В Москве могло возникнуть мнение, что, идя на ограничение прав малороссийского народа и казаков, Брюховецкий действительно радеет исключительно о делах Московского государства, но в действительности все объяснялось совершенно другими причинами. Уже вскоре после своего избрания гетманом Войска Запорожского Богдан Хмельницкий столкнулся с ситуацией, когда интересы казаков и простого народа стали постепенно расходиться. В дальнейшем наметились противоречия между старшиной и чернью, по причине чего даже Хмельницкий избегал лишний раз собирать раду, опасаясь ограничения своего гетманского произвола. Эти противоречия еще более остро обозначились при Выговском. Он особенно явно осознавал неустойчивость своего положения, поэтому просил у царя вотчину поближе к Литве, а не в Малороссии, но царь тогда не пошел ему навстречу. Возможно, это и способствовало в последующем переходу его на польскую сторону. Выговский не доверял казакам, окружив себя иноземцами, по гадячскому договору он именовался гетманом русским, а не запорожским. Юрий Хмельницкий также не приобрел авторитета в казацкой среде и противоречия между интересами его ближайшего окружения и простыми казаками, в конечном итоге, привело к отречению от гетманского сана.
С момента своего избрания Брюховецкий также не был принят всей чернью и держался у власти во многом лишь благодаря поддержке царских воевод, да еще потому, что отражение польской агрессии требовало объединения всех сил, что понимала и чернь, поэтому в то время было не до распрей. Но сейчас, после бегства Тетери и отступления поляков в коронные земли, по крайней мере, для Заднепровья внешняя угроза миновала, создавалась реальная опасность, что казаки станут настаивать на избрании другого гетмана. Став боярином и получив вотчину вблизи московских территорий, Брюховецкий тем самым серьезно укрепил свое положение. Гарантией его безопасности должны были стать царские воеводы, для чего он и предлагал их разместить во всех значительных городах Малороссии. В довершение ко всему он настаивал на том, чтобы в Киев был назначен митрополит из Москвы, так как рассчитывал, что тот станет поддерживать его, а не казацкую вольницу, но царь с этим не согласился, обещая решить этот вопрос с константинопольским патриархом.
Брюховецкий загостился в Москве до конца года, а между тем, избранный в августе 1665 года вместо Опары, гетман западной стороны Петр Дорошенко перешел к активным наступательным действиям. Поддерживаемый татарами, он осадил Брацлав, но полковник Дрозденко в течение шести недель отражал все его атаки, однако не получая поддержки, вынужден был к исходу декабря сдать город. Тогда же осенью овруцкий полковник Демьян Децик разбил войска Дорошенко между Мотовиловкой и Паволочью, однако вскоре после этого вынужден был отступить к Киеву. Не получая помощи из-за Днепра, Децик, в конечном итоге, вынужден был уйти в Заднепровье и прибыл в Переяславль к наказному гетману Ермоленко. Все эти неудачи привели к тому, что верность Москве на западном берегу Днепра продолжал хранить лишь один Канев. Всю остальную территорию контролировал гетман Дорошенко.
Наконец, в начале 1666 года возвратился в Заднепровье боярин и гетман Иван Мартынович Брюховецкий, но нерадостно встретила его Малороссия. Поводов к недовольству у всех слоев населения было более чем достаточно. К тому времени в ряд малороссийских городов были введены воеводы со своими ратными людьми, приехали переписчики и стали переписывать всех людей по городам и селам, облагая их данью. Переписи подлежало не просто население, но и все принадлежащее каждой семье имущество, вплоть до хранившегося в сундуках, в погребах и т. п. Дань брали с плуга и с коня. На всех дорогах, ведущих к базарам, выставлялись приставы, которые взимали дань со всего, что вывозилось на продажу. Возможно, в других странах эти нововведения были привычными и являлись обыденной практикой, но для Малороссии оказались полной неожиданностью. Попытка укрыть имущество от переписи или товары от уплаты таможенных сборов, строго наказывались штрафом, а то и побоями. В народе возникло возмущение, недовольство гетманом крепло и ширилось по всему краю. Прибывшие с воеводами ратные люди свысока относились к малороссиянам, вели себя по отношению к ним нагло, как завоеватели, обижали женщин и девиц. Если учесть, что сам Брюховецкий и некоторые его полковники были алчными и корыстолюбивыми людьми, взыскивали с населения и прежде непомерные сборы, якобы на содержание войска, то становится понятным, что обстановка в Малороссии все более накалялась. Началось брожение и в казацкой массе. Большинство казаков не понимали, почему вдруг гетман стал боярином, а полковники дворянами, прежде никогда такого не было. Некоторые полковники и сами не хотели становиться дворянами, предпочитая оставаться казаками. Происки гетмана в отношении епископа Мефодия, вызвали недовольство не только у него, но и среди малороссийского духовенства, которое не желало, чтобы им был назначен митрополит из Москвы.