При нацистах Глобке был, помимо всего прочего, замешан в исполнении печально известных «нюрнбергских законов». Вместе с людьми Эйхмана он также участвовал в организации выселения евреев из Германии и конфискации их имущества. Однако в 50-е годы он занимал пост государственного секретаря в правительстве канцлера Конрада Аденауэра и принимал участие в установлении отношений между ФРГ и Израилем, включая подписание договора о репарациях. Визенталь осудил Нахума Гольдмана за контакты с Глобке, но сделал это только в частном письме.
Перед судом над Эйхманом премьер-министр Израиля Бен-Гурион потребовал от обвинителя Гидеона Хаузнера не привлекать к имени Глобке излишнего внимания. Как объяснил позднее Хаузнер, Бен-Гурион не хотел навредить Аденауэру. ГДР – через адвоката Фридриха Кауля – выразила готовность предоставить суду обширные материалы на Глобке, но Визенталь, находившийся тогда в Иерусалиме, вступил с Каулем во время пресс-конференции в спор и заявил, что это коммунистическая пропаганда.
Через несколько месяцев после Шестидневной войны он с враждебной холодностью прореагировал также на поступившую из ГДР информацию, согласно которой президент ФРГ Генрих Любке был замешан в строительстве нацистских концлагерей. «Восточная Германия, – писал Визенталь, – имеет обыкновение вбрасывать на рынок то, что ей известно о людях, только после того, как они занимают высокие посты в Западной Германии». Это был второй президентский срок Любке; в 1969 году из-за обвинений он вынужден был уйти в отставку.
Коммунисты относились к Визенталю очень серьезно: они видели в нем империалистического агента. Поляки публиковали статьи, в которых именовали его израильским, западногерманским и американским шпионом, а в одной из статей содержалась плохо завуалированная угроза: есть, мол, люди, знавшие Визенталя и его жену во время войны, и они могут рассказать то, что им известно. Польское посольство в Вене распространило эти статьи в переводе на немецкий язык. Визенталь послал письмо протеста австрийскому министру иностранных дел Курту Вальдхайму. Однако этот инцидент был только верхушкой айсберга.
Начиная с 1963 года в течение более десяти лет польские спецслужбы пристально следили за Визенталем и его деятельностью. Операция получила название «Дунай», а Визенталю присвоили кодовое имя «Измир». Главная цель операции заключалась в том, чтобы завербовать Визенталя в качестве агента, и именно в этом состояла задача польского «агента 156», побывавшего у Визенталя в гостях. Но этот агент был не единственным.
Поляки создали в Вене шпионскую сеть, следившую в том числе за Визенталем. Агенты составили список людей, находившихся с ним в контакте, и собирали на них материалы. Большинство этих людей были евреями, пережившими Холокост. Агенты интересовались источниками финансирования Визенталя в Америке и полагали, что его финансирует также Моссад. Вся почта, приходившая к нему из Польши, включая переписку с музеем Освенцима, перлюстрировалась. Центр документации поляки считали всего лишь прикрытием. В числе прочих информацию им поставлял сотрудник Моссада по кличке Грета. Согласно Грете, самые важные документы Визенталь хранил не у себя в офисе, а в сейфе израильского посольства.
Параллельно со слежкой за Визенталем в Вене поляки также прилагали большие усилия, чтобы найти доказательства его сотрудничества с нацистами, однако сделать этого им не удалось, и в 1974 году польские спецслужбы пришли к выводу, что смысла продолжать операцию больше нет, поскольку Визенталь коммунистов ненавидит и на службу к ним не пойдет. Дело «Дунай» было отправлено в архив.
Власти ГДР тоже пытались с Визенталем бороться. В частности, после того как проверили журналистов и профессоров, которые, по словам Визенталя, в прошлом поддерживали национал-социалистическое движение. При этом время от времени в восточногерманских отчетах проскальзывали нотки восхищения борьбой Визенталя с нацистами. Необходимость проверить его обвинения возникла потому, что братские коммунистические партии обратились к восточным немцам с вопросом, верно ли то, что он говорит. К своему великому смущению, те вынуждены были ответить утвердительно. Сотрудники службы безопасности ГДР Штази иногда отмечали, что речь идет о людях, которые в период нацистского режима были очень молодыми, но в целом их проверки в большинстве случаев данные Визенталя подтверждали. Соответственно возник вопрос, что делать.
Сотрудники Штази полагали, что доказать свои обвинения Визенталю будет нетрудно, и порекомендовали министру, в подчинении которого находились, эти обвинения не отрицать. Вместе с тем они посоветовали опубликовать два встречных списка: один – с именами ста высокопоставленных чиновников ГДР, у которых нацистского прошлого нет, а второй – с именами высокопоставленных чиновников ФРГ, у которых нацистское прошлое есть. Кроме того, они пообещали проверить прошлое Визенталя, чтобы выяснить, не сотрудничал ли он с нацистами сам.