Казнь Сомко и «Рыцаря Войска Запорожского» Золотаренко, бывших шуринами самого Богдана Хмельницкого, заслуженных полковников, потомственных запорожских казаков, вызвала возмущение в казацкой среде, так как было понятно, что ни в какой измене их вины нет. Оба они верно служили государю Алексею Михайлович и ни для кого не являлось секретом, что новый гетман просто неприкрыто и цинично расправился со своими политическими противниками. Однако, недовольство казаков было вскоре подавлено верными Брюховецкому полковниками, назначенными им исключительно из запорожских атаманов. В то же время, остальная масса запорожцев, пришедших с ним из Сечи, больше гетману не была нужна, оставлять ее отдельным воинским формированием было опасно, поэтому он принял решение разделить запорожцев по полкам. Рассредоточенные небольшими группами в казацких полках, они уже не могли представлять опасности для его гетманской власти. Поскольку у них не было своего места жительства, запорожцы были поставлены на постой в городах к мещанам, что вызвало недовольство последних. С этого времени у народных масс к запорожцам стало резко меняться отношение в худшую сторону. Если раньше в них видели борцов за народное дело, своеобразных украинских рыцарей, то, столкнувшись с чинимыми ими бесчинствами, простой народ отшатнулся от Запорожья. Именно на такую реакцию и рассчитывал Брюховецкий, так как понимал, что запорожцы возвели его в гетманы и они же легко могут сместить его с этого поста. Поэтому для него было важно сделать все для того, чтобы Запорожье утратило свой прежний имидж у народных масс. Этому способствовало и то обстоятельство, что новый кошевой атаман Запорожской Сечи Иван Серко не имел большого желания вмешиваться в дела Войска Запорожского, проводя свою политику, направленную исключительно на борьбу с татарами и турками. Он действовал в союзе с московскими ратными людьми против крымцев, но в отношении приднепровских казаков в целом сохранял нейтралитет. Так, когда их наказной гетман Петр Дорошенко захватил Кременчуг, Серко попыток выбить его оттуда не предпринимал. Тетеря посылал своих людей на Сечь и они призывали запорожцев перейти на сторону короля, что у многих нашло отклик, так что даже Серко стал опасаться за себя.
Тем не менее, вторая половина 1663 года прошла достаточно спокойно. Царский подъячий Косагов, один из командиров в войске Ромодановского, вместе с Иваном Серко ходил на Перекоп, но неудачно. Гетман Брюховецкий и воевода Хлопов изгнали из Кременчуга Дорошенко, на левой стороне Днепра военных действий не было.
Однако уже в ноябре король Ян Казимир подошел к Белой Церкви, создав угрозу для Киева, отстоявшего от нее на полсотни верст. Гетман Брюховецкий тут же использовал этот факт, чтобы «отблагодарить» епископа Мефодия, кстати, к тому времени уже своего свата, за оказанную ему поддержку при избрании гетманом. «Надобно думать, – говорил он царскому воеводе Хлопову –, что у епископа есть прозябь большая и неверность в раденье великому государю: об этом заключаю из того, что киевские монахи взяли себе на поруки нежинского атамана Шлютовича, который ушел, отпустили его монахи нарочно и велели ему, собрав козаков и татар, приходить на государевы черкаские города. Я за этими монахами посылал прилуцкого полковника Песоцкого, но епископ их ко мне не прислал, а взял с них золотые червонные. Боюсь, чтоб епископ злым своим умыслом не сдал Киева королю…» Этот разговор Хлопов дословно передал в своем донесении царю Алексею Михайловичу.
Но дела у Мефодия и без гетманских доносов шли не важно. Незадолго до этого в Чигирине, где была ставка гетмана правой стороны Днепра, умер Дионисий Балабан. На его место с благословения константинопольского патриарха был избран Иосиф Нелюбович-Тукальский, епископ могилевский. Царское правительство не признало его и хлопотало перед патриархом константинопольским о назначении киевским митрополитом Мефодия, но безуспешно. Таким образом, вместе с разделением Войска, разделилась и церковь.
В ноябре 1663 года по настоянию царских властей вновь были изменены условия Переяславского договора 1654 года, а именно его вторая и шестая статьи относительно сбора денег в царскую казну и раздачи жалованья казакам и старшине. Эти изменения были направлены на ограничение гетманской власти, что вызвало недовольство старшины. Но царские представители в этом вопросе занимали твердую позицию и 19 ноября новые статьи договора, существенно ограничивающие и без того уже куцее гетманское самоуправление, были подписаны.
Положение самого Брюховецкого оставалось довольно сложным. Он жаловался воеводе Хлопову, что казаки ему не подчиняются и при нем почти не осталось войска. В случае перехода короля через Днепр, многие малороссийские города могут сдаться полякам. Об этом же он говорил и царскому дьяку Дементию Башмакову, настаивая на необходимости подкрепления его сил государевыми ратными людьми.