Второй конгресс снова собрался в Базеле и работал с 28 по 31 августа 1898 года. На конгресс прибыли 385 делегатов, 530 гостей и около 150 газетных корреспондентов.
Герцль открыл первое заседание. Говоря о путях практической деятельности сионистов во всех странах, он особенно остановился на двух вопросах: завоевание общин и основание банка.
Как и на Первом конгрессе, с большим докладом «О положении евреев в мире» выступил Нордау. Его доклад на эту тему стал непременной традицией сионистских конгрессов и всегда производил огромное впечатление на зал. Нордау достигал тут вершин ораторского искусства, — как по форме, так и по содержанию.К мысли о завоевании сионистами еврейских общин Герцль пришел на основании своего опыта политической работы, столкнувшись с отрицательным отношением к сионизму и даже активным сопротивлением ему со стороны светских и религиозных руководителей общин. Такое положение являлось серьезным препятствием на пути сионизма как во внутренней еврейской жизни, так и в отношениях с внешним миром, то есть в политическом плане. Лозунг завоевания общин, выдвинутый Герцлем на Втором конгрессе, был, таким образом, своевременным. Герцль, однако, представлял себе это «завоевание» весьма схематично: сионистские отделения на местах поведут общественное наступление на официальных глав еврейских общин и заменят последних сионистами.
Но здесь (как и вообще в достижении политической цели сионизма) не годились методы «большого скачка». Лозунг «завоевания общин» на практике стал не более чем зерном идеи об активном участии сионистов в общественной жизни евреев в странах рассеяния — работе, названной позднее немецким термином «гегенвартсарбайт» — «работой данного часа».
Что касается банка, то в нем Герцль видел финансовый инструмент сионистской организации, которому надлежит послужить при ведении переговоров с Турцией. Акционерный капитал был установлен в два миллиона фунтов стерлингов, и до Второго конгресса набралось лишь 7–8 % искомой суммы. По вопросу о банке доклад сделал Давид Вольфсон. Конгресс вынес официальное решение об основании банка с местопребыванием в Лондоне (Еврейский колониальный банк был зарегистрирован 20 марта 1899 года в Лондоне в качестве английского акционерного общества под названием «Джуиш Колониэл Лтд Траст». В конце апреля того же года было выпущено 200 тысяч акций достоинством в один фунт стерлингов (или десять русских рублей) каждая. На 75 % всех этих акций подписались русские евреи. По уставу банк был вправе приступить к регулярной работе только при наличии минимального капитала в 250 тысяч фунтов. Недостающая сумма (50 тысяч) собиралась с трудом, и банк начал функционировать лишь в начале 1902 года. В конце февраля этого года была создана дочерняя компания банка под названием Англо-Палестинское общество, затем — Англо-Палестинский банк (ныне — Банк леуми ле-Исраэль — Национальный банк Израиля). Эта дочерняя компания начала действовать в Яффе летом 1903 года под руководством Залмана Давида Левонтина.).
Во время обсуждения и прений по поводу банка возник вопрос о сферах его деятельности, определенных в его уставе словом Восток (Ориент). От имени сионистов России Усышкин потребовал, чтобы в устав ясно записали: Сирия и Палестина.
Конгресс принял компромиссную формулировку: «Восток, в особенности Сирия и Палестина».
Два делегата из России выступили на конгрессе с докладами от имени исполкома: Мандельштам — о сионистской программе действий и Моцкин — о положении еврейского поселения в Эрец-Исраэль. Мандельштам, один из старейших Ховевей Цион и близкий друг Пинскера, стал пылким политическим сионистом, верным другом и почитателем Герцля (На Шестом конгрессе (1903 г.) Мандельштам поддержал предложение об Уганде. После Седьмого конгресса (1905 г.), высказавшегося против Уганды, он вышел из сионистской организации и вместе с Зангвиллем (Лондон) основал Еврейскую территориалистскую организацию.).
В своем обширном докладе он с похвалой отозвался о политическом сионизме, вдохнувшем новую жизнь в круги Ховевей Цион. Вместе с тем он также отметил важную роль Хибат Цион до появления политического сионизма. Мандельштам выразил отрицательное отношение к «контрабандному просачиванию» в Палестину и призывал к действиям, ставящим целью добиться законной, политико-юридической базы для алии и заселения. До того, как это будет достигнуто, надо перевести на земледельческий образ жизни евреев Палестины и Сирии. Надо позаботиться, чтобы пробуждение национального самосознания еврейского народа проходило без уклонов в шовинизм, который не только смешон, но вреден.
«Прежде всего мы должны стремиться к тому, чтобы еврей перестал стыдиться своего происхождения и еврейская мать не гордилась бы тем, что ее дети не похожи на евреев».