Паркер вернулся в резервацию Тонаванда, однако он дал знать своему другу Улиссу Гранту о том, что у него были трудности со вступлением в армию Союза. Грант нуждался в инженерах, и после нескольких месяцев борьбы с армейской канцелярской волокитой он в конце концов добился того, чтобы его индейскому другу был отправлен приказ, согласно которому Паркер прибыл к нему в Виксберг. Они вместе участвовали в походе от Виксберга к Ричмонду. Когда генерал Ли сдался при Аппоматтоксе, подполковник Эли Паркер присутствовал при этом, и, памятуя о его прекрасном почерке, Грант попросил его записать условия сдачи.
В течение четырех лет по окончании войны бригадный генерал Паркер служил в различных миссиях по улаживанию разногласий с индейскими племенами. В 1867 г., после схватки у форта Фил-Керни, он отправился на реку Миссури расследовать причины волнений среди индейцев северных степей. Он вернулся в Вашингтон со множеством идей относительно изменений национальной индейской политики, но ему пришлось ждать целый год, прежде чем удалось приступить к их осуществлению. Когда Грант был избран президентом, он назначил Паркера новым главой комиссии по делам индейцев, считая, что тот сможет вести дела с индейцами более разумно, чем любой белый человек.
Паркер приступил к своим новым обязанностям с воодушевлением, однако обнаружил, что канцелярия комиссии по делам индейцев еще более продажна, чем он ожидал. Была необходима хорошая чистка среди давно окопавшихся здесь бюрократов, и при поддержке Гранта Паркер учредил систему назначений агентов, рекомендованных различными религиозными ассоциациями страны. Из-за большого числа квакеров, добровольно пошедших служить индейскими агентами, этот новый план стали называть «квакерской политикой» Гранта или «политикой мира» с индейцами.
Кроме того, был сформирован совет уполномоченных по делам индейцев, составленный из патриотически настроенных граждан для наблюдения за действиями Бюро по делам индейцев. Паркер предложил, чтобы этот совет был смешанной комиссией из белых людей и индейцев, но помехой тому стали политические соображения. Поскольку не нашлось ни одного индейца, обладавшего политическим влиянием, ни один индеец не был назначен в совет.
В течение зимы 1869/70 г. глава комиссии Паркер (или Донехогава, из ирокезов, как он все чаще в мыслях называл себя) радовался установлению мира на западных границах. Однако весной 1870 г. он был встревожен поступившими из индейских агентств в степях сообщениями о бунтах. Первым намеком на истинные причины беспорядков послужил для него потрясающий отчет лейтенанта Пиза об избиении пиеганов. Паркер знал, что, если ничего не предпринять для того, чтобы вновь уверить индейцев в благих намерениях правительства, всеобщая война может вспыхнуть в течение лета.
Глава комиссии хорошо сознавал неудовлетворенность Красного Облака, решимость предводителя сиу удержать за собой страну, обладания которой он добился по договору, и его желание иметь факторию поблизости от своих земель. Хотя Пятнистый Хвост ушел к форту Рандел, на реке Миссури, индейцы брюль стали там одними из самых мятежных индейцев резервации. Красное Облако и Пятнистый Хвост ввиду огромного числа их сторонников среди индейцев степей казались главе комиссии ключевыми фигурами в деле установления мира. Сможет ли вождь ирокезов завоевать доверие вождей сиу? Донехогава не был в этом уверен, но он решил попробовать.
Паркер послал вежливое приглашение Пятнистому Хвосту, но, будучи индейцем, Паркер был слишком проницателен, чтобы прямо обратиться с посланием к Красному Облаку и пригласить его приехать. Такое приглашение, скорее всего, было бы воспринято Красным Облаком, как вызов, и он ответил бы гордым пренебрежением. Через посредника Красное Облако был уведомлен о том, что его с радостью примут в доме Великого Отца в Вашингтоне, если он пожелает туда прийти.
Идея этого путешествия увлекла Красное Облако; оно давало ему возможность поговорить с Великим Отцом и сказать ему, что индейцы сиу не хотят жить в резервации на реке Миссури. Кроме того, он смог бы сам посмотреть, действительно ли Малый Отец индейцев, глава комиссии по имени Паркер, является настоящим индейцем и при этом может писать, как белый человек.
Как только до Паркера дошло, что Красное Облако желает поехать в Вашингтон, он послал полковника Джона Смита в форт Ларами для обеспечения эскорта. Красное Облако отобрал пятнадцать индейцев оглала для своего сопровождения, и 26 мая вся эта группа села в специальный пассажирский вагон и по Тихоокеанской железной дороге отправилась в долгое путешествие на восток.