Экологическое управление использует тот факт, что экосистемы, как крупномасштабные и сложные системы, до известных пределов способны к самоподдержанию и саморегулированию, т.е. способны сами противостоять изменениям и сохранять устойчивое состояние равновесия, способны самостоятельно сохранять гомеостазис. Взаимодействие круговоротов веществ и потоков энергии в крупномасштабных и сложных экосистемах создает самокорректирующийся гомеостаз; по мере нарастания стресса система переходит в новое состояние равновесия; через несколько таких переходов стресс в экосистеме накапливается и экосистема теряет способность к самоподдержанию и саморегулированию. Тенденция накопления стресса может привести к гибели экосистемы. Из изложенного следует, что экосистема, как большая и сложная система, имеет определенный запас устойчивости и задача экологического управления заключается в том, чтобы создать и поддерживать определенный уровень запаса устойчивости экосистемы.
Задача создания запаса устойчивости экосистемы может быть решена только путем внесения целенаправленных изменений в структуры и процессы экосистемы и ее частей. На практике такие задачи для крупномасштабных и сложных систем решаются путем создания и реализации сложных и крупномасштабных проектов (как это происходит, например, для разрешения проблем, связанных с Аральской катастрофой или имело место при осуществлении комплекса проектов очистки вод Рейна). По этой причине экологическое управление экосистемами заключается в последовательном принятии решений по созданию и реализации проектов сохранения и развития экосистем. При такой постановке основой экологического управления явится системная технология управления экологическими проектами.