское движение стало политическим, началось создание первых политических партий, написание их программ. Украинский историк Д.Дорошенко писал:
«В конце ХIХ века выступает на общественную арену новое поколение украинцев, воспитанных в понятиях бескомпромиссного украинского национализма на широкой европейской основе, людей, которых уже не удовлетворяла только культурная деятельность, они хотели добыть для украинского народа всю полноту национальных и политических прав, идя рядом со всероссийским освободительным движением, однако своей отдельной дорогой, в рамках собственных организаций».
На Галичине И.Франко и М.Павлик в 1890 году была создана первая украинская политическая Русско-украинская радикальная партия. Её главной целью стала защита социальных интересов галицких крестьян и защита национальных прав украинского народа. В 1899 году партия раскололась, часть ее членов вошла в новую Украинскую национально – демократическую партию, часть – в Украинскую социал-демократическую партию.
В январе 1900 года харьковские студенты Д.Антонович, М. Руссов, Д.Познанский, Л.Мациевич, О.Коваленко, Ю. Коллард основали Революционную украинскую партию. Этот, по сути, тайный кружок фактически первым выдвинул лозунг независимости Украины. В эту партию вошли активнейшие молодые украинцы, началось создание баз революционной литературы и пропаганды во Львове и Черновцах, откуда по всей Украине разошлась брошюра «Независимая Украина». Целью революционной украинской партии было объявлено создание независимого украинского государства, лидером национального движения становилась интеллигенция, служащая своему народу, способы достижения цели – любые, включая насильственные, основными принципами борьбы объявлялись «кто не с нами, тот против нас», «победим или погибнем», «Украина для украинцев».
Один из руководителей революционного украинского движения Б.Мартос писал:
«Одна из заслуг РУП заключается именно в том, что она притянула к себе украинскую политически активную молодежь, которая ранее шла в российские политические партии; а вторая заслуга та, что она политически активизировала национально-сознательную интеллигенцию и расширяла национальное сознание среди украинских селян и рабочих. Съезд РУП, который прошел в начале 1905 года, принял программу, схожую с программами европейских социалистических партий, которая имела и свои собственные характерные черты. Как известно, К.Маркс, Ф.Энгельс и их последователи не придавали значения национальному вопросу. РУП же, наоборот, считала его главным пунктом своей программы. Другое расхождение – отношение к крестьянству. Западноевропейские социал-демократические партии считали, что крестьянство будет всегда естественным союзником реакционных политических группировок и врагом рабочих. Однако украинское селянство было приблизительно на 30 % безземельное и состояло из сельского пролетариата, и столько же было и так называемого полупролетариата. Поэтому, при слабом развитии промышленности на Украине оставался один выход: радикальная земельная реформа за счет конфискации помещичьих и монастырских земель и передача их в пользование безземельному и малоземельному селянству».
В 1900 году Симон Петлюра стал членом Революционной Украинской Партии, в том же году он был избран делегатом всеукраинского студенческого съезда и конференции РУП от украинского семинарского общества. В начале 1901 года Симона исключили из последнего, пятого, класса семинарии за распространение между семинаристами революционно-национальных идей – редкий случай в истории духовной школы.