На празднике в Шевченковские дни, когда на квартире либеральной семьи Русовых пели песни, пили горилку и спорили о будущем, Михновский провозгласил свой знаменитый манифест — манифест «Самостийна Украина», который стал катехизисом украинского национализма. Этот манифест поразил и взволновал Петлюру, а идеи «Украины — для украинцев», «Украины — от Вислы до Каспия», «кровавой борьбы против москалей», «сохранения и не смешиваемости украинской крови», которые пропагандировал тогда Михновский, шокировали своей узколобостью и фанатизмом даже молодого украинофила. Уже через несколько лет «оперившийся» Петлюра подвергнет их нелицеприятной критике как «шовинистические», «нездоровые». Пути их разойдутся...
«Национализм крови» Михновского привлечет ограниченное число сторонников, которые через несколько лет попытаются взорвать памятник А. С. Пушкину в Харькове, мстя русскому поэту за поэму «Полтава»...
В январе 1901 года в Полтаву, вместе со своим хором, приехал пятидесятидевятилетний полтавский дворянин, основоположник украинской национальной музыки, композитор и общественный деятель Николай Лысенко. Его оперы и песни отражали героическую историю Украины, воспевали казацкие времена. Выступления хора Лысенко на Украине были своеобразной агитацией, украинской фрондой. Так, выступая в Полтаве, хор Лысенко исполнил запрещенный украинский гимн «Щэ нэ вмэрла Украйины ни слава, ни воля...» Слушатели, в большинстве украинские патриоты, оглушили зал громом оваций, а после концерта вынесли композитора из зала на руках «как нового Кобзаря».
Семинаристы тайного кружка, без разрешения начальства, пригласили Лысенко в актовый зал семинарии послушать в исполнении Хора семинаристов его собственное запрещенное цензурой сочинение — кантату «Бьют пороги», причем дирижировать должен был Семен Петлюра. Петлюра подготовил и вступительную речь в честь композитора. Николай Лысенко с радостью принял приглашение и явился в семинарию, не предупредив о своем визите ректора Ивана Пичету. Однако ректор узнал о появлении композитора и неожиданно нагрянул в зал, где собрались «тайные» хористы.
Разгневанный самоуправством и «подпольностью» мальчишек, ректор накинулся на Лысенко с бранью, упрекая композитора в «подстрекательстве к развращению юношества» и в «мазепенской интриге». За седого композитора вступился тогда Петлюра, заявив, что Лысенко — почетный гость семинаристов, гордость Украины и его никому не позволено оскорблять... Вечер был испорчен, так же, как настроение обиженного композитора... Петлюра и его товарищи извинились перед Лысенко и проводили его до дома, где остановился композитор...
Казалось бы, незначительное событие... но с него начался конфликт Семена Петлюры с руководством семинарии, который вскоре привел Петлюру к исключению из учебного заведения и круто изменил его судьбу.
Надо отметить, что набожные родители и приятели Семена пытались бороться за его «карьеру» священника... Известный в Полтаве общественный деятель Николай Дмитриев обратился к своему важному другу в Петербурге — молодому чиновнику государственного контроля Алексею Лотоцкому, чтобы он похлопотал в «синодальных столичных сферах» за горячего провинциального юношу. Лотоцкий пробовал хлопотать в Синоде, однако это не помогло. Тогда он обратился к своему коллеге — князю Абашидзе, который был ректором Тифлисской семинарии (в дальнейшем архиепископ Таврический), с просьбой дать Петлюре возможность продолжить образование в Тифлиссе. Князь Абашидзе, хотя и сам был умеренным грузинским националистом, не хотел идти на открытый конфликт с Синодом, да еще из-за какого-то «малороссиянина» мещанина. Путь к дальнейшему образованию для Петлюры был закрыт. Оставался прямой путь — в революцию...
Отец Семена еще пробовал обращаться за помощью и к архиерею Иллариону, которого часто и бесплатно возил на своих дрожках. Благодарный Илларион согласился помочь в том случае, если Семен прекратит «заниматься революцией». Вызвав к себе молодого строптивца, Илларион потребовал от Семена отречься от своих «заблуждений», пожалеть старого отца, признать свою «провину».
При условии раскаянья Семена могли еще оставить в Полтавской семинарии. Но когда архиерей спросил Петлюру, обещает ли он исправиться, обещает ли он больше не подвергать свою душу «сатанинским искусам» политики и революции, Петлюра отрезал, заявив, что ему идеи революции дороже, чем семья и церковь, и что от своих убеждений он не отречется...
Позднее его товарищи напишут в воспоминаниях о том, что Семен Петлюра был признанным лидером в семинарии и умел убеждать товарищей без настырности и криков. Петлюра, несмотря на свою «обыкновенность» и отсутствие внешнего лоска, отличался достаточным самолюбием, чтобы не участвовать в юношеских попойках, драках, набегах на чужие сады и огороды... Он долго держался особняком, как бы догадываясь о своем будущем предназначении. Он был уже тогда «идейным» и любил постоянно что-то организовывать...