При таком соотношении значений частей храма, алтарь, с самого начала, непременно должен был отделяться от средней части, ибо Бог совершенно отличен от Своего творения, и с самых первых времен христианства такое отделение строго соблюдается. Более того, оно установлено Самим Спасателем, благоволившим совершить Тайную вечерю не в жилых комнатах дома, не вместе с хозяевами, но в особой, специально приготовленной горнице. В дальнейшем, алтарь отделялся от храма особыми преградами и водружался на возвышении. Возвышение алтаря с древности сохраняется до наших дней. Алтарные же преграды претерпели значительное развитие. Смысл процесса постепенного превращения алтарной решетки в современный иконостас состоит в том, что примерно с V — VII вв. алтарная преграда-решетка, являвшаяся символом- знамением отдельности Бога и Божественного от всего тварного, превращается постепенно в символ-образ Небесной Церкви во главе с ее Основателем — Господом Иисусом Христом, это и есть иконостас в его современном виде. Он обращен своей лицевой стороной, иконами, к средней части храма, носящей у нас название церковь (собственно церковь). Совпадения понятий Церковь Христова вообще, весь храм в целом и его средняя часть — очень знаменательны и, с духовной точки зрения, не случайны. Область небесного бытия, которую знаменует средняя часть храма, есть область обоженной твари, область вечности, Царства Небесного, куда стремится в своем духовном пути полнота верующих людей земной Церкви, находящих свое спасение в храме, в церкви. Здесь, в храме, земная Церковь, таким образом, должна соприкасаться, встречаться с Церковью Небесной. В соответствующих молитвах, прошениях, где поминаются все святые, в возгласах и действиях богослужения, давно было выражено общение людей, стоящих в храме, с теми, кто находится на небесах и молится вместе с ними. Присутствие лиц Небесной Церкви было издревле выражено и в иконах, и в старинной росписи храма. Не хватало до времени такого внешнего образа, который бы выказал, явил собою ясным, видимым способом невидимое, духовное предстательство Небесной Церкви за земную, ее посредничество в спасении живущих на земле. Таким видимым символом, точнее, — стройной совокупностью символов-образов, стал иконостас.
С появлением иконостаса собрание верующих оказалось поставленным буквально лицом к лицу с собранием небожителей, таинственно присутствующих в образах иконостаса. В устройстве земного храма возникла догматическая полнота, было достигнуто совершенство. "Ограничение алтаря необходимо, чтобы он не оказался для нас как ничто, — пишет священник Павел Флоренский (1882-1943). Небо от земли, горнее от дольнего, алтарь от храма может быть отделен только видимыми свидетелями мира невидимого, живыми символами соединения того и другого, иначе — святыми тварями. Иконостас есть граница между мiром видимым и мiром невидимым, и осуществляется эта алтарная преграда, делается доступной сознанию сплотившимся рядом святых, облаком свидетелей, обступивших Престол Божий... Иконостас есть явление святых и ангелов... явление небесных свидетелей и прежде всего Богоматери и Самого Христа во плоти, — свидетелей, возвещающих о том, что по ту сторону плоти". Здесь ответ на вопрос, почему этот облик свидетелей Божиих помещен так, что он непременно должен как бы закрывать собою алтарь от глаз молящихся в храме. Но иконостас не закрывает алтарь от верующих в храме, а раскрывает для них духовную сущность того, что содержится и совершается в алтаре, и вообще, во всей Церкви Христовой. Прежде всего, сущность эта состоит в том обожении, к которому призваны, и стремятся члены земной Церкви, и которого уже достигли члены Церкви Небесной, явленные в иконостасе. Образы иконостаса показывают тот результат сближения с Богом и пребывания в единении с Ним, к которому направлены все священнодействия Христовой Церкви, в том числе и те, что совершаются внутри алтаря.
Святые образы иконостаса, все же как бы и закрывая алтарь от верующих, тем самым означают, что человек не всегда может общаться с Богом прямо и непосредственно. Богу благоугодно было положить между собою и людьми сонм своих избранных и прославленных друзей и посредников. Участие святых в спасении членов земной Церкви, имеет глубокие духовные основания, что подтверждается всем Священным Писанием, Преданием и учением Православной Церкви. Так что тот, кто почитает избранников и друзей Божиих, как посредников и ходатаев своих пред Богом, тот тем самым почитает Бога, освятившего и прославившего их. Это посредничество за людей, прежде всего Христа и Матери Божией, а затем всех прочих угодников Божиих делает догматически необходимым, чтобы алтарь, как знаменующий непосредственно Бога в Его собственной области бытия, был отделен от молящихся образами этих посредников.