Об аресте Ходорковского в октябре 2003 года Кудрин узнал из СМИ. Хотя уже был арестован партнер Ходорковского Платон Лебедев, никто не думал, что за ним может последовать и глава ЮКОСа. Было ясно, что арест возмутит общество, особенно бизнес. С другой стороны, агрессия Ходорковского мешала его жалеть.
Версий об аресте Ходорковского ходило множество. Главной была политическая — Ходорковский заигрался. Путин собирался баллотироваться на второй срок, и его бесили «византийские игры» олигархов и некоторых чиновников. В кулуарах рассказывали, что Ходорковский собрался поставить под свой контроль новый парламент, что он уже финансирует всех подряд, без оглядки на их политические пристрастия: и правых, и коммунистов. Ходил даже слух, что Ходорковский намеревался выдвинуть тогдашнего главу Администрации президента Волошина на пост премьера. А вот версию о банальном переделе собственности в расчет почти никто не принимал. Считалось, что это слишком примитивно, чтобы быть правдой.
Политическая версия стала основной, в том числе потому, что вскоре один из ее центральных героев — Волошин — подал в отставку. Путин отставку принял. На смену ему пришел неизвестный широкой публике человек — тихий аппаратчик и юрист Дмитрий Медведев.
Кудрин не встал на защиту Ходорковского. Он воспринял его арест с облегчением — теперь противостояние налоговым новациям ослабнет, и проводить реформы станет легче. Дело ЮКОСа, по его мнению, было неизбежным — но не в персональном смысле, а в смысле выяснения правил игры. «Даже самые богатые компании в стране не должны навязывать власти свою волю в нарушении законов», — скажет он в одном из интервью. «Византийская» эпоха Ельцина закончилась, радовался Кудрин, наступает время развития честной конкуренции.
Кудрин был прав — времена сменились, прежняя эпоха действительно закончилась. Но реформы от этого быстрее не пошли, и время честной конкуренции не настало. Дальнейший ход событий доказал наивность рассуждений Кудрина. С уходом Волошина «византийские» интриги не исчезли, они видоизменились. Ельцинский двор сменился путинским.
Под Новый год — 29 декабря 2003 года — налоговики сделали ЮКОСу подарок: официальный акт налоговой проверки за 2000 год, в котором говорилось, что компания не заплатила в бюджет 98 млрд рублей налогов.
В начале 2004 года в отставку ушел всегда уверенный в себе Касьянов. На смену ему пришел вечно сомневающийся, послушный бюрократ с большим послужным списком Михаил Фрадков. Всем было ясно, что новый премьер полностью подчинен Путину и спорить с ним никогда не станет.
Первой «ласточкой» смены эпох в хозяйстве Кудрина стал новый глава Федеральной налоговой службы — приехавший из Санкт-Петербурга Анатолий Сердюков. С Кудриным, курирующим налоговые органы в правительстве, советоваться не стали. Путин вызвал Кудрина и просто его проинформировал: «Вот этот человек будет назначен».
Кудрин уже знал, что Сердюков — родственник его заместителя, главы Комитета по финансовому мониторингу Виктора Зубкова. Зубков — человек степенный и исполнительный, Путин его ценил еще за питерские заслуги — они вместе работали в мэрии. К Зубкову у Кудрина претензий не было, его зятя он не знал, и спорить с Путиным не стал. «Посмотрим, поработаем», — согласился он.
Но работать с Сердюковым было трудно. Очень быстро Кудрин понял, что Сердюков работает сам, на поставленные задачи и своего непосредственного куратора почти не реагирует. Сердюков занимался налоговой проверкой ЮКОСа, однако на запросы Минфина о ее ходе предпочитал не отвечать. Было очевидно, что у ЮКОСа есть возможность реструктурировать налоговую задолженность. Было очевидно, что варианты для рассрочек есть. Но Сердюков закрылся глухой стеной: письма из Минфина принимал, но на обратную связь не выходил.
Уже к весне стало ясно, что дело ЮКОСа превращается в банальный передел собственности. Воспоминания о давлении, исходившем от Ходорковского, стали уходить на второй план. На первый вышло беспрецедентное давление на сам ЮКОС.
Путин согласился выслушать позицию Кудрина. И слушал внимательно.
— Дело ЮКОСа надо вести строго и объективно. Сама компания, несмотря на расследование, пострадать не должна. Надо всем объяснить, что никто не собирается банкротить ЮКОС, — рассуждал Кудрин. — В компании много западных акционеров. Надо четко показать, что дело ЮКОСа — не разборки и не наезд.
Путин утвердительно качнул головой.
— Не сомневайся, так и будет.
— Надо всех успокоить.
— Хорошо.