Только официальные расходы английского военно-морскою флота на ведение боевых действий, строительство кораблей и поддержание их в боевой готовности за период с сентября 1664 года по октябрь 1666 года составили примерно 3 200 516 фунтов стерлингов, то есть в сумму, равную двум обычным английским годовым бюджетам эпохи после Реставрации. Из этих средств 1 114 326 фунтов пошли на оплату жалованья адмиралам, офицерам и рядовым матросам, 743 238 фунтов — на закупку продовольствия, 209 792 фунта — на содержание для больных и раненых.
Суммы, затраченные на войну, оказались очень большими даже для экстраординарных расходов. Уже в 1666 году для английской короны остро встала проблема выплачивания долгов флоту и корабельным верфям, так как значительная часть поставок продовольствия и судостроения осуществлялась именно в долг.
Адмиралтейство более не могло содержать весь флот в зимнее время и сразу же после входа в гавань экипажи кораблей I и II-го ранга получали расчет в векселях, без обналичивания уже выданных долговых обязательств. Парламент, разгневанный «дурным использованием» выделенных средств, вотировал королю на 1667 год 1,8 миллиона фунтов стерлингов. Как писал лорд Ковентри,
Дисциплина упала, рабочие верфей и моряки неразоруженных кораблей постоянно бунтовали. Когда весной начался новый набор во флот, прессинговые команды столкнулись с таким яростным отпором, что небольшую эскадру, отправлявшуюся в Вест-Индию, пришлось частично экипировать солдатами.
Король и Совет вскоре поняли, что в таких условиях снарядить полноценный флот будет невозможно. В феврале они решили, что в случае продолжения военных действий необходимо будет ограничиться операциями рейдерских эскадр, большие же корабли будут оставлены невооруженными в Медуэе. Такая стратегия, несмотря на возражения Руперта и Монка, была принята после некоторых колебаний по совету Ковентри и Арлингтона. Никто не мог отрицать, что это было опасно. Мир казался лучшей перспективой, и уже с осени велись переговоры с голландскими представителями при посредничестве Швеции. Но когда в марте начались официальные переговоры в Бреде, обсуждения пошли в невыгодном для Англии направлении. Голландцы, зная, что их противник более не имеет средств, чтобы отстаивать свои имперские требования, теперь не имели склонности к уступкам. Современным историкам понятно, что Карлу следовало немедленно принять их требования, но тот, не желая сдаваться, прибег к дипломатическим играм.
Франция с помощью принцессы Генриетты Орлеанской начала осторожное сближение с Англией. Военный министр Франции Лувуа считал, что основной целью французской политики в регионе должен стать захват испанских Нидерландов, что должно было неминуемо привести к разрыву отношений с Голландией. Переписка между двумя монархиями, прерванная на время войны, возобновилась с новой силой. Письма поступали Генриетте, а от нее — Карлу II. Монархи двух стран заключили тайный договор, согласно которому Англия получала согласие Франции на захват Антильских островов в Вест-Индии, за Францией закреплялась Новая Шотландия, а в случае вооруженного конфликта между Францией и Испанией Англия обязалась не предоставлять помощь Испании.