Таким образом, у Карла не было серьезных причин для беспокойства по поводу ситуации в Ломбардии, несмотря на ослабление его влияния. Для Карла и его амбиций гораздо важнее было удерживать стабильную власть в Сицилийском королевстве и полноценно использовать его ресурсы. Победа при Тальякоццо не решила всех его проблем в королевстве. Сицилия все еще была охвачена восстанием, а сарацины в Лучере все еще сопротивлялись Карлу. Но мятежники не могли теперь рассчитывать на серьезную помощь из-за границы. Конечно, в некоторых городах Апулии, таких как Потенца, Галлиполи и Аверса, которые балансировали на грани мятежа, известие о победе Карла вдохновило жителей, преданных новому королю, вырезать всех известных там сторонников Конрадина. Те мятежники, которым удалось спастись, присоединились к сарацинам в Лучере. Огромная крепость несколько месяцев держалась против полководцев Карла. Только в апреле 1269г. Карл прибыл лично руководить осадой, и даже под его командованием солдаты ничего не могли поделать со стенами. Но блокада была ужесточена. В конце концов в августе 1269 г. голод вынудил гарнизон сдаться. Жизнь сарацинам сохранили — их просто расселили вместе с семьями по королевским владениям и разоружили, но все христианские мятежники, захваченные в крепости, были казнены.150
Мятеж на Сицилии продолжался несколько дольше. Коррадо Капече, командовавший мятежниками, пытался убедить Фридриха Тюрингского прийти к нему на помощь, но безрезультатно. Зато его поддерживали жители острова, и полководец Карла, Тома де Куси, мог лишь удерживать Палермо и Мессину. Тогда Карл послал Филиппа и Ги де Монфоров с подкреплением. Они смогли взять, а после — разграбить мятежный город Аугусту, расположенный между Катанией и Сиракузами. Жители, избежавшие солдатских мечей, были подвергнуты пыткам и казнены. В августе 1259 г. Гильом Эстандар был назначен командовать операциями в Сицилии, и за год взял остров под свой контроль. Инфант Федерико и Фридрих Ланца были вынуждены сдаться в Агридженто, но им было позволено бежать в Тунисе. Главная армия мятежников была разбита в Сьячче, крепости, в которой размещалась ставка Коррадо Капече. Сам Капече бежал в замок Чентурипа, в центре острова, но был там захвачен весной 1270 г. Его вместе с братьями, Марино и Джакомо, доставили в Неаполь и там обезглавлили.151
Во всем королевстве мятежники понесли очень суровую кару, даже по меркам того времени. Карл велел своим чиновникам не щадить никого, кто взят с оружием. Те, кто сдавался, должны были по выбору предоставить решение своей судьбы королю, или, при желании, их дела могли быть рассмотрены в Верховном суде. Но судьба Конрадина наглядно показала, каким бывает приговор судей. В городах, где мятежники раньше были у власти, объявили амнистию тем горожанам, которые не поднимали оружие против короля, но все германцы, испанцы и пизанцы из их числа должны были немедленно покинуть страну. Вся собственность мятежников была конфискована. Поначалу их женам позволили сохранить за собой свои поместья и имущество, но потом Карл, похоже, заподозрил, что те посылают деньги своим изгнанным мужьям. На их собственность наложили арест, и каждой положили небольшое пособие. Но были сделаны некоторые исключения, а вскоре было решено вернуть имущество вдовам. Эти репрессивные меры были тем более невыносимыми для итальянцев, что они вынужденно оказались под пристальным надзором и потому, что королевские чиновники практически все были французами. Меры оказались исключительно эффективными. Порядок был вскоре восстановлен по всему королевству, даже на Сицилии. Но эти меры посеяли семена черной ненависти на острове.