Конечно, трудно возражать против вытекающиих из концепции Поппера методологических предписаний, как то: будьте критичны и самокритичны в своей научной работе, будьте открыты для доводов своего оппонента, честно старайтесь себя опровергнуть, не склоняйтесь перед авторитетами, одновременно уважайте авторитет традиции критического разума и т.д. Но как ими руководствоваться, как их применять в той или иной конкретной ситуации — на этот вопрос концепция Поппера нам не отвечает. И не может ответить, поскольку никакая , сколь угодно тонкая и изощренная методологическая концепция не может в полном объеме промоделировать те навыки, то мастерство, то высокое искусство познания, которым обладает в науке творческая личность. Я думаю, что с синергетической точки зрения лучше всего было бы попытаться рассмотреть концепции Поппера и Полани как взаимодополнительные. В пользу такого рассмотрения говорят и некоторые, не так давно опубликованные работы самого Поппера, представляющие собой дополнения к его работе «Логика научного открытия», стимулированные все теми же нескончаемыми дебатами по поводу интерпретации квантовой механики, правда, на этот раз уже больше в конкретной связи так назывемой теоремы Белла. Отрицая «антиреализм» Бора в пользу «реализма» Эйнштейна, Поппер, тем не менее , был склонен пожертвовать детерминизмом последнего, приняв взгляд на Вселенную как на существенно вероятностную многоуровневую систему «предрасположенностей», частью которой является и сам человек с присущим ему стремлением эту Вселенную познать как нечто от него самого независящее.
Надо сказать, что отношения методологии и естествознания не были с самого начала безоблачными.
Естествоиспытатели зачастую были склонны рассматривать методологические концепции в качестве слишком грубого образа их собственной области знания. Весьма точно некоторые аспекты коммуникативных трудностей во взаимоотношениях науки и профессиональной методологии были сформулированы в свое время А.Эйнштейном в его «Замечаниях к статьям»: «Взаимное соотношение теории познания и науки весьма достопримечательно. Они зависят друг от друга. Теория познания без контакта с точной наукой становится пустой схемой. Точная наука без теории познания, наскольку она вообще мыслима без нее, примитивна и беспорядочна. Но если ищущий ясную систему философ, занимающийся теорией познания, додумается однажды до такой системы, то он будет склонен интерпретировать богатство идей точных наук в смысле своей системы и не признавать того, что под его систему не подходит. Ученый же не может себе позволить, чтобы устремления к теоретико-познавательной систематике заходили так далеко. Он с благодарностью принимает теоретико-познавательный анализ понятий, но внешние условия, которые поставлены ему фактами переживаний, не позволяют ему при построении своего мира понятий слишком сильно ограничивать себя установками одной теоретико-познавательной системы. В таком случае он должен систематическому философу-эпистемологу показаться своего рода беззастенчивым оппортунистом. Он кажется реалистом, поскольку старается представить независящий от актов наблюдений мир; идеалистом — поскольку смотрит на понятия и на теории как на свободные изобретения человеческого духа (не выводимые логически из эмпирически данного); позитивистом — поскольку рассматривает свои понятия и теории лишь настолько обоснованными, насколько они доставляют логическое представление связей между чувственными переживаниями. Он может показаться даже платоником или пифагорейцем, поскольку рассматривает точку зрения логической простоты необходимым и действенным инструментом своего исследования».
В этом отрывке зафиксировано самоощущение ученого перед лицом выстроенной в своей собственной внутренней логике методологической концепции; самоощущение, в наибольшей степени сфокусированное в слове «оппортунизм». Указывая на «оппортунизм» ученого, Эйнштейн использует слова «кажется», «показаться» («он кажется (философу) реалистом... идеалистом...»), имея ввиду тем самым устранить хотя бы некоторые из трудностей коммуникации между ученым и философом-методологом и открыть тем самым путь их профессиональному междисциплинарному сотрудничеству. Однако возникает все тот же вопрос, чья это проблема—устранение трудностей коммуникации? Сказать, что это проблема методологическая или философская или психологическая, или системная или даже синергетическая — значит просто уйти от проблемы.