В 1521 году крымские, ногайские и казанские татары под предводительством Мехмет-Гирея двинулись на Русь и, опустошая все на своем пути, подошли к Москве. Печальный вид представляла собою местность, по которой прошли татары. Города и села обратились в развалины, стариков, женщин и даже детей убивали без пощады или брали в плен и продавали в рабство. Нападение было неожиданным, русские не успели собрать войска и всех страшило, что и Москва будет взята и разорена. Все горячо молились. Юродивый Василий ночью со слезами тоже молился у дверей Успенского собора. Вдруг он услышал в храме сильный шум, растворились двери собора, и чудотворная икона Владимирская сошла со своего места. От иконы послышался голос: «Выйду из града с Российскими святителями». И после этих слов церковь наполнилась пламенем, которое, впрочем, быстро исчезло.
В эту же ночь одной старой слепой монахине Вознесенского монастыря было видение: из ворот Московского Кремля идут, как при крестном ходе, множество святителей и других мужей в священнических одеждах и уносят с собой чудотворный образ Богоматери Владимирской – в знак Божиева гнева за грехи москвичей. А им навстречу спешат преподобный Сергий Радонежский и Варлаам Хутынский. Пав пред святителями, Сергий и Варлаам спрашивали их: зачем те идут из города и на кого оставляют его при нашествии врагов? Святители со слезами отвечали: «Много молили мы Всемилостиваго Бога и Пречистую Богородицу о избавлении от предлежащей скорби; Бог же не только повелел нам выйти из города, но и повелел вынести с собою чудотворный образ Пречистой Его Матери; ибо люди эти презрели страх Божий и о заповедях Его не радели, и посему попустил Бог прийти варварскому народу, да накажутся ныне и чрез покаяние возвратятся к Богу». Святые подвижники Сергий и Варлаам начали умолять святителей, чтобы они умилостивили Господа, и все начали служить молебен. Прочитав молитву Пречистой Богоматери и осенив крестом город, святители возвратились с чудотворной иконой обратно в Кремль.
Москва была спасена: Гирей не вошел в город. Летописцы рассказывают, что татары, посланные выжечь московские посады, заметили около города русское войско и известили об этом хана. Хан не поверил и послал начальников удостовериться. Те увидели действительно огромное войско, и хан спешно удалился прочь от Москвы. В память чудесного избавления Москвы от Мехмет-Гирея был установлен крестный ход 21 мая.
Когда Русское царство досталось самозванцу Лжедмитрию I (1605), он задумал низложить патриарха Иова. Клевреты самозванца ворвались в храм Успения, где патриарх совершал литургию, и стали рвать с него святительские одежды. Тогда патриарх снял с себя панагию, положил ее к образу Владимирской Богоматери, и сказал при всех: «Здесь пред этою святою иконою я был удостоен сана архиерейскаго и 19 лет хранил целость веры; ныне вижу бедствие церкви, торжество обмана и ереси: Мати Божия, спаси православие». И Матерь Божия спасла православие: не прошло и года после воцарения самозванца, как князь В. И. Шуйский пред этой же иконой испрашивал небесной помощи для свержения самозванца и, приложась к иконе, приступил к этому делу.
Во время пребывания Кремля в руках поляков и литовцев, не уважавших православные святыни, икону Богоматери хранил от поруганий плененный архиепископ Эласонский Арсений. Когда князь Д. М. Пожарский освободил Кремль, архиепископ вышел с этой иконой навстречу его войскам. Русские, уже не надеявшиеся увидать чудную икону, с радостными слезами смотрели на нее, и каждый старался к ней прикоснуться.
При избрании святителей в киот перед этой чудотворной иконой клали в пелене жребии, запечатанные царем, и после молебна митрополит вынимал их; потом царь, распечатав вынутый жребий, объявлял всему собору имя избранного. Накануне помазания русских царей на царство всенощная совершалась Воскресению Христову и Пречистой Богоматери, ради чудотворной ее иконы Владимирской. На другой день, прибыв в собор, царь становился пред Владимирской иконой Богоматери, и ей пели молебен. Пред самым помазанием царь прежде всего прикладывался к чудотворной иконе Владимирской. В продолжении всей своей жизни русские цари особенно почитали святую икону Владимирскую Пресвятой Богородицы. Царь Михаил Феодорович не пропускал службы в праздники, установленные в честь иконы Владимирской, а царь Алексей Михайлович почти всегда бывал в крестных ходах в честь ее.
В 1812 году при нашествии Наполеона на Россию 26 августа, в день Бородинской битвы и в праздник сретения Владимирской иконы Богоматери, она была обнесена вокруг Белого города, Китая и у стен Кремлевских. 1 сентября 1812 года, когда неприятель подходил к Москве, ее губернатор граф Ф. В. Ростопчин ночью прислал к епископу Августину известие, что Москва сдается врагам, и от государя повеление – с иконами Богоматери Владимирской, Иверской и Смоленской отправиться во Владимир. Взяв иконы и помолившись, преосвященный Августин выехал из Москвы.